在《使命召喚4：現代戰争1》的結尾，極端民族主義者紮卡耶夫在試圖複興俄羅斯時犧牲了，普萊斯花了整整15年的時間來完成殺死紮卡耶夫的任務，他應該在普裡皮亞季完成。
但世界并沒有因為紮卡耶夫的死而恢複和平，極端民族主義政黨登上政治舞台，反西方情緒在俄羅斯擡頭。美國，一個前超級大國，随着中東3萬名士兵的死亡而失去了昔日的輝煌。
此時，俄羅斯，曾經弟弟弗拉基米爾·馬卡洛夫接過了紮卡耶夫的接力棒，完成了極端主義團體的擴張和重組，準備與西方戰鬥至死。
在大洋彼岸，目睹了3萬名本國士兵死亡的謝菲爾德将軍也對美國的軟弱感到失望，并準備以自己的方式恢複其昔日的權威。
一場陰謀和背叛的風暴即将席卷全球，而這場風暴的中心是普萊斯和其他在第一款遊戲中完成了不可能完成任務的人。
它發生在2013年，紮卡耶夫去世兩年後，世界沒有恢複和平。為了應對日益增長的國際形勢，英國特種空軍、中央情報局和陸軍特種部隊的任務是挑選最精銳的特種部隊組成141特遣部隊。
在殺死紮卡耶夫等人方面做得很好的普萊斯團隊成為了特遣隊的原始團隊。該特遣隊由前美軍中東地區負責人謝菲爾德将軍親自管理，由普萊斯上尉指揮。
141特遣隊一成立，就有了第一個任務。據情報部門稱，代号為"Kingfish"的俄羅斯極端民族主義政黨的上司人目前躲藏在烏克蘭的Krkonosche山脈，141特遣部隊将與三角洲特種部隊合金部隊合作執行暗殺任務。任務代碼是：金魚行動。
2013年10月8日，"翠魚行動"正式開始，141特遣部隊的三名成員：普萊斯、肥皂和幽靈作為地面突襲者;與此同時，一艘代号為Ghost 6-4的AC-130氣炮艇為該行動提供了空中火力支援。行動準備不足。
然而，任務的情報再次提前洩露，141支特遣隊雖然一路一路上到"金魚"總部，但在總部沒有找到"金魚"，卻發現了大量莫斯科紮卡耶夫國際機場資訊和141張特遣隊照片。
此時，一直監視和觀察情況的"石首魚"引爆了卡在地圖表下的C4炸藥，但幸運的是普萊斯及時沒有發現人員傷亡。
普萊斯等人找到了中盤，然後用合金單元爆發了。捉鬼敢死隊6-4為突圍提供了強大的火力，但不幸的是被修改後的RPG擊落，肥皂随後被炸毀。
為了掩護前來迎接他的V-22直升機上的其他機組人員，普萊斯上尉離開掩護隊友撤退，"肥皂"看着飛機上的老船長被敵人包圍，隻是無助地大喊大叫。
"金魚行動"失敗了，傳回的"肥皂"從謝菲爾德将軍那裡得知，代号為"金魚"的目标是俄羅斯極端主義組織的上司人，前紮卡耶夫的弟弟弗拉基米爾·馬卡洛夫。"肥皂"憤怒地用匕首掃過馬卡洛夫的照片，發誓要為普萊斯上尉的雪恨報仇！
時間已經回到了2016年，紮卡耶夫去世五年後，世界仍處于戰争狀态。謝菲爾德将軍此時傳回中東。這一次，他來到了阿富汗的鳳凰軍事基地，挑選了一名優秀的士兵來完成一項不可能完成的任務。
屬于第75遊騎兵團的約瑟夫·艾倫是這次行動的候選人之一，謝菲爾德将軍為他安排了測試。
