工作流程
新— Visium CytAssist 固定冷凍樣品空間基因表達分析
- 用于固定冷凍樣品的 Visium CytAssist 空間基因表達 - 水化、H&E 染色、成像和解交聯 (CG000662, Rev A)
- 為10x Genomics Visium CytAssist 固定冷凍樣品空間基因表達的組織水化、蘇木精和伊紅 (H&E) 染色、成像和解交聯流程提供分步指導。
- 固定冷凍樣品的 Visium CytAssist 空間基因表達——組織制備指南
- (CG000663, Rev A)
- 提供有關固定、冷凍儲存、包埋、冷凍切片以及将固定的冷凍 OCT 包埋組織切片放置在空白載玻片上步驟的指導。
Xenium原位分析
- Xenium原位分析系統-FFPE 組織樣品制備指南（CG000578，版本 B）
- 更新了切片放置步驟和 Xenium 載玻片模闆。
- Xenium原位分析系統 -新鮮冰凍組織樣品制備指南（CG000579，版本 B）
- 更新了部分Xenium 玻片放置指南和模闆。
單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術 (BEAM)
- Chromium 單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術 (BEAM) – 實驗步驟計劃書 (CG000590, 版本 B)
- 更新包括生物素化人血清白蛋白和小鼠血清白蛋白的使用，并更新了文檔資源部分。
- Chromium 單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術 (BEAM) – 試劑組裝、樣品标記和流式分選 (CG000595, 版本 B)
- 更新包括了生物素化人血清白蛋白和小鼠血清白蛋白的使用并更新了文檔資源部分，删除了 MACS Miltenyi B 細胞分離試劑盒 II， 并添加了 EasySep，添加了 STEMCELL Technologies 的人 B 細胞分離試劑盒，添加了新的關于标記和洗滌緩沖液的部分（第 12 頁）。
- 更新在 BEAM-Ab 抗原預篩選步驟下包含“應執行淬滅”的描述，并更新了關于BEAM-Ab陰性對照組裝的指南（第 12 頁）。
- 修改後的 BEAM-Ab 預篩選步驟包括了使用非靶向抗原制備陰性對照元件的指南（第 19 和 20 頁）。
- 包括了有關使用非靶向抗原制備陰性對照元件的指南（第 23和24 頁）。
- 添加了新的關于用陰性對照 BEAM-Ab 元件标記的細胞中，背景 PE 信号的指南（第 51 頁）。
- Chromium 單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術 (BEAM) – 實驗計劃指南（CG000596，版本 B）
- 在“測試多種抗原下”步驟添加了“通過将 BEAM 結合物與 PBS（無抗原）或生物素化非靶向抗原結合來制備陰性對照元件”的描述。
- 用于BEAM-Ab 組裝的 Chromium 單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術(BEAM) 操作指南（CG000597，版本 B）
- 更新了第 2 步和第 3 步，以包括非靶向陰性對照組裝。
- 用于 BEAM-T 組裝的 Chromium 單細胞 5' 特征碼賦能的抗原檢測技術 (BEAM) 操作指南（CG000615，版本 B）
- 修複格式
- 單細胞 5' v2 雙端标簽文庫的測序名額和堿基組成（CG000401，版本 D）
- BEAM 名額已添加到 5' 免疫分析測序名額技術說明中。
單細胞 5' CRISPR
- Chromium Next GEM 單細胞 5' 試劑盒 v2（雙标簽），包含用于 CRISPR 篩選的特征條形碼技術（CG000510，版本 C）
- 将轉移上清液的體積更新為 70 μl（第 42 和 44 頁）
Xenium 分析儀（儀器）
- Xenium Analyzer：網絡連接配接指南（CG000645，版本 B）
- 已更新包括有關出站連接配接、主機和端口的詳細白名單、本地連接配接和存儲要求的其他技術細節。
軟體
Space Ranger
- Space Ranger v2.1
- 啟用 Visium 蛋白質表達資料的分析。使用蛋白質表達資料集的抗體panel中的陰性對照異構型抗體自動執行異構型歸一化。
- 啟用無參考點反卷積，允許對 Visum 樣本中的主要組成進行反卷積，以便于進行細胞分型。
- 基因的小提琴圖和基因表達資料集的 UMI 分布。
- 蛋白質表達資料集的抗體相關圖。
- 原始探針條形碼矩陣已包含在所有基于探針的樣本的輸出中。
- 這是支援靶向空間基因表達分析的最後一個版本。
Loupe Browser
- Loupe Browser v 6.5
- 使用者可以可視化和分析 Visium 蛋白表達資料！抗體清單會自動填充在“目前特征清單”頁籤下，并且可以使用更新的“按計數選擇”使用者界面輕松選擇所需的條形碼。
- 可以通過新的 “點反卷積”功能探索無參考的點反卷積 的結果。僅适用于使用 Space Ranger 2.1 及更高版本生成的 cloupe 檔案。
- 熱圖可以導出為高分辨率 SVG 檔案。
Cell Ranger
- 條形碼排序圖的導覽
- 這個新的文檔頁面概述了網頁摘要檔案中的條形碼排序圖，以及如何使用它來評估樣本品質。
分析指南
- 單細胞 RNA-seq 資料标準化
- 通過資料标準化消除了技術導緻的偏差，同時在下遊分析之前保留了基因表達計數的生物學差異。本文介紹單細胞基因表達資料分析中常用的一些資料标準化方法。
- 環境 RNA 校正方法簡介
- 源自細胞懸浮液中自由漂浮的轉錄物的環境 RNA 會污染資料集的内源基因表達譜并影響後繼實驗結果。本文總結了環境 RNA 污染的問題，并列出了幾種第三方團體開發的環境 RNA 校正工具。
FASTQ 檔案生成（BCL 轉換）
- 文檔頁面添加了示例，包括使用 Illumina 的 BCL Convert 生成 FASTQ 檔案時的特定格式和設定。
- 單細胞基因表達
- 單細胞多組學 ATAC + 基因表達
- 單細胞ATAC
- 單細胞免疫分析
- 空間基因表達
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