初看電影海報，還以為這部電影講的是生病男孩的故事，以為會很溫情。實際上這部電影講述的是二戰期間猶太男孩沙穆爾和德國軍官兒子布魯諾兩人之間的故事，電影借用孩子的眼，來展現二戰期間德國納粹對猶太人的迫害。
《穿條紋睡衣的男孩》不同于《辛德勒的名單》《美麗人生》這類同樣叙述納粹對猶太人迫害，它是站在德國軍官家庭裡的小孩的眼來完成片子的。而這部電影意味深長的結局，讓許多觀影者在最後都流下傷心、無力的淚水。
電影開篇，柏林街頭，衣着光鮮的德國男孩子們在放學後無憂無慮的遊戲，可八歲的男主角回到布魯諾回到家時，卻發現家裡在打包各種生活用品，他們一家竟然要跟随父親搬家，原來他的父親是德國軍官，被調到鄉下接管一座“農場”，事實上，農場就是關押猶太人的集中營。
搬到鄉下後布魯諾對不遠處的“農場”産生興趣，偷偷背着母親跑到農場外面去。他在農場外面結識了好朋友沙穆爾，沙穆爾被關在“農場”裡，穿着納粹統一發放的條紋外套。而布魯諾以為這是睡衣，以為農場裡特别好玩。
布魯諾之是以這樣想，是因為在不小心窺視到家裡面召開的軍官會議，會議中投影裡放着農場裡種種有趣美好的畫面，道貌岸然的軍官們自我洗腦，把一場場龐大的屠殺美化成農場的美好生活，而八歲的布魯諾以為集中營真的是農場，常常問沙穆爾關于裡面的生活。
兩人熟識後布魯諾常常帶着皮球與沙穆爾一起玩，隔着鐵絲網，兩人一起聊天，打球，但時常，哨聲一響沙穆爾就跑走了，因為他要回到營房裡面去。布魯諾還會給挨餓的沙穆爾帶家裡的食物，兩個人的純真友情讓人感動。
但兩人之間也發生過誤會，布魯諾家裡舉辦宴會，玻璃酒杯需要沙穆爾的小手才能徹底擦幹淨，布魯諾給了沙穆爾一塊蛋糕，但恰巧被經過的軍官看到，軍官認定是沙穆爾偷吃，布魯諾因為害怕也沒有幫忙解釋。猶太小男孩慘遭痛打。後來布魯諾道歉，兩個人依然和好如初。這就是孩子的友情，不記恨，純真而友善。
電影的高潮是在布魯諾決心幫助沙穆爾找他在“農場”失蹤的父親。在原本布魯諾要跟随母親離開鄉下時，布魯諾偷偷帶着工具到鐵網旁挖洞，而沙穆爾多穿了一件條紋睡衣，用以讓布魯諾僞裝進集中營。他們倆成功啦，布魯諾如願進入集中營，然而，兩個并沒有找到沙穆爾的父親，反而被納粹叫到封閉的洗澡間……
那天雨下的很大，孩子們以為隻是躲雨，但沒想到進到那個洗澡間後，他們再也沒有出來。
而布魯諾的家人在發現孩子不見後，利用獵犬追蹤到集中營，但是一直沒找到布魯諾的身影，直到布魯諾的父親看見戴防毒面具的士兵突然恍惚了起來。
電影最後是一段長達幾十秒灰暗的“洗澡間”，畫面裡沒有一個人，沒有一點聲音，同樣也沒人知道這群人的下場如何。在洗澡間裡有幾個猶太人發現了布魯諾的存在，但是他們都默不作聲，可能是見了太多身邊的人消失，是以沒有打算救助這個八歲的孩子。
影片用孩子的眼來看整個集中營，用純真反襯出納粹的可怕，用生命最終的悲劇，刻畫了二戰時期納粹的喪心病狂。很多觀衆在最後布魯諾一點點進入集中營時，并沒有幸災樂禍，反而為孩子們揪心。這不光是因為主演們純真的演技，更是因為孩子們是戰争的受害者，他們并不了解所有的罪惡。影片用這樣的手法，用看似平靜的語調，實則叙述出時代中的悲劇。