在測試中，艾倫成功完成了科目，受到謝菲爾德将軍的稱贊，然後被要求進入阿富汗戰場的前線進行最後的測試。
在阿富汗戰場的前線，當地民兵摧毀了美軍的橋梁，阻礙了美國車隊的行軍速度。艾倫的任務是與遊騎兵一起保護橋梁并確定車隊到達目的地。
艾倫在任務中的出色表現徹底征服了謝菲爾德将軍。對峙結束後，謝菲爾德向艾倫透露了他面前的任務，他将被派往馬卡洛夫身邊擔任卧底特工，向謝菲爾德提供有關極端主義團體的資訊。
雖然任務很艱巨，但艾倫還是大膽地接過了任務，第二天就出發了，這時艾倫不會想到這段旅程是一張單程票。
當謝菲爾德将軍在炎熱的阿富汗部署新任務時，我們的141特遣隊又回來了，随着普萊斯的失蹤，"肥皂"接管了上尉的責任，幽靈的西蒙·萊利中尉和"小強"的加裡·桑德森中士加入了團隊。而他們這次的任務是在冰冷的天山。
美國衛星的戰術識别系統（ACS）墜毀在哈薩克斯坦的俄羅斯軍事基地。如果ACS子產品被俄羅斯人破解，北美的所有防空雷達都将是徒勞的。這支"肥皂"将搭檔"小強"潛入俄羅斯軍事基地，目的是找回丢失的ACS子產品。
兩個人在天山山脈的冰雪中奮力前行，"小強"在攀登懸崖時差點墜入深淵，在這個關鍵時刻，"肥皂"及時拉動了失落的小強。不知道此時的肥皂會不會記得他在登機時被普萊斯拉扯的那一刻？
但此時兩人沒有時間想太多，利用先進的心跳感應裝置和積雪覆寫，兩人成功幹掉了警衛，潛入基地，得到了丢失的ACS子產品。
在回去的路上，兩人被守衛發現，一場精彩的雪地追逐開始了，憑借超高的駕駛技術，兩人猛踩油門躍過懸崖，成功到達疏散地點。
雖然兩人設法找回了丢失的ACS子產品，但他們并不知道子產品已經被俄羅斯人破解了，這種裂縫将在未來給美國帶來巨大的災難。
艾倫一直在執行一項潛伏的任務，現在已成為馬卡洛夫身邊的強大幫手，目睹了馬卡洛夫策劃的許多恐怖襲擊。這一次，馬卡洛夫的目标是莫斯科的紮卡耶夫國際機場。
莫斯科的紮卡耶夫國際機場以前極端主義上司人的名字命名，已成為俄羅斯的象征，無數乘客在世界各地飛行。
當時的機場保安人員并沒有注意到進來的人，艾倫的心情喜憂參半，因為他知道自己即将進行一場代号為"沒有俄羅斯人"的不分青紅皂白的恐怖屠殺行為。
行動始于裝備精良的恐怖分子不分青紅皂白地屠殺手無寸鐵的俄羅斯平民，機場安全人員無法與專業恐怖分子競争，以及充滿笑聲的機場尖叫聲造成數千名俄羅斯平民死亡。
俄羅斯聯邦安全局（FSB）的特種部隊趕往機場，但被馬卡洛夫和其他人襲擊所淹沒。當艾倫和馬卡洛夫一起到達疏散點時，是馬卡洛夫在等着他，艾倫被槍擊中。原來，馬卡洛夫早就知道艾倫的身份，故意開槍打死他，意圖是俄羅斯政府認為是美國人策劃了大屠殺，目的是制造美俄戰争。
俄羅斯聯邦安全局在現場發現了艾倫的屍體，并發現了他的中央情報局特工的身份，由于艾倫的身份，俄羅斯當局确定大屠殺是美國策劃的恐怖襲擊。
