武帝是一個英明剛斷的君主。在位期間，繼承了齊高帝的作風，崇尚節儉，關心百姓疾苦，多辦學校，挑選有學問之人任教，以培育德行。
以富國為先，不喜歡遊宴、奢靡之事，延續推行檢籍政策。
永明三年（485年），平定富陽郡唐寓之叛亂，但檢籍的政策依然受到庶族的激烈反對。
永明八年（490年），宣布“卻籍”無效，恢複劉宋升明時期戶籍所載的原狀。
對外與北魏通好，邊境比較安定。清明的統治環境，推動了江南經濟發展和社會安定。
永明十一年（493年），去世，終年五十四歲，廟号世祖，谥号為武，葬于景安陵。
始興相殷孚率領一萬兵力前往尋陽投靠劉子勳，有人建議蕭赜截擊殷孚。
蕭赜考慮人數太少，寡不敵衆，便退避屯兵在揭陽山中，招兵買馬發展到三千人。
劉子勳派遣其部将戴凱之擔任南康相，又任命軍主張宗之部一千多兵力前往協助。蕭赜帶領部隊前往南康郡，在南康口擊退戴凱之别軍首領程超的數百人，又進擊張宗之，大敗張宗之部并将其斬首，于是兵圍南康郡城。
劉子勳部将戴凱之以數千人固守，蕭赜親率将士盡日攻城，終于攻陷，戴凱之逃走，蕭赜殺死劉子勳所任命的贛縣縣令陶沖之。
蕭赜占據郡城，派遣軍主張應期、鄧惠真三千人襲擊豫章。劉子勳派遣軍主談秀之等七千人，與張應期在西昌對峙，修築營壘，雙方多次交戰難決勝負。聽說蕭赜準備親自來戰，談秀之等便退散而去。
叛亂平定後，劉宋朝廷調蕭赜進京擔任尚書庫部郎、征北中兵參軍，封西陽縣子，兼任南東莞太守、越騎校尉、正員郎、劉韫撫軍長史、襄陽太守。
又另封贛縣子，食邑三百戶。蕭赜堅決辭讓不肯接受。于是轉任甯朔将軍、廣興相。
元徽二年（474年），桂陽王劉休範謀反，蕭赜派兵襲擊尋陽，抵達北峤時，叛亂已被平定。
宋後廢帝劉昱升任蕭赜為晉熙王劉燮的安西谘議，
蕭赜沒有接受，又回到自己的領郡。之後轉任司徒右長史、黃門郎。
元徽四年（476年），朝廷任命蕭赜為晉熙王劉燮鎮西長史、江夏内史、行郢州事。
元徽五年（476年），宋順帝劉準即位，調任晉熙王劉燮為撫軍、揚州刺史，并讓蕭赜為擔任左衛将軍，輔助劉燮一起到任。
同年十二月，沈攸之起兵反叛，當時朝廷的任命還沒下達，蕭赜看到沈攸之進軍的道路中途可以待敵，便領兵占據盆口城做好戰守的準備。
蕭赜的父親蕭道成聽說後大喜說：“真不愧是我的兒子！”蕭赜要求西進讨敵，但沒有得到準許，于是派遣偏軍支援郢城。當時平西将軍黃回等都受蕭赜的節制排程。加任蕭赜為冠軍将軍、持節。
升明二年（478年），沈攸之的叛亂被平定，朝廷轉任蕭赜為散騎常侍，都督江州、豫州的新蔡、晉熙二郡軍事，征虜将軍，江州刺史，仍舊持節。封聞喜縣侯，食邑二千戶。
同年調任侍中、領軍将軍。并賜給鼓吹樂隊一部。府中設定佐史。兼任石頭戍軍事。不久又加任持節、督京畿諸軍事。
升明三年（479年），蕭赜轉任散騎常侍、尚書仆射、中軍大将軍、開府儀同三司，進封為聞喜公。
仍舊擔任持節、都督、領軍等職不變。配給班劍二十人。同年三月，宋順帝冊封時任太傅的蕭道成為齊公，加九錫，立蕭赜為齊公世子。改加任侍中、南豫州刺史，賜給蕭赜油絡車、羽葆、鼓吹等物，增加班劍儀仗為四十人。
将石頭宮作為齊世子宮，允許設定左右衛率以下屬官，官署、服制和東宮完全相同。後進爵齊王太子。
建元元年（479年）四月，蕭道成受禅登基，建立南朝齊，是為齊高帝，立蕭赜為皇太子。
建元四年（482年）三月初八日，齊高帝去世，蕭赜即位，是為齊武帝。
下诏命征鎮、州郡長官、軍屯營部，各行喪三天，不得擅離職守；駐守都市的戍衛部隊，一律不得回京城。
同年三月十一日，齊武帝蕭赜根據齊高帝遺诏，任命司徒褚淵為錄尚書事、書左仆射王儉為尚書令、車騎将軍張敬兒為開府儀同三司。 六月初一日，齊武帝立長子蕭長懋為皇太子。
齊武帝十分關心百姓疾苦，即位後，就下诏說：“今年收成不是太好，百姓貧困無食的非常多，京師附近長江兩岸，民不聊生。一定要派遣中書舍人前往赈恤。”永明二年（484年），他又下诏酌情遣返軍中的囚徒，大赦囚犯。
