小斑马的斑纹是由它们的皮肤和毛发的颜色决定的，而这些颜色又是由一些控制黑色素的基因决定的。
黑色素是一种可以给毛发、皮肤和眼睛提供颜色的物质，它有两种类型，一种是黑色的，叫做黑色素，一种是棕色的，叫做酪氨酸酶。
小斑马的毛发中有两种黑色素，一种是黑色的，一种是白色的。黑色的黑色素是由一种叫做黑色素细胞的细胞产生的，它们可以把黑色素运送到毛发的根部。白色的黑色素是由一种叫做白色素细胞的细胞产生的，它们可以抑制黑色素的产生和运送。
小斑马的斑纹是在它们的胚胎发育过程中形成的，这个过程大约需要12个月。在这个过程中，黑色素细胞和白色素细胞会从胚胎的神经嵴（一种原始的神经组织）迁移到皮肤的不同层次，形成不同的斑纹模式。这个过程受到基因和环境的共同影响，比如温度、湿度、光照等。这些因素可以影响基因的表达，从而影响斑纹的形成。
一般来说小斑马首先会在背部长出的黑色条纹，然后是腹部的白色条纹，最后是四肢和头部的黑白相间的条纹。这个顺序是由基因和环境的相互作用决定的，具体的机制还不是很清楚。有一种假说认为，小斑马的斑纹是由一种叫做Wnt的信号分子控制的，它可以影响黑色素细胞的分化和迁移。Wnt的浓度在胚胎的不同部位是不同的，所以导致了斑纹的不同形成顺序。
不过由于腿部首先出现的是黑白相间的条纹，显得格外明显。