嘉靖四十四年（1565），戶部雲南司主事海瑞上了一道名垂千古的《治安疏》，曆數嘉靖皇帝的種種罪行，把嘉靖皇帝說得一無是處。奇怪的是，向來嚴苛薄情的嘉靖帝卻沒有殺了海瑞。
至于嘉靖為何不殺海瑞，曆來有多種說法，大緻有三：
一是海瑞的名聲。海瑞官職不高，卻有清正剛直之名，素有“海青天”之稱，深得百姓的愛戴；
二是嘉靖欣賞海瑞。說嘉靖臨終前曾對裕王說，海瑞是國之利器，将來有大用；
三是認為嘉靖維護自己的形象。嘉靖如果殺了海瑞，雖可解一時之氣，但罪同桀纣，而放了海瑞，則可以成就自己虛懷納谏、寬宏大量的氣量。
也有人認為嘉靖之是以對海瑞網開一面，與徐階、高拱、張居正等人求情有關。種種原因都有一定的道理，但禦史認為這并不是嘉靖放過海瑞的根本原因。
如果了解嘉靖帝的性格，就知道他向來都是獨斷專行，殺人無數。一場大禮議，百官遭到廷杖，死于杖下的那些官員又何嘗不是忠臣，又何嘗不是直谏。再如被嘉靖所殺的楊繼盛、沈煉等，難道都是奸臣嗎？是以說嘉靖做事，是很少考慮到自己名聲的。至于說衆臣求情更是無稽之談，普天之下除了幾個替嘉靖煉丹的道士，他幾時聽過人勸？
顯然以上的說法都站不住腳，嘉靖之是以不殺海瑞，其實答案還在海瑞寫的《治安疏》中。禦史仔細看過這份奏疏，洋洋灑灑三千多字中蘊含了海瑞的大智慧。
海瑞的奏疏，開篇即把嘉靖帝比作西漢名君漢文帝，說：“昔日漢文帝賢主也，賈誼猶痛哭流涕而言”。海瑞這是将自己比作賈誼，然後筆鋒一轉，給嘉靖帝也下了個結論：“陛下天資英斷，過漢文遠甚”。說嘉靖皇帝比漢文帝要強很多。
在這個大前提下，海瑞才進入主題，說得有些話确實是很難聽的。比如“一意修真，竭民脂膏，濫興土木”、“二十餘年不視朝，法紀松弛”、“二王不相見，人以為薄于父子”等等。
從海瑞的性格來看，他上這道奏疏，應該不是為了邀名，而是想警醒嘉靖。他首先就确定了一個思路：皇上比漢文帝遠甚，但卻沒有做下漢文帝那般的功績。并把問題的原因歸結為是“臣子之過”。他說：“陛下誤舉之，而諸侯誤順之，無一人肯為陛下正言者，谄之甚也”。
海瑞在奏疏中還提到一件重要的事：齋醮求道長生。他說：“且陛下之誤多矣，其大端在于齋醮。齋醮是以求長生也。”這件事算是說到了嘉靖帝的痛處。但是海瑞說得有道理“自古聖賢垂訓，修身立命曰‘順受其正’，未聞有所謂長生之說”。堯舜禹湯，曆朝曆代的明君，有哪一個是長生不老的呢？
這一年已是嘉靖執政的第四十四個年頭，煉丹煉了幾十年，身體反而每況愈下，這一點嘉靖自己是很有感慨的。是以他認為海瑞的說法雖然尖銳，但卻是有道理的。
嘉靖皇帝應該算是明代諸帝中最有天分的一個，人很聰明，駕馭臣僚也很有一套，就是沒把心思用在朝政上，而且又好面子，自信不凡。可是，一旦摸透了嘉靖的性格，就知道隻要給他個台階下，他都是願意改正的。
海瑞在奏疏中說得話難聽，可也不能說是痛罵嘉靖，還是給足了他面子，将嘉靖比作堯舜禹湯，說隻要皇上振作起來，則“天下何憂不治”？說起來海瑞也有點睜眼說瞎話的成分，嘉靖執政幾十年來，其實并沒有什麼政績。他之是以這樣恭維嘉靖，無非就是想給自己留條後路。
海瑞在上這道奏疏時，已經給自己準備了棺材，告别了妻子，遣散了家傭。可海瑞心中是堅定認為，這道奏疏是不足以緻命的，這就是海瑞的過人之處，敢于觸怒龍顔，卻也是很講究政策的。
假如海瑞在奏疏中，沒有把嘉靖比作堯舜，說他遠甚漢文帝，給他一個台階下，而是一味地揭短痛罵，那麼結果可想而知。以嘉靖的性格，海瑞當天就會被以大不敬之罪，被處于極刑。