俄羅斯的憤怒被點燃，極端民族主義情緒被重新點燃，俄羅斯政府不得不與美國開戰。由于ACS子產品已被俄羅斯軍隊破解，當大量俄羅斯空降兵飛往美國東海岸時，美軍隻找到了俄羅斯軍隊的下落。世界大戰第一次在美國土地上點燃，華盛頓特區.C成為第三次世界大戰的中心。
俄羅斯的襲擊使美軍措手不及，迫使其在本土發動了一場艱苦的防禦戰。結束戰争的唯一希望就是抓住策劃恐怖襲擊的幕後黑手：馬卡洛夫。
特派團再次落在141特遣隊手中。根據對在機場投下的彈殼的分析結果，第141特遣隊奉命前往巴西，抓獲向馬卡洛夫提供武器的巴西軍火商羅哈斯。希望羅哈斯能得到更多關于馬卡洛夫藏身之處的資訊。
由于美軍受國内戰場的束縛，無法為141特遣隊提供更多幫助，"肥皂"請來了老朋友尼古拉。他将作為雇傭兵參與在巴西俘虜141支特遣隊。
在裡約熱内盧，第141特遣隊開始抓捕羅哈斯，後者對馬卡洛夫的藏身處一無所知，盡管第141特遣隊在執行任務期間設法抓住了他。
當第141特遣隊處于幻滅狀态時，羅哈斯透露了另一條資訊：馬卡洛夫手裡有一個人想殺人，但不能殺人，那就是627号囚犯。
代号為627的囚犯成為141特遣隊發現馬卡洛夫的另一個重要線索。根據情報分析，這名代号為627的囚犯目前被關押在俄羅斯堪察加半島彼得羅巴甫洛夫斯克的城堡監獄古拉格。
古拉格由極端民族主義團體控制，他們奪取了當地的石油鑽井平台作為防空飛彈基地，将油井勞工扣為人質。這給救援行動帶來了很大的困難。
在美國海軍和空軍的協助下，第141特遣隊像上帝一樣，沉入了鑽井平台，然後進入了崎岖的"古拉格"監獄。
經過一番激烈的戰鬥，141特混艦隊成功救出了627俘虜，讓"肥皂"等人對627戰俘在"金魚行動"中失蹤了老隊長普萊斯感到驚訝和高興。
"肥皂"将殺死紮卡耶夫的M1911手槍歸還給普萊斯，這也意味着價格回到了第141小隊。随着"古拉格"監獄的爆炸和倒塌，141支特遣隊從出生那天逃脫并進行了重組。
在了解了戰場的目前情況後，普萊斯認為是時候結束美國土地上的戰鬥了，而謝菲爾德将軍則指令141特遣部隊集中精力尋找馬卡洛夫。兩人意見相左，普萊斯給了謝菲爾德将軍一個讓他失去理智的地方。141特遣部隊在普萊斯的上司下暫時從謝菲爾德将軍的指揮下撤職。
此時在美國，弗利中士率領隊員拉米雷斯和鄧恩在華盛頓附近進行抵抗。他們被指令摧毀當地的俄羅斯防空系統，然後前往附近的一個隐藏的安全室營救一名貴賓。
美國東海岸的疏散已經開始，第75遊騎兵團必須為疏散争取時間。拉米雷斯使用标槍飛彈擊落了幾架敵方攻擊直升機和裝甲車，為撤離争取了寶貴的時間。
但因為敵軍太多，拉米雷斯的黑鷹直升機被擊落，敵人包圍并慢慢接近，弗利中士等人準備死亡。
然而，此時此刻，戰場電子裝置突然癱瘓，飛機在空中像有翼鳥一樣墜毀，弗利中士等人看到了突破的希望。
戰場電子裝置的突然癱瘓是141特遣部隊的工作。普萊斯率領一隊突襲俄羅斯的一個潛艇基地，突襲成功完成，普萊斯等人劫持了一艘俄羅斯潛艇，通過潛艇向美國大陸外太空發射了一枚核彈。