對于百姓中的鳏寡和貧窮之人，要加以赈濟。他提倡并獎勵農桑，災年時，還減免租稅。齊武帝提倡節儉，不喜歡遊宴、奢靡之事。曾下令舉辦婚禮時不得奢侈，甚至到他的身後事都力求簡樸。他以富國為先，提倡農業，并且下令多辦學校，挑選有學問之人任教，以培育人們的德行。
他很重視天災對平民的危害。當時發生歉收與水患，繼位後不久立即補助災民。揚、南徐二州發生災年時，他減免租稅以減輕災民負擔，以為永制。
為進一步緩和南北局勢，齊武帝派範缜作為使者出使北魏，範缜的學識和能力受到北魏朝野的稱贊。
南朝宋以來許多的庶族地主，為了成為世族來免除所承擔的賦役，往往向官吏行賄，在世族戶籍黃籍中加入僞造的父祖爵位。
早在齊高帝時期就，設立校籍官和置令史清查戶籍。齊武帝繼續其父的政策，将那些被認為是僞造的戶籍，一律退回本縣改正，稱為“卻籍”。
而本來應服役納賦但利用造假戶籍逃避的，都要繼續承擔賦役，稱為“正籍”。
不過，在檢籍過程中，由于檢籍官A錢作弊，結果前面的檢籍還沒有完成，後面的麻煩又接踵而至，應該卻籍的人口沒有進行卻籍，不需要卻籍的反而被卻籍。
永明四年（486年）富陽唐寓之為此起兵叛亂，雖然這次叛亂被齊武帝迅速平息，但檢籍的政策依然受到庶族的激烈反對。
最終，在永明八年（490年），齊武帝被迫妥協，宣布“卻籍”無效，對因為“卻籍”而被發配戍邊的人民準許返歸故鄉，恢複劉宋升明時期戶籍所記載的原狀。
由于齊武帝蕭赜與北魏通好，使得邊境較為安定，減少軍事調動。使得在齊武帝在位的十一年期間，政治清明，國内社會安定，帶動經濟文化的發展，替齊國帶來一個小康的安定局面。
永明十一年（493年）正月二十五日，太子蕭長懋去世，谥号文惠太子。
四月十四日，齊武帝立蕭長懋的長子南郡王蕭昭業為皇太孫。
同年七月，齊武帝患病。七月三十日，齊武帝病危，下诏讓皇太孫蕭昭業繼承皇位，讓百官盡心輔佐，喪禮從簡，将自己標明的葬地定名為景安陵，不準建造塔和寺院。
當天蕭赜去世，時年五十四歲，廟号世祖，谥号武皇帝。九月十八日，安葬于景安陵。
齊武帝繼位後，時有恩赦，處事果斷。永明元年（483年）三月，齊武帝诏赦恩五十日，對四方犯人，罪無輕重，均予大赦。
次年（484年）八月，诏都下兩縣，對野外的屍體要根據情況進行安葬，對無親人的死者給予埋葬。
大将陳天福所率部隊軍紀不嚴，掠劫百姓，蕭赜即命将陳天福斬于街市。
齊高帝在位時期，指令門下省黃門郎虞玩之等人重新校訂戶籍。
齊武帝即位後，又另行設立校籍官，設定令史，限定令史每天每人都要查出幾件奸僞案件。這樣連續幾年都沒有停止，老百姓為此愁苦不安，怨聲載道。
外監、會稽人呂文度就此啟奏齊武帝，齊武帝下令凡是撤銷戶籍的，都要發配遠方戍守邊疆，百姓大都畏罪逃亡。
但是因為檢籍政策實行不善，爆發了富陽百姓唐寓之的叛亂。暴亂雖很快平定，庶族地主反檢籍的鬥争并沒有停止。
永明八年（490年），齊武帝被迫停止檢籍，并宣布“卻籍”無效，對“卻籍”而被發配戍邊的人民準許返歸故鄉，恢複以前戶籍所注的原狀。
許多庶族地主和商人因而取得士族所具免賦役的特權。
永明三年（485年）冬，富陽百姓唐寓之（《資治通鑒》作唐宇之）趁機蠱惑人們起來叛亂，攻陷了富陽。
三吳一帶被撤銷戶籍的人紛紛投奔富陽，人數多達三萬。
永明四年（486年）正月，唐寓之攻陷錢唐，在錢唐稱帝，封立太子，設定文武百官。接着，派他的大将高道度等人攻陷東陽，殺東陽太守蕭崇之，又派大将孫泓進犯山陰。
齊武帝派幾千名禁軍，幾百匹戰馬，往東進攻唐寓之。禁軍抵達錢唐，唐寓之手下都是一群烏合之衆，對騎兵都十分懼怕，雙方剛一交戰，唐寓之全軍崩潰，禁軍抓獲了唐寓之，将其斬首，進而平定叛亂各郡縣。
事後，參與暴亂的不少民丁，被罰修白下城（時為南琅邪郡治所，故址在今南京金川門外），或發配到淮河一帶作戍卒十年。
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