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這是一部改編自動畫的漫畫書，動畫的情節隻有漫畫的三分之一，為了更好地了解電影，我們先來看看故事的背景。
未來，随着工業文明的發展，人類對生态的破壞越來越嚴重，巨型神兵（一種具有極緻破壞力和高智商的人造生物）被創造出來，他們是"調解人"和"審判者"的完全中立的理想，他們就像王蟲一樣，意識是一個整體， 是以，他們超越了人類，可以決定一切，以一貫的判斷基礎來調解和裁決世界的争端。他們認定人類是消滅生物最重要的，于是發生了一場"七天之火"的戰争，巨神戰士設定的生命隻有七天，也就是隻有七天，世界工業文明的巅峰毀滅了一次。
一些幸存者幸存下來，但工業文明的遺産繼續困擾着地球，劇毒植物形成了一片令人生畏的"腐爛之海"森林，随着時間的推移，這些森林有條不紊地蔓延并侵占了周圍的世界。
"風之谷"是海邊的一個小王國，在海風的保護下，一群人生活在海邊的海林裡，女主角娜烏西卡就是這裡的公主，她和族人依靠海風的力量來抵抗有毒孢子的侵蝕， 過着和平祥和的生活。
直到有一天，大火在這裡燃燒。西方勢力特魯姆打算重建立立人類的霸權，他們計劃統一周邊國家，然後對昆蟲發動全面攻擊。另一方面，在數千年前的七日火戰中，滿載着毀滅全地的生化武器的注定要失敗的魯梅奇亞運輸機墜毀在風之谷，風之谷和娜烏西卡卷入了大神戰士之戰的戰争漩渦中。
這一天，娜烏西卡帶着防毒面具到海中去A錢收集物資，遇到了一個巨大的王蟲殼，她用工具取出了一隻王蟲眼，準備離開，昆蟲的糧食樹開始散發出孢子，這些孢子劇毒，娜烏西卡用王蟲眼作為傘來阻擋孢子， 在這裡休息。
突然遠處傳來一聲槍響，是朱巴老師誤以為狐狸松鼠是被昆蟲帶走的孩子，急忙救了它，卻激怒了王蟲，一隻王蟲在追逐朱巴老師。
娜烏西卡用一枚松散的炸彈擊暈了王蟲，并用笛子将蟲子帶回了平靜，引導它回到了腐朽的海洋，朱巴和娜烏西卡認出了，并将孤獨的松鼠交給了瑙西卡。
娜烏西卡和朱巴回到了村子裡，朱巴和瑙西卡的父親是老朋友，但娜烏西卡的父親因為腐敗的海洋再也飛不起來了，兩人聊了很久，現場很溫暖。
傍晚，一艘巨大的軍艦在風的山谷中墜落，蟲子襲擊了軍艦，蟲子保護着腐朽的海洋，一般不會輕易攻擊人類，這艘軍艦降落在腐爛的海洋中殺死了昆蟲，于是引起了蟲子的憤怒，一行人發動了攻擊。
在戰艦的殘骸中，娜烏西卡遇到了被鎖鍊鎖住的佩吉特-拉斯德爾公主，她隻留下了一個警告："請燒掉所有的貨物"，然後死了。
在殘骸中，風谷的居民發現了一頭小牛，它受了傷，不能飛，準備召喚夥伴過來，如果被殺，會導緻更多的昆蟲襲擊，人群暫時無所事事。
娜烏西卡用蟲笛幫助小牛回到了腐朽之海，朱巴在那裡看到了娜烏西卡獨特的勇氣和勇氣。
王蟲在海邊迎接受傷的小牛，娜烏西卡和王蟲則逆着它看。
朱巴在殘骸中發現了巨神戰士的胚胎，這些胚胎在大火的第七天燒毀了世界後變成了化石，但在佩吉特的麾下卻被挖了出來，這樣一個危險的存在，一個巨大的陰謀和災難無形中醞釀，充滿了危險的氣味。
更多的軍艦來到了這個原本舒适而普通的風之谷
娜烏西卡感到很奇怪，趕緊回家，看到一群手持武器的士兵，她的父親躺在地上死了，她憤怒地襲擊了這群人，并被朱巴說服了。
來者是多魯梅克亞軍，朱巴平息了瑙西卡，否則他們可能會殺死山谷裡的人，瑙西卡沒有辦法，山谷升起了多魯梅克亞軍的旗幟。