炸彈在外太空引爆，一名躲藏在外太空觀看第三次世界大戰的宇航員是炸彈的唯一受害者。（宇航員OS：我處于解體狀态！正是這枚炸彈在美國大陸上空爆炸，拯救了華盛頓。
沒有電子裝置，俄羅斯和美國失去了戰場通信，華盛頓一度成為一個島嶼。戰場主動權又回到了擁有本土作戰優勢的美軍手中。華盛頓的戰争首腦馬歇爾上校在白宮附近組織部隊，為戰略反擊做準備。
然而，原子彈的爆炸也導緻美軍司令部誤判了戰場上的局勢，誤認為華盛頓被俄羅斯的核彈襲擊，已經失靈，準備通過空襲奪回華盛頓。
弗利中士和其他人接到集結的指令，團隊最終在白宮殺死了他。随着空襲指令到位，人群無法撤退，該團隊必須重新奪回白宮以確定安全。
弗利中士和其他人立即參加了在馬歇爾上校指揮下奪回白宮的行動，在空襲到來的前一刻，遊騎兵設法奪回了白宮，向空中發射信号和冷煙花以結束空襲，華盛頓幸免于難。
美國土地上的戰争終于結束了，現在唯一的目标就是俘虜馬卡洛夫，他是整場戰争的幕後黑手。141特遣部隊在完成突襲俄羅斯潛艇基地的任務後，回到了謝菲爾德将軍的指揮部。
在謝菲爾德将軍的部署下，141特遣部隊向兩個方向行進，前往馬卡洛夫的兩個藏身處，一個由普萊斯和他的"肥皂"夥伴前往阿富汗的"氣團"，另一個前往格魯吉亞的一個由"鬼魂"和"小強人"組成的别墅，試圖獲得有關馬卡洛夫的重要資訊。沒有人會意識到這是對141特遣隊的告别，因為他們剛剛聚在一起。
在格魯吉亞别墅中，"鬼"和"小強"遭遇了守軍的頑強抵抗，雖然兩人成功獲得了重要資訊，但"小強"在突圍中受了重傷。秉承"不棄、不棄"的精神，"鬼"一路鼓勵"小強"，兩人一邊戰鬥撤退，終于來到了最後的疏散點。
在疏散點，謝菲爾德将軍親自前來迎接這兩人，但沒想到的是，謝菲爾德将軍此行的目的不是要帶他們回家，而是要送他們回家。
謝菲爾德突然掏出一把槍，趁兩人毫無戒心的時候殺死了"鬼魂"。"幽靈"不願意相信，他沒有倒在敵人的槍口下，而是倒在了他的上司和兄弟謝菲爾德的槍下。此時，普萊斯的聲音也在"幽靈"耳機中聽到：不要相信謝菲爾德！
然而，一切都太晚了，重傷的"小強"隻能眼睜睜地看着他崇拜的将軍在他面前殺死他尊敬的哥哥，然後用自己的屍體消滅"鬼魂"。
屈辱和不願已經取代了重傷的痛苦，但小強一直無法反擊。"幽靈"和"小強"死于仇恨，謝菲爾德将軍看着他以前的手下在熊熊大火中化為灰燼。
在阿富汗，普萊斯和"肥皂"并不比"幽靈"和"小強"更好。在阿富汗的"飛機公墓"，普萊斯和"肥皂"突然遭到謝菲爾德翼下的"影子部隊"的襲擊，而馬卡洛夫的武裝部隊則加入了戰鬥，三人在狹窄的"飛機公墓"中扭打。
根據謝菲爾德的計劃，他希望第141特遣隊與馬卡洛夫競争，并親自從漁民那裡獲得利益。人不如天，馬卡洛夫的男子戰鬥力，甚至與"影子部隊"互相配合，而普萊斯和"肥皂"趁機突圍。
當事情發展到一個地步時，普萊斯終于意識到，幕後黑手不僅僅是馬卡洛夫，謝菲爾德瓦斯爾是這一切的根源。原來，五年前在中東，謝菲爾德曾被紮卡耶夫算計，損失了3萬名士兵。後來，謝菲爾德想要為其士兵申請傷亡福利，但遭到了上級的無情拒絕。
