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这是一部改编自动画的漫画书，动画的情节只有漫画的三分之一，为了更好地理解电影，我们先来看看故事的背景。
未来，随着工业文明的发展，人类对生态的破坏越来越严重，巨型神兵（一种具有极致破坏力和高智商的人造生物）被创造出来，他们是"调解人"和"审判者"的完全中立的理想，他们就像王虫一样，意识是一个整体， 因此，他们超越了人类，可以决定一切，以一贯的判断基础来调解和裁决世界的争端。他们认定人类是消灭生物最重要的，于是发生了一场"七天之火"的战争，巨神战士设定的生命只有七天，也就是只有七天，世界工业文明的巅峰毁灭了一次。
一些幸存者幸存下来，但工业文明的遗产继续困扰着地球，剧毒植物形成了一片令人生畏的"腐烂之海"森林，随着时间的推移，这些森林有条不紊地蔓延并侵占了周围的世界。
"风之谷"是海边的一个小王国，在海风的保护下，一群人生活在海边的海林里，女主角娜乌西卡就是这里的公主，她和族人依靠海风的力量来抵抗有毒孢子的侵蚀， 过着和平祥和的生活。
直到有一天，大火在这里燃烧。西方势力特鲁姆打算重新建立人类的霸权，他们计划统一周边国家，然后对昆虫发动全面攻击。另一方面，在数千年前的七日火战中，满载着毁灭全地的生化武器的注定要失败的鲁梅奇亚运输机坠毁在风之谷，风之谷和娜乌西卡卷入了大神战士之战的战争漩涡中。
这一天，娜乌西卡带着防毒面具到海中去贪污收集物资，遇到了一个巨大的王虫壳，她用工具取出了一只王虫眼，准备离开，昆虫的粮食树开始散发出孢子，这些孢子剧毒，娜乌西卡用王虫眼作为伞来阻挡孢子， 在这里休息。
突然远处传来一声枪响，是朱巴老师误以为狐狸松鼠是被昆虫带走的孩子，急忙救了它，却激怒了王虫，一只王虫在追逐朱巴老师。
娜乌西卡用一枚松散的炸弹击晕了王虫，并用笛子将虫子带回了平静，引导它回到了腐朽的海洋，朱巴和娜乌西卡认出了，并将孤独的松鼠交给了瑙西卡。
娜乌西卡和朱巴回到了村子里，朱巴和瑙西卡的父亲是老朋友，但娜乌西卡的父亲因为腐败的海洋再也飞不起来了，两人聊了很久，现场很温暖。
傍晚，一艘巨大的军舰在风的山谷中坠落，虫子袭击了军舰，虫子保护着腐朽的海洋，一般不会轻易攻击人类，这艘军舰降落在腐烂的海洋中杀死了昆虫，于是引起了虫子的愤怒，一行人发动了攻击。
在战舰的残骸中，娜乌西卡遇到了被锁链锁住的佩吉特-拉斯德尔公主，她只留下了一个警告："请烧掉所有的货物"，然后死了。
在残骸中，风谷的居民发现了一头小牛，它受了伤，不能飞，准备召唤伙伴过来，如果被杀，会导致更多的昆虫袭击，人群暂时无所事事。
娜乌西卡用虫笛帮助小牛回到了腐朽之海，朱巴在那里看到了娜乌西卡独特的勇气和勇气。
王虫在海边迎接受伤的小牛，娜乌西卡和王虫则逆着它看。
朱巴在残骸中发现了巨神战士的胚胎，这些胚胎在大火的第七天烧毁了世界后变成了化石，但在佩吉特的麾下却被挖了出来，这样一个危险的存在，一个巨大的阴谋和灾难无形中酝酿，充满了危险的气味。
更多的军舰来到了这个原本舒适而普通的风之谷
娜乌西卡感到很奇怪，赶紧回家，看到一群手持武器的士兵，她的父亲躺在地上死了，她愤怒地袭击了这群人，并被朱巴说服了。
来者是多鲁梅克亚军，朱巴平息了瑙西卡，否则他们可能会杀死山谷里的人，瑙西卡没有办法，山谷升起了多鲁梅克亚军的旗帜。
