他是著名的科学大师，他的学术水平和道德人格可以说到了名声的地步，以至于有人称他为"伟人"，并说"于克轩是本世纪中国科学家最令人钦佩的大师，100年来这样的伟大人物不超过七八个人"（纪念龚克轩先生120周年气象出版社2010年， 第44-45页）。
1936年初，浙江大学校长出任。蒋介石被推荐接任。在采访了江泽民之后，经过几次考虑，他同意接任。在随后的十三年里，浙江大学成为中国最著名的大学之一，也是著名的"民主堡垒"。在此期间，他被引诱进入国民党，后来被列为中央委员会委员。
接近解放时，尽管国民党条件有利，他最终还是拒绝了蒋介石的台湾邀请。他潜伏在上海，在那里他遇到了蒋经国，蒋经国正在指挥从国库向台湾运送金条。蒋经国以父亲的名义，让他赶快去台湾，但他很有礼貌。
上海解放的第三天，他在日记中写道："人民解放军人民，像云尼长期受苦的希望，希望努力到底，而不是像国民党的腐败。科学对建设非常重要，希望共产党重视。接下來的現實並沒有讓他失望。他一获解放，就被提拔为中国科学院院长，当时被认为是中国科学事业的最高机关，并担任负责自然科学的副院长。
毛主席与余克东先生等人以及左三的余克东先生交谈
自1949年9月在第一届中国政协会议上第一次见到毛主席以来，他多次受到接待和与主席共进晚餐。中央领导和中国科学院党组的信任和尊重，使他在领导新一批科研机构的重建中发挥了不可替代的作用。到1956年初，研究机构的数量从研究所早期的16个增加到44个。继自然科学奖之后，中国科学院已经涌现出一批具有相当水平的理论研究成果。同时，科研进入了新的繁荣时期。在实践中，他意识到，只有在中国共产党的领导下，中国的科学事业才能有辉煌的前途。
1958年10月27日，他陪同毛主席参加了在中关村举行的中国科学院科技成果展览会。在他的日记中，他写下了访问的过程，并为每行加下划线。这是他38年日记中唯一一次。
1961年1月21日下午，包括于克轩在内的四位中国科学院科学家应邀到中南海的怀仁厅，向毛主席、周总理、刘少奇等中央领导人作科学报告。他专攻生物学、地质学和农学。"四位科学家讲了四个半小时。毛泽东提出的今后每月组织两次这样的科学报告，对每个人都有好处。"（《毛泽东论语（1949-1976）》第二卷，第516页）。
1958年6月提出加入中国共产党的请求，1962年正式加入中国共产党。
入党后，在工作中可以更加自觉地贯彻党的政策和政策。中央政府提出以农业为基础的国民经济总体政策后，率先研究与农业生产密切相关的气候问题。1963年8月，他在青岛受教期间，写了一篇关于《中国气候的几个特点及其与粮食作物生产的关系》的文章。一直关注科学的毛主席在国家科委编制的内部刊物《科研动态》274号上读到这篇文章，立刻引起了兴趣。他决定请于可君谈谈这个问题。
1964年2月6日，毛主席邀请于克军、李思光、钱学森到中南海巨祥书屋谈话。其中一个鞠香书屋是毛主席的卧室和书房。除了房子里的书柜外，宽敞的木床周围环绕着各种书籍。毛主席有在床上看书的长久习惯，床上的书往往是毛主席最关心的书。毛主席可以很容易地从床上拿到他需要的书。与俞炳彦一起参加谈话的李思光后来回忆说："董事长知识渊博，对古代和现代国内外的科学知识很多，对冰川、气候等科学问题了解很多。在他的卧室里，甚至在他的床上，有很多经典和科学书籍，无论他在哪里说话，他都会转身。会谈范围很广，天南海北，海天宽阔。"
除了谈话被记录在当天的日记中，第二天的日记中提到了这段对话："昨天，我们可以看到：首先，关于农业的八字宪法，毛主席认为'水、肥、土、密、养、苗、工、管理'的八字宪法在农业护理上还存在不足，应该加上'光气'（日光和气候）。昨天与毛主席通话后，他今天给老头写了一封信，给他寄了一本《历史时代世界气候的波动》和《等待科学》，因为他的老人昨天问："你们的书是什么？与沈文雄（于克雄的秘书）的交流是由医院送来的。"