謝菲爾德看到美國在中東和世界各地的影響力減弱，看到一生中死去的士兵的家人無助，是以他開始了這一複仇行動。他想摧毀這個無情的世界。
于是他誣陷艾倫卧底到馬卡洛夫身邊，然後把卧底資訊洩露給馬卡洛夫，最後通過馬卡洛夫的手，開始了美俄戰争。
普萊斯率領的141特遣隊沒有完全聽從自己的指揮，如果他們成功抓住馬卡洛夫就會暴露自己，謝菲爾德聯隊就會殺死那支已經建立起來的球隊。
普萊斯和"肥皂"在出門的路上已經知道了"幽靈"和"小強"的死亡，他們怨恨謝菲爾德是普萊斯當時最喜歡的目标，與瘋狂的馬卡洛夫相比。
在突圍期間，普萊斯利用敵人的通信與馬卡洛夫談判，經過一番讨價還價，普萊斯從馬卡洛夫那裡得知了謝菲爾德的藏身之處。
此時，尼庫拉及時趕到，普萊斯和尼庫拉運輸機上的"肥皂"成功突破。對謝菲爾德的複仇行動即将開始。
此時，謝菲爾德将軍因其在美俄戰争中的出色表現而成為該國的戰鬥英雄，而執行任務的141支特遣隊被撤職，普萊斯和"肥皂"也被指控背叛，并被通緝到世界各地。
然而，這一切都沒有阻止普萊斯和肥皂對謝菲爾德的報複。兩人獨自一人進入謝菲爾德的老巢穴，經過一番激烈的戰鬥，謝菲爾德的手下無法阻止複仇的二人組，謝菲爾德甚至犧牲了自己的手下進行轟炸和轟炸，但他們一路追趕。
普萊斯和"肥皂"駕駛快艇，終于在最後一刻趕上了謝菲爾德直升機。在瀑布前，普萊斯精準地撞上了飛機的油箱，飛機墜毀了，兩人也被沖下了瀑布。
在瀑布下，兩人被水流驚呆了，在謝菲爾德進行了追逐。第一個"肥皂"終于在廢棄的工廠前追上了謝菲爾德。然而，在肉搏戰中受傷的"肥皂"并不是謝菲爾德的對手，而是被謝菲爾德的匕首插入胸膛。
此時，普萊斯及時趕到，但普萊斯在與謝菲爾德的戰鬥中也陷入了下風，眼睜睜地看着謝菲爾德完成雙殺，數着之前的"鬼"、"小強"和艾倫，謝菲爾德五殺在眼前，團摧毀了141支特遣隊的勝利！
然而，隻有絲般鮮血的"肥皂"爆發了，他從胸口掏出一把匕首，将一把飛刀插在謝菲爾德的臉上。
謝菲爾德死了，是整個陰謀的創造者的将軍，最終死在了他熟悉的中東戰場上。在這場戰場上，他失去了3萬名年輕士兵，對自己忠誠的國家失去了希望，失去了生命。
重傷的普萊斯和"肥皂"等待救援飛機來到尼庫拉。他們失去了除生命之外的一切。五年前在俄羅斯，他們失去了Gaze和Grigos，五年後他們失去了Ghost，Little Strong和Alan。
141特遣部隊是否遭受了背叛，謝菲爾德在某種程度上被背叛了嗎？這是一首關于陰謀和背叛的歌曲。死亡是這首歌最好的謝幕，但活着的人必須承受所有的痛苦。
《使命召喚6：現代戰争2》的整個故事已經結束，但現代戰争的故事還沒有結束。馬卡洛夫正坐在釣魚寶座上，即将控制俄羅斯的勢力，美俄戰争的前景依然黯淡。
普萊斯和"肥皂"被指控殺害将軍，他們必須被清除罪名才能重生。現代戰争的故事将在第三部電影中達到高潮，将玩家帶到最後的高潮。