國人有“隔代修史”的傳統，二十四史中除這本《史記外》全是後人編寫的，我妄加揣測一下，大緻的原因應該不出一下幾條，或者兼而有之。
第一是立場問題。
史書作者肯定是文人，而且是比較優秀的文人，而古代“學而優則仕”，這樣的人大機率是官員，官員作為上層人士，就算不免有些不同意見，但立場起碼大體站在當朝一邊，是以嚴重影響其客觀性。
《史記》中，對漢高祖的記載，雖然并沒有避諱其無賴小人的一面，但對虛無缥缈的天命卻持支援态度，什麼“夢與神遇”、“斬白蛇”之類，一一記載，這無疑與其作為漢朝的臣子，對開國之君的崇敬、認為本朝秉承天命的立場有關。
第二是恩怨問題。
時代不夠久遠，寫作者很有可能和書中記載的人物有或多或少的瓜葛，筆下就會有偏頗。
曾經有種說法，“鴻門宴”的故事之是以記載的那麼詳細——幾位主角座位如何、言語如何，是因為主角之一的樊哙後人和太史公是好友，這固然是好事，但在故事中，樊哙将軍表現了過于多英雄氣概，恐怕和史實不一定符合，多半太史公的這位朋友美化先祖吧。
霍去病墓前石馬
另外，衛青、霍去病這類英雄人物竟然被寫進了《妄幸列傳》，應該也和他們的作為和太史公的政治理念不同有關。
第三是評價問題。
評價曆史人物，有所謂的“蓋棺定論”的說法，但這個“論”是否恰當，還要經曆時間的考驗，不經曆一些歲月，一些看似公允的評價可能會被推翻——畢竟有“隻緣身在此山中”的情況。
明朝的張居正就是個明的例子，死後先是被賜谥号，随即反轉被抄家，最後又被平反，可見沒有時間的錘煉，着急下結論實在不太靠譜。
張居正病逝，神宗為之辍朝，贈上柱國，谥“文忠”。 張居正逝世後的第四天，禦史雷士幀等七名言官彈劾潘晟，神宗命潘緻仕。潘晟乃張居正生前所薦，他的下台，表明了張居正的失寵。言官也把矛頭指向張居正。神宗于是下令抄家，并削盡其宮秩，迫奪生前所賜玺書、四代诰命，以罪狀示天下。而且張居正也險遭開棺鞭屍。家屬或餓死或流放，後萬曆在輿論的壓力下終止進一步的迫害。張居正在世時所用一批官員有的削職，有的棄市。天啟二年（1622年），天啟皇帝為張居正複官複蔭。
最後一點最為緻命，那就是自身安危。
如果說，上面幾點隻是影響史書的品質的話，這一點影響的可是書寫者的安全，《左傳》中的另一個太史及其兄弟不就是因為這原因躺在了血泊之中嗎？
《史記》作為開創性的通史，創作時這個傳統還沒有形成，是以一直寫到了司馬遷所處的時代，可以想見，一定會受到這些因素幹擾。
《孝武本紀》據說原來叫《今上本紀》，應該最初也是如實記載的，據說漢武帝看到後，很生氣，
漢武帝聞其述史記，取孝景及己本紀覽之，于是大怒，削而投之。于今此兩紀有錄無書。（《三國志》）
這段記載不知真假，但《漢武本紀》最後沒能傳世是事實。
現在看到這篇幾乎全部記載的是漢武帝封禅、求仙等大搞特搞的迷信的事迹。往後一看，不過是《封禅書》中關于漢武帝的一段加了一個六十字左右的開頭冒充的。
漢武帝
有一說一，雖然漢武帝在曆史上和秦始皇、唐太宗、宋太祖并列（秦皇漢武、唐宗宋祖），但在這段記載中，智商不高，先後被各種神棍、方士欺騙，同他英明神武的一貫形象完全不符。
公平說，漢武帝一生戰功赫赫，司馬即便如是記錄，那也是功大于過。但漢武帝自尊心太強，容不得半點指摘，甯願攤上沒有肚量的壞名聲也有去掉自己那篇，卻不知被頂替上這麼一篇東西去，不知該做和感想：功過兼有的一代雄主形象怎麼也好過一個一心長生，事事受人蒙蔽的庸人形象吧。