谈话让他深受鼓舞。毛主席对气候变化的详细考察和对未来气候趋势的关注，使他在随后的岁月里投身于历史气候变化的研究。他决心在以往研究的基础上，进一步收集信息，收集过去三四十年的思想，进一步研究中国历史上的气候变化。还计划在1966年包括个人工作的重点。基于过去相关科学积累，当时世界各国普遍关注气候异常，毛主席对此的鼓励，在该领域的深入研究能够取得震撼国内外学术界的成果是合乎逻辑的。
1972年4月17日，他对《近5000年中国气候变化的初步研究》一文作了最后修改，并发表在《考古学报》上。在随后的几个月里，在学校草案的过程中进行了一些修改。1972年9月10日，他在日记中写道："晚上重复了一遍，气候变化的文字最后一次重复，可以称为他一生的杰作。"随后共出版了11个版本的文本，包括英文、德文、法文、日文、阿拉伯文和世界语言，以及中文的几个版本。这篇创新的科学论文一经发表，无论是在思想上还是在方法论上，都引起了全世界的巨大反响。
他从1917年开始写日记，但从1936年到1974年2月6日，也就是他去世前一天（有些日子没有说话）。这段38年的心路历程，不仅让人看到了真实而充实的看得见，更以独特的方式反映了20世纪中国的政治、社会和文化发展。
在他的日记中，"毛主席"是最常用的词之一。毛主席参加的任何活动，都会在日记中写下他在广播（电视上和电视上）听到的内容，以及他在会议上传达的内容和在报纸上读到的内容。他一直坚持学习毛泽东的著作，他的学习经验也是他日记的内容之一。例如，在1958年5月8日、9日和10日的三天日记中，他研究了毛主席的《论持久战争》。在学习中，他对毛主席关于"政治不流血战争"和"只有政治动员才能打赢战争"的言论感同身受。
晚年，他越来越尊重毛主席。他对新中国取得的巨大进步深有感触，并把这归功于毛主席的领导。虽然他看到或听说了当时城乡的物质匮乏，也了解了文化大革命期间发生的一些内乱，但都记在他的日记里。但总的来说，他相信情况是好的。这一方面来自他自己对新旧两个中国的经历。例如，1970年3月7日，在他80岁生日那天，他在日记中提到六个兄弟姐妹，其中四个在旧社会40岁之前去世，还有一个妹妹活到80岁，他说："这是毛主席和共产党'预防胜于治疗'卫生政策的礼物。国内瘟疫、伤寒、天花等疾病几乎消失，这不仅是世界大事。他还将补给与当时的苏联进行了比较，并认为"为了福利，我们也更快乐。另一方面，他在海外游客的反应中感受到了这一点，有时每月有11组外国游客。例如，他在1972年12月4日的日记中提到诺贝尔奖获得者李正道回国后被国家变化的幅度"感动"，并在1973年10月17日的日记中写道，华裔美国科学家吴建雄是"自他到达祖国以来最强的"6月16日， 美籍华人学者团"对中国日益壮大的实力感到荣幸和自豪"，"我们发射了原子弹，美国人认为中国人很伟大";而7月24日，英国华人学者"说农村的变化真是惊人，因为农村的人民公社也有电灯"，等等。
中国现代科学家（组1），影印版，全套4件，全套面值0.68元，邮电部发行人，荀号J149，全数50（5×10），全套价格0.68元，印刷机构北京邮票厂设计师严建军， 发布日期，1988年4月28日，4-1地质学家李思光，4-2气象学家，地理学家闫克军，4-3物理学家吴有辰，4-4数学家华罗轩。由此可见，TheO的学术地位和贡献。
更何况，他一生都与科学相联系，对中国新科技事业的辉煌成就有着强烈的意识。在1968年2月9日的日记中，他写道："......十八年来，毛主席的英明领导，科技进步的速度之快，前所未有，与解放前大不相同，现在我们可以自己制造所需的装备，可以培养高级科技人才，可以有信心解决一切难题，科学真正扎根于我国，这是解放前没有梦想的， 在18年里，所有人都做到了。