他是著名的科學大師，他的學術水準和道德人格可以說到了名聲的地步，以至于有人稱他為"偉人"，并說"于克軒是本世紀中國科學家最令人欽佩的大師，100年來這樣的偉大人物不超過七八個人"（紀念龔克軒先生120周年氣象出版社2010年， 第44-45頁）。
1936年初，浙江大學校長出任。蔣介石被推薦接任。在采訪了江澤民之後，經過幾次考慮，他同意接任。在随後的十三年裡，浙江大學成為中國最著名的大學之一，也是著名的"民主堡壘"。在此期間，他被引誘進入國民黨，後來被列為中央委員會委員。
接近解放時，盡管國民黨條件有利，他最終還是拒絕了蔣介石的台灣邀請。他潛伏在上海，在那裡他遇到了蔣經國，蔣經國正在指揮從國庫向台灣運送金條。蔣經國以父親的名義，讓他趕快去台灣，但他很有禮貌。
上海解放的第三天，他在日記中寫道："人民解放軍人民，像雲尼長期受苦的希望，希望努力到底，而不是像國民黨的腐敗。科學對建設非常重要，希望共産黨重視。接下來的現實並沒有讓他失望。他一獲解放，就被提拔為中國科學院院長，當時被認為是中國科學事業的最高機關，并擔任負責自然科學的副院長。
毛主席與餘克東先生等人以及左三的餘克東先生交談
自1949年9月在第一屆中國政協會議上第一次見到毛主席以來，他多次受到接待和與主席共進晚餐。中央上司和中國科學院黨組的信任和尊重，使他在上司新一批科研機構的重建中發揮了不可替代的作用。到1956年初，研究機構的數量從研究所早期的16個增加到44個。繼自然科學獎之後，中國科學院已經湧現出一批具有相當水準的理論研究成果。同時，科研進入了新的繁榮時期。在實踐中，他意識到，隻有在中國共産黨的上司下，中國的科學事業才能有輝煌的前途。
1958年10月27日，他陪同毛主席參加了在中關村舉行的中國科學院科技成果展覽會。在他的日記中，他寫下了通路的過程，并為每行加下劃線。這是他38年日記中唯一一次。
1961年1月21日下午，包括于克軒在内的四位中國科學院科學家應邀到中南海的懷仁廳，向毛主席、周總理、劉少奇等中央上司人作科學報告。他專攻生物學、地質學和農學。"四位科學家講了四個半小時。毛澤東提出的今後每月組織兩次這樣的科學報告，對每個人都有好處。"（《毛澤東論語（1949-1976）》第二卷，第516頁）。
1958年6月提出加入中國共産黨的請求，1962年正式加入中國共産黨。
入黨後，在工作中可以更加自覺地貫徹黨的政策和政策。中央政府提出以農業為基礎的國民經濟總體政策後，率先研究與農業生産密切相關的氣候問題。1963年8月，他在青島受教期間，寫了一篇關于《中國氣候的幾個特點及其與糧食作物生産的關系》的文章。一直關注科學的毛主席在國家科委編制的内部刊物《科研動态》274号上讀到這篇文章，立刻引起了興趣。他決定請于可君談談這個問題。
1964年2月6日，毛主席邀請于克軍、李思光、錢學森到中南海巨祥書屋談話。其中一個鞠香書屋是毛主席的卧室和書房。除了房子裡的書櫃外，寬敞的木床周圍環繞着各種書籍。毛主席有在床上看書的長久習慣，床上的書往往是毛主席最關心的書。毛主席可以很容易地從床上拿到他需要的書。與俞炳彥一起參加談話的李思光後來回憶說："董事長知識淵博，對古代和現代國内外的科學知識很多，對冰川、氣候等科學問題了解很多。在他的卧室裡，甚至在他的床上，有很多經典和科學書籍，無論他在哪裡說話，他都會轉身。會談範圍很廣，天南海北，海天寬闊。"
除了談話被記錄在當天的日記中，第二天的日記中提到了這段對話："昨天，我們可以看到：首先，關于農業的八字憲法，毛主席認為'水、肥、土、密、養、苗、工、管理'的八字憲法在農業護理上還存在不足，應該加上'光氣'（日光和氣候）。昨天與毛主席通話後，他今天給老頭寫了一封信，給他寄了一本《曆史時代世界氣候的波動》和《等待科學》，因為他的老人昨天問："你們的書是什麼？與沈文雄（于克雄的秘書）的交流是由醫院送來的。"
