本文主要梳理《明朝那些事兒》的故事程序，結合曆史的實際進展，把明朝的曆史大事脈絡顯示出來。
大明東征西伐覆寫圖
大明實控疆域圖
1.元末的世界正處于拉馬德雷冷位相時期，氣象規律促使地質災害頻繁發生。脫脫堅決要求治黃河願望雖好，卻是壓垮元朝的最後一根稻草。
（“拉馬德雷”是一種高空氣壓流，亦稱太平洋十年濤動，分别以“暖位相”和“冷位相”兩種形式交替在太平洋上空出現，每種現象持續20年至30年。近100多年來，“拉馬德雷”已出現了兩個完整的周期。當“拉馬德雷”現象以“暖位相”形式出現時，北美大陸附近海面的水溫就會異常升高，而北太平洋洋面溫度卻異常下降。與此同時，太平洋高空氣流由美洲和亞洲兩大陸向太平洋中央移動，低空氣流正好相反，使中太平洋海面降低。當“拉馬德雷”以“冷位相”形式出現時，情況正好相反。中太平洋海面反複升降導緻地殼跷跷闆運動，引發強烈的地震活動。）
2、湯和邀朱重八紅巾軍起義，投郭子興，改名朱元璋。後遠走濠州，僅帶淮西二十四将。
3、多方割據，先滅陳友諒，再滅張士誠，然後北伐開始。天道好還，中國有必伸之理；人心效順，匹夫無不報之仇。
4、建國改制。
5、淮西集團李善長和浙東集團劉基黨争。
6、明初四大案
胡惟庸案件。洪武十三年（1380年），明太祖以“謀不軌”罪誅宰相胡惟庸九族，同時殺禦史大夫陳甯、中丞塗節等數人。洪武二十三年（1390年），朱元璋頒布《昭示奸黨錄》，以夥同胡惟庸謀不軌罪，處死南韓公李善長、列侯陸仲亨、已故的滕國公顧時的子孫等開國功臣。後又以胡惟庸通倭、通元（北元），究其黨羽，前後共誅殺3萬餘人，時稱“胡獄”。
空印案。空印，就是在文書上預先蓋上印章，需要用時再填寫上具體内容。朱元璋認為官吏可以利用空白文書簿冊作弊，是以要嚴懲使用蓋有官印空白文書簿冊者，因為牽連人數衆多，為明朝初期一著名大案。
郭桓案，發生在明朝洪武十八年（1385年），屬于官吏A錢案件。戶部侍郎郭桓等人，通同各直省的官吏作弊，盜賣官糧。後被揭發，以其涉案金額巨大，對經濟領域影響深遠而為世人矚目。對此，明太祖将六部左右侍郎以下皆處死。
藍玉案，是指明洪武帝朱元璋誅殺大将藍玉，繼而大肆株連殺戮功臣宿将的曆史事件。洪武二十六年(1393年)， 朱元璋為加強集權借口涼國公藍玉欲圖謀反，大肆株連殺戮功臣名将的重大政治案件。因藍玉案被株連殺戮者逾1.5萬。
7、朱元璋為朱允炆留下了一群人。
8、朱允炆進行削藩。朱棣于建文元年（1399年）起兵反抗，随後揮師南下，于建文四年（1402年）攻下帝都應天（今南京），史稱“靖難之役”。
9、朱棣改革官制機構，設定内閣和東廠。
10、永樂元年（公元1403年），朱棣決心修一部巨著彰顯國威，造福萬代。宗旨是“凡書契以來經史子集百家之書，至于天文、地志、陰陽、醫蔔、僧道、技藝之言，備輯為一書”。最初令解缙主持編纂（規模147人），一年後修成《文獻大成》，但朱棣親閱後甚為不滿，欽點姚廣孝擔任監修 ，同時編纂隊伍擴大到了2196人（累計達3000多人），于永樂五年（公元1407年）定稿，朱棣親自作序并賜名《永樂大典》。全書于永樂六年（公元1408年）才抄寫完畢。
11、1405年（永樂三年）至1424年（永樂二十二年），鄭和六次作為正使太監下西洋，1430年（宣德五年）受命第七次下西洋。
12、永樂十九年（1431）正式下令：遷都。
13、朱棣五次親征漠北。
14、朱高熾平反靖難罰沒為奴的大臣家屬。
15、朱高煦起兵造反，在明宣宗親征後投降。
16、到明宣宗時，皇帝的權力被正式分為了“票拟”（票拟，也稱條旨，指的是大臣草拟對各種奏章的處理意見，并将這些意見附于奏章之上，送給皇帝禦覽）和“批紅”（所有經過票拟的奏章隻有經過皇帝的批示，才可以實施。由于皇帝用于批示的是紅筆，是以皇帝的這一權力被稱為“批紅”）兩大部分。
17、王振專權，力勸英宗朱祁鎮親征。
18、土木之變，指發生于明朝正統十四年（1449年9月1日）第四次明英宗北伐時，明朝在土木堡敗于瓦剌的事變。
19、朱祁钰監國，于謙力挽狂瀾，北京保衛戰取勝，明王朝轉危為安。
20、朱祁鎮回家，被軟禁南宮七年，後奪門之變。1463年廢除殉葬制度。
21、明憲宗朱見深十八歲即位，寵奶媽萬貞兒（大十七歲），好方術，溺女色。成化十三年（1477年）建立西廠，由汪直統領，1482年罷廢。
22、1487年，孝宗朱祐樘即位，年号弘治，召回王恕、馬文升委以重任，引劉健、李東陽、謝遷入閣。