多魯梅基亞王國邊境的首腦是庫沙納殿下，他有一句名言，他來這裡是為了整合邊境國家，把它建設成一片幸福的土地，他們計劃燒海，複興地球。
奶奶站起來阻止他們，腐敗的海洋存在了數千年，并且不斷有人想燒掉腐爛的海洋，結果每次都導緻王蟲集團憤怒發瘋，将國家毀滅成新的腐敗之海。
庫沙納決心違抗多魯梅奇亞王國的指令，在這裡建立一個新的國家，他去了佩吉特，讓他的手下留在這裡複活大神兵，另一方面，朱巴告訴山谷居民組織大神戰士的複活，他正在暗中尋找機會。
朱巴找到了藏身在暗基地的瑙西卡，她在那裡種植腐爛的海洋植物，發現隻要有幹淨的水和土地，腐爛的海洋植物是無毒的，土地真的是被污染了。
娜烏西卡被帶到佩吉特，途中遭到炮艇的襲擊。
這是佩吉特的炮艇，雙方在空中交戰。
當戰列艦墜落時，娜烏西卡在戰列艦上發現了一艘飛艇，并與米特和庫沙納一起營救了其他幾艘跟随的人。
人群降落在腐化之海，原本準備一起逃跑，庫莎娜這次向人群開了一槍，吸引了王蟲，王蟲伸出觸手，娜烏西卡向王蟲敞開心扉。
王蟲撤退了，憤怒地遊到另一邊，塔吉特的炮艇男孩活着降落并射殺了蠕蟲，娜烏西卡救了他。
娜烏西卡和阿斯貝魯墜入腐爛之海的深處，娜烏西卡回憶起小時候被王蟲幼蟲訓斥和排斥的經曆。
當她醒來看到幹淨的水和空氣時，阿斯貝魯向她道謝，并告訴她這是腐爛之海的深處，娜烏西卡發現腐爛之海的誕生是為了淨化被污染的世界，她被眼前的一切所感動，喜極而泣。
猛犸象的陰謀仍在繼續，先前擊落的軍艦的孢子沒有燃燒并開始釋放毒氣，居民别無選擇，隻能燒毀一直保護着風之谷的森林。
阿斯貝魯和娜烏西卡來到佩吉特，這裡一直處于廢墟之中，原本的杜魯梅奇亞王國俘虜了佩吉特的公主并搶劫了巨神戰士，佩吉特的軍隊為了殲滅多魯梅克的亞軍，奪回了巨神戰士，準備用王蟲的幼蟲作為誘餌，帶領王蟲前往風之谷。佩吉特的軍隊俘虜了娜烏西卡，阿斯貝魯試圖阻止它，但被打昏了。
那邊風谷的居民和多魯梅克亞軍已經聯合起來，佩吉特的居民與阿斯貝魯聯手拯救了娜西卡，多魯梅克亞軍一直在空中與佩吉特軍隊作戰。
阿斯貝魯掩護娜烏西卡逃離戰場，拯救王蟲的幼蟲。
經過一番戰鬥，運送幼蟲的飛艇摔倒了，幼蟲倒在地上，已經飽受傷，敵視娜烏西卡，它想去王蟲群，但是它面前的河水會腐蝕身體，娜烏西卡為了不傷幼蟲，他們的一隻腳被腐蝕了， 當幼蟲被Nausika移動時，停止了脾氣暴躁的動作。
風谷的居民們正在等待蟲子的試煉，但庫沙娜帶着巨神兵來到戰場，準備和巨神兵一起燒死蟲子，可惜巨神兵因為太早就拿出來了兩步就融化了。
一群王蟲倒下了，另一群王蟲沖了上來，這是出于大自然的憤怒。
娜烏西卡把幼蟲帶到了王蟲奔騰的路徑上，面對憤怒的王蟲群，她顯得很平靜，仿佛死了，最終被殺死了。
這時王蟲群停下腳步，紅眼睛漸漸變藍，娜烏西卡用自己的死平息了王蟲的憤怒。無數的王蟲用觸手養育了娜烏西卡，并在她奔跑在金色的草原上時複活了她。
風谷小子為奶奶描述的場景在前面，老奶奶瞎了眼流淚，看着截圖感受奶奶興奮的語言，原傳說是真的，娜烏西卡的藍色衣服是血染成藍色的王蟲幼蟲。
最後，多魯梅克亞軍和佩吉特軍隊都撤退了，影片以一個和平的結局結束，一部關于自然與戰争的動畫，在自然面前，我們什麼都不是，但我們常常迷失在不斷進步的腳步中，失去了對自然的敬畏，讓人類終于回到了心中， 自然與我們和諧相處。
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