談話讓他深受鼓舞。毛主席對氣候變化的詳細考察和對未來氣候趨勢的關注，使他在随後的歲月裡投身于曆史氣候變化的研究。他決心在以往研究的基礎上，進一步收集資訊，收集過去三四十年的思想，進一步研究中國曆史上的氣候變化。還計劃在1966年包括個人工作的重點。基于過去相關科學積累，當時世界各國普遍關注氣候異常，毛主席對此的鼓勵，在該領域的深入研究能夠取得震撼國内外學術界的成果是合乎邏輯的。
1972年4月17日，他對《近5000年中國氣候變化的初步研究》一文作了最後修改，并發表在《考古學報》上。在随後的幾個月裡，在學校草案的過程中進行了一些修改。1972年9月10日，他在日記中寫道："晚上重複了一遍，氣候變化的文字最後一次重複，可以稱為他一生的傑作。"随後共出版了11個版本的文本，包括英文、德文、法文、日文、阿拉伯文和世界語言，以及中文的幾個版本。這篇創新的科學論文一經發表，無論是在思想上還是在方法論上，都引起了全世界的巨大反響。
他從1917年開始寫日記，但從1936年到1974年2月6日，也就是他去世前一天（有些日子沒有說話）。這段38年的心路曆程，不僅讓人看到了真實而充實的看得見，更以獨特的方式反映了20世紀中國的政治、社會和文化發展。
在他的日記中，"毛主席"是最常用的詞之一。毛主席參加的任何活動，都會在日記中寫下他在廣播（電視上和電視上）聽到的内容，以及他在會議上傳達的内容和在報紙上讀到的内容。他一直堅持學習毛澤東的著作，他的學習經驗也是他日記的内容之一。例如，在1958年5月8日、9日和10日的三天日記中，他研究了毛主席的《論持久戰争》。在學習中，他對毛主席關于"政治不流血戰争"和"隻有政治動員才能打赢戰争"的言論感同身受。
晚年，他越來越尊重毛主席。他對新中國取得的巨大進步深有感觸，并把這歸功于毛主席的上司。雖然他看到或聽說了當時城鄉的物質匮乏，也了解了文化大革命期間發生的一些内亂，但都記在他的日記裡。但總的來說，他相信情況是好的。這一方面來自他自己對新舊兩個中國的經曆。例如，1970年3月7日，在他80歲生日那天，他在日記中提到六個兄弟姐妹，其中四個在舊社會40歲之前去世，還有一個妹妹活到80歲，他說："這是毛主席和共産黨'預防勝于治療'衛生政策的禮物。國内瘟疫、傷寒、天花等疾病幾乎消失，這不僅是世界大事。他還将補給與當時的蘇聯進行了比較，并認為"為了福利，我們也更快樂。另一方面，他在海外遊客的反應中感受到了這一點，有時每月有11組外國遊客。例如，他在1972年12月4日的日記中提到諾貝爾獎獲得者李正道回國後被國家變化的幅度"感動"，并在1973年10月17日的日記中寫道，華裔美國科學家吳建雄是"自他到達祖國以來最強的"6月16日， 美籍華人學者團"對中國日益壯大的實力感到榮幸和自豪"，"我們發射了原子彈，美國人認為中國人很偉大";而7月24日，英國華人學者"說農村的變化真是驚人，因為農村的人民公社也有電燈"，等等。
中國現代科學家（組1），影印版，全套4件，全套面值0.68元，郵電部發行人，荀号J149，全數50（5×10），全套價格0.68元，印刷機構北京郵票廠設計師嚴建軍， 釋出日期，1988年4月28日，4-1地質學家李思光，4-2氣象學家，地理學家闫克軍，4-3實體學家吳有辰，4-4數學家華羅軒。由此可見，TheO的學術地位和貢獻。
更何況，他一生都與科學相聯系，對中國新科技事業的輝煌成就有着強烈的意識。在1968年2月9日的日記中，他寫道："......十八年來，毛主席的英明上司，科技進步的速度之快，前所未有，與解放前大不相同，現在我們可以自己制造所需的裝備，可以培養進階科技人才，可以有信心解決一切難題，科學真正紮根于我國，這是解放前沒有夢想的， 在18年裡，所有人都做到了。