BLAST（2004版）本地化安裝與使用，生成PSSM打分矩陣

一、軟體安裝

       1、軟體下載下傳：該軟體目前已更新到2.3.0+（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/），我使用的是師姐給的2004年2.2.9版（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/）大家可以根據自己的需求來下載下傳。兩個軟體在Dos環境下的指令還是不一樣的，我個人感覺2004版的更友善一點。

      2、軟體安裝：建立Blast檔案夾，把blast-2.2.9-ia32-win32拷貝到該檔案夾。運作blast-2.2.9-ia32-win32可産生data檔案和其他檔案，建立bin和db兩個檔案夾把之前産生的檔案都放在bin中，db檔案夾用來存放蛋白質或其他資料庫檔案。最後把Blast檔案夾放在C槽根目錄下。

     3、環境變量設定：右鍵“我的電腦”-屬性，然後“進階系統設定”選項-“環境變量”。在使用者變量下方點選“建立”-變量名：BLASTDB，變量值：C:\Blast\db(即資料庫路徑)。在系統變量下方“Path”添加變量值：C:\Blast\bin。 

    4、Blast軟體運作。Blast是在Dos環境下運作的，快捷鍵Win+R打開cmd進入Dos環境，輸入“blastn -version”顯示Blast版本資訊即可。

二、Blast本地資料庫建構

     1、下載下傳資料庫： 在NCBI下載下傳你所需要用的資料庫，或者在Swiss-prot（ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/）資料庫下載下傳FASTA格式的資料，最後把資料放在db檔案中。

     2、建立一個ncbi.ini file檔案：

[NCBI] 

Data="C:\Blast\data\"   并把該檔案放在 Windows or WINNT目錄下。

     3、資料的格式化：在Dos環境下運作 cd C:\blast\db回車，然後輸入formatdb.exe -p T -i swissprot -o T(本文以swissprot資料庫為例進行實驗) 進行格式化指令。

 三、利用blast生成PSSM打分矩陣

       在Dos環境下運作 blastpgp -i 1.txt -d swissprot -j 3 -h 0.001 -o print.txt -Q 1.pssm，最後在db檔案夾下生成相應的檔案。

       部分參數解釋：“-”是指令提示符；blastpgp生成打分矩陣程式 ；  -i輸入查詢檔案（1.txt）; -d查詢資料庫（ swissprot）；-o輸出檔案（print.txt）； -Q（生成打分矩陣） 1.pssm。

四、blast指令幫助

       在blast-2.2.9（2004版）中運作C:\blast>blastpgp使用的程式即可，在2.3.0+版本中運作C:\blast\blastp（根據實際情況而定） -help 則需要加一個“-help”指令。

參考文獻（window系統下本地blast+安裝與使用教程   http://blog.sina.com.cn/s/blog_567b43d00101maqx.html）