小斑馬的斑紋是由它們的皮膚和毛發的顔色決定的，而這些顔色又是由一些控制黑色素的基因決定的。
黑色素是一種可以給毛發、皮膚和眼睛提供顔色的物質，它有兩種類型，一種是黑色的，叫做黑色素，一種是棕色的，叫做酪氨酸酶。
小斑馬的毛發中有兩種黑色素，一種是黑色的，一種是白色的。黑色的黑色素是由一種叫做黑色素細胞的細胞産生的，它們可以把黑色素運送到毛發的根部。白色的黑色素是由一種叫做白色素細胞的細胞産生的，它們可以抑制黑色素的産生和運送。
小斑馬的斑紋是在它們的胚胎發育過程中形成的，這個過程大約需要12個月。在這個過程中，黑色素細胞和白色素細胞會從胚胎的神經嵴（一種原始的神經組織）遷移到皮膚的不同層次，形成不同的斑紋模式。這個過程受到基因和環境的共同影響，比如溫度、濕度、光照等。這些因素可以影響基因的表達，進而影響斑紋的形成。
一般來說小斑馬首先會在背部長出的黑色條紋，然後是腹部的白色條紋，最後是四肢和頭部的黑白相間的條紋。這個順序是由基因和環境的互相作用決定的，具體的機制還不是很清楚。有一種假說認為，小斑馬的斑紋是由一種叫做Wnt的信号分子控制的，它可以影響黑色素細胞的分化和遷移。Wnt的濃度在胚胎的不同部位是不同的，是以導緻了斑紋的不同形成順序。
不過由于腿部首先出現的是黑白相間的條紋，顯得格外明顯。