在菌棒裝車運輸時、菌棒脫袋前和菌棒脫袋上架後進行3次挑選，将污染菌棒挑出來單獨處理，同時對出菇棚進行消毒，最後将污染菌棒放到一個棚内或在大棚一頭隔起來處理後再出菇。
脫袋出菇期溫度控制在18℃-25℃之間，前期空氣相對濕度控制在85%-95％，10-15天後空氣相對濕度降至80％，菌棒表面出現水珠要及時通風降濕。
香菇菌棒發生爛棒要挑出來處理，菌棒污染綠色木黴使用500倍的克黴靈水溶液對污染部位進行噴霧，抑制木黴生長，再用石灰粉覆寫污染部位；腐爛菌棒噴灑6％的春雷黴素1000-1500倍水溶液殺滅細菌，嚴重的要在出菇棚内噴灑克黴靈和春雷黴素進行消毒，降低出菇棚内的雜菌數量。
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