在菌棒装车运输时、菌棒脱袋前和菌棒脱袋上架后进行3次挑选，将污染菌棒挑出来单独处理，同时对出菇棚进行消毒，最后将污染菌棒放到一个棚内或在大棚一头隔起来处理后再出菇。
脱袋出菇期温度控制在18℃-25℃之间，前期空气相对湿度控制在85%-95％，10-15天后空气相对湿度降至80％，菌棒表面出现水珠要及时通风降湿。
香菇菌棒发生烂棒要挑出来处理，菌棒污染绿色木霉使用500倍的克霉灵水溶液对污染部位进行喷雾，抑制木霉生长，再用石灰粉覆盖污染部位；腐烂菌棒喷洒6％的春雷霉素1000-1500倍水溶液杀灭细菌，严重的要在出菇棚内喷洒克霉灵和春雷霉素进行消毒，降低出菇棚内的杂菌数量。
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