【生信技能樹】【miRNA】學習筆記（一）

miRNA背景知識

miRNA組學，實際上是RNA-Seq的一種，為非正常轉錄組。

miRNA種類

miRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon 或 intro降解片段。

• 其中，miRNA & siRNA & piRNA是研究的熱點
• miRBase —— miRNA資料庫
• miRNA的堿基組成為：AUCG

miRNA ID的命名規則

• miRNA成熟體簡寫成miR，再根據其物種名稱，以及被發現的先後順序加上阿拉伯數字。

  e.g. hsa-miR-122

• 高度同源的miRNA在數字後加上英文小寫字母(a, b, c, …)

  e.g. hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等

• 通常一個miRNA前體長度大約為70~80nt，很可能兩個臂分别産生miRNA，則繼續在名稱之後加上-5p/-3p等。

  e.g. hsa-miR-122-5p

miRNA綜述

（1）人類 / human

• MiRNAs and cancer【這篇文章有點老】
• The Role of MicroRNAs in Human Diseases
• Deep sequencing of the small RNA transcriptome of normal and malignant human B cells identifies hundreds of novel microRNAs

（2）植物 / plants

• Functional diversity of miRNA in plants
• Comparison of miRNA Evolution and Function in Plants and Animals
• Computational analysis of miRNA targets in plants: current status and challenges

（3）miRNA相關工具

• Evaluation of Bioinformatics Approaches for Next-Generation Sequencing Analysis of microRNAs with a Toxicogenomics Study Design【評價各個miRNA生物資訊學分析工具，簡要看給出的表格就好】

miRNA應用

這部分是Jimmy老師給出的關于miRNA執行個體。

需要注意的是，miRNA與mRNA之間的關聯也是一條分析方向。

文獻名稱

• MicroRNA-17 as a promising diagnostic biomarker of gastric cancer: An investigation combining TCGA, GEO, meta-analysis, and bioinformatics【公共資料分析，資料量非常大】
• Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers

miRNA晶片介紹

miRNA-Seq，由于其實際上就是RNA-Seq的一種，最終目的都是為了分析表達矩陣。

根據獲得表達矩陣的方法，可以将miRNA分析分為：

• 基于晶片
• 基于二代測序

miRNA晶片廠商

• affymetrix（不對物種進行劃分 —— 探針種類非常多）
• agilent（分物種）
• illumina

後話

Jimmy老師釋出在b站的視訊，需要GEO資料庫挖掘方面的知識，我還沒，但是也可以稍微學學。