多鲁梅基亚王国边境的首脑是库沙纳殿下，他有一句名言，他来这里是为了整合边境国家，把它建设成一片幸福的土地，他们计划烧海，复兴地球。
奶奶站起来阻止他们，腐败的海洋存在了数千年，并且不断有人想烧掉腐烂的海洋，结果每次都导致王虫集团愤怒发疯，将国家毁灭成新的腐败之海。
库沙纳决心违抗多鲁梅奇亚王国的命令，在这里建立一个新的国家，他去了佩吉特，让他的手下留在这里复活大神兵，另一方面，朱巴告诉山谷居民组织大神战士的复活，他正在暗中寻找机会。
朱巴找到了藏身在暗基地的瑙西卡，她在那里种植腐烂的海洋植物，发现只要有干净的水和土地，腐烂的海洋植物是无毒的，土地真的是被污染了。
娜乌西卡被带到佩吉特，途中遭到炮艇的袭击。
这是佩吉特的炮艇，双方在空中交战。
当战列舰坠落时，娜乌西卡在战列舰上发现了一艘飞艇，并与米特和库沙纳一起营救了其他几艘跟随的人。
人群降落在腐化之海，原本准备一起逃跑，库莎娜这次向人群开了一枪，吸引了王虫，王虫伸出触手，娜乌西卡向王虫敞开心扉。
王虫撤退了，愤怒地游到另一边，塔吉特的炮艇男孩活着降落并射杀了蠕虫，娜乌西卡救了他。
娜乌西卡和阿斯贝鲁坠入腐烂之海的深处，娜乌西卡回忆起小时候被王虫幼虫训斥和排斥的经历。
当她醒来看到干净的水和空气时，阿斯贝鲁向她道谢，并告诉她这是腐烂之海的深处，娜乌西卡发现腐烂之海的诞生是为了净化被污染的世界，她被眼前的一切所感动，喜极而泣。
猛犸象的阴谋仍在继续，先前击落的军舰的孢子没有燃烧并开始释放毒气，居民别无选择，只能烧毁一直保护着风之谷的森林。
阿斯贝鲁和娜乌西卡来到佩吉特，这里一直处于废墟之中，原本的杜鲁梅奇亚王国俘虏了佩吉特的公主并抢劫了巨神战士，佩吉特的军队为了歼灭多鲁梅克的亚军，夺回了巨神战士，准备用王虫的幼虫作为诱饵，带领王虫前往风之谷。佩吉特的军队俘虏了娜乌西卡，阿斯贝鲁试图阻止它，但被打昏了。
那边风谷的居民和多鲁梅克亚军已经联合起来，佩吉特的居民与阿斯贝鲁联手拯救了娜西卡，多鲁梅克亚军一直在空中与佩吉特军队作战。
阿斯贝鲁掩护娜乌西卡逃离战场，拯救王虫的幼虫。
经过一番战斗，运送幼虫的飞艇摔倒了，幼虫倒在地上，已经饱受伤，敌视娜乌西卡，它想去王虫群，但是它面前的河水会腐蚀身体，娜乌西卡为了不伤幼虫，他们的一只脚被腐蚀了， 当幼虫被Nausika移动时，停止了脾气暴躁的动作。
风谷的居民们正在等待虫子的试炼，但库沙娜带着巨神兵来到战场，准备和巨神兵一起烧死虫子，可惜巨神兵因为太早就拿出来了两步就融化了。
一群王虫倒下了，另一群王虫冲了上来，这是出于大自然的愤怒。
娜乌西卡把幼虫带到了王虫奔腾的路径上，面对愤怒的王虫群，她显得很平静，仿佛死了，最终被杀死了。
这时王虫群停下脚步，红眼睛渐渐变蓝，娜乌西卡用自己的死平息了王虫的愤怒。无数的王虫用触手养育了娜乌西卡，并在她奔跑在金色的草原上时复活了她。
风谷小子为奶奶描述的场景在前面，老奶奶瞎了眼流泪，看着截图感受奶奶兴奋的语言，原传说是真的，娜乌西卡的蓝色衣服是血染成蓝色的王虫幼虫。
最后，多鲁梅克亚军和佩吉特军队都撤退了，影片以一个和平的结局结束，一部关于自然与战争的动画，在自然面前，我们什么都不是，但我们常常迷失在不断进步的脚步中，失去了对自然的敬畏，让人类终于回到了心中， 自然与我们和谐相处。
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