23、唐寅、徐經（徐霞客高祖）卷入弘治十二年禮部科考舞弊案。
24、1505年，武宗朱厚照即位，年号正德，寵信“八虎”，文官彈劾失敗。
25、楊一清和八虎之一太監張永平定安化王叛亂，後商讨除劉大計。張永利用獻俘之機，向武宗揭露了劉瑾十七條大罪。在李東陽的幫助下，明武宗動了殺心。第二天，武宗親自出馬，去抄劉瑾的家。從其家中查出金銀數百萬兩，并有僞玺、玉帶等違禁物。在劉瑾經常拿着的扇子中也發現了兩把匕首，武宗見狀大怒，終于相信劉瑾謀反的事實，下诏将劉瑾淩遲處死，并廢除劉瑾變法時的一切舉措。
26、十二歲，王守仁寫詩《蔽月山房》：山近月遠覺月小，便道此山大于月。 若人有眼大如天，當見山高月更闊。十八歲，守仁格竹。三十四歲，上疏論救，觸怒劉瑾，被杖四十，谪貶貴州龍場。龍場悟道後，平定南贛之亂、平定甯王之反（朱宸濠）、守制講學（無善無惡心之體，有善有惡意之動。知善知惡是良知，為善去惡是格物）、總督兩廣（平定西南部的思恩、田州土瑤叛亂和斷藤峽盜賊）。
27、朱厚照三十一歲疾發而崩，。楊廷和撥亂反正、誅殺江彬、迎立新君，朱厚熜（明憲宗朱見深第四子興獻王朱祐杬的次子，明孝宗朱佑樘之侄，明武宗朱厚照的堂弟）即位，年号嘉靖。
28、大禮議是指發生在正德十六年（1521年）到嘉靖三年（1524年）間的一場皇統問題上的政治争論，原因是明世宗以地方藩王入主皇位，為其改換父母的問題所引起，是明朝曆史第二次小宗入大宗的事件。核心是明世宗的重大争論，即對明武宗遺诏如何诠釋的問題。觀點鬥争是假的，方向鬥争也是假的，隻有權力鬥争才是真的。
29、左順門案又稱左順門血案、撼門事件，是嘉靖三年（1524年）七月，因大禮議之争，這裡曾發生一起文的事件。明世宗大怒，派人将員外郎馬理等五品以下官員一百三十四人逮入诏獄拷訊，四品以上官員八十六人姑令待罪。一時間錦衣衛從四面八方圍來，左順門前血迹斑斑。五天後，被逮捕的大臣受到了處罰。四品以上奪俸，五品以下手杖，受杖者一百八十多人，其中十七人被創死亡，另八人編伍充軍。張原當時即被杖死，楊慎等或削職為民，或充戍邊疆。這件事，當時也稱為"大禮獄"。
30、張璁因支援嘉靖“我爸爸是我爸爸”當了首輔，後夏言取代之，嚴嵩又取夏言代之，這就是首輔的權力之争，比得都是誰會哄皇帝。
31、庚戌之變，明嘉靖二十九年（1550年）六月，蒙古土默特部首領俺答汗率軍犯大同。大同總兵，請求勿攻大同，移攻他處，俺答遂由古北口進攻北京。明世宗即拜仇鸾為大将軍，節制諸路兵馬。兵部尚書丁汝夔問嚴嵩如何戰守，。因而丁汝夔會意，戒諸将勿輕舉。諸将皆堅壁不戰，不發一矢。于是俺答兵在城外自由焚掠，凡騷擾八日，于飽掠之後，得到明朝通貢的允諾，仍由古北口退去。事後，嚴嵩又殺執行他的指令的丁汝夔以塞責。因這年是庚戌年，史稱“庚戌之變”。
32、徐階巧鬥嚴嵩，，臨刑前留下：鐵肩擔道義，辣手著文章。
33、胡宗憲招降海盜徐海、設計擒海盜汪直。
34、戚繼光抗倭。
35、嘉靖四十四年（1565年）嚴世蕃被判斬首（），在行刑前大哭一番，嚴嵩被沒收家産（抄家财物清單整理成書《天水冰山錄》），削官還鄉，無家可歸。徐階接任首輔（以威福還主上，以政務還諸司，以用舍刑賞還公論），開創名臣時代，成為帝國真正的統治者。
36、嘉靖四十五年（1566年），，又稱《直言天下第一疏》，這篇奏疏指責了朱厚熜迷信道教、妄想長生、錯聩誤國的過失，指出天下“吏貪将弱”“民不聊生”，都是由于他的“誤舉”所緻。甚至諷刺他的年号“嘉靖”，意味着“家家皆淨而無财用”。文書最後提出了改革政事的具體意見，希望采納。秋季，被下诏獄。同年十二月，嘉靖于乾清宮去世。
37、隆慶初年，内閣六人：首輔徐階，次輔李春芳、郭樸、高拱、陳以勤（禮部尚書）、張居正（吏部左侍郎）。明穆宗比較寬容，用人不疑，文有徐階、高拱、張居正、楊博，武有譚綸、王崇古、戚繼光、李成梁。是以果斷地清除一些前朝政治腐敗和經濟積弊，逐漸推行了一些改革措施。整頓吏治，發展經濟，節流開源，抑制土地兼并。國家政治局面穩定，經濟向好發展。還實行一些軍事改革，主要措施是整饬武備，核實功罪，嚴明賞罰，加強訓練，鞏固海防和加強長城防禦能力。這一時期社會比較穩定，經濟比嘉靖朝後期有了較大的改觀，是以後世史學家稱其為隆慶新政。
38、楊博京察事件發生，歐陽一敬彈劾高拱，高拱罷官。隆慶三年（1570年）十二月，，勵精圖治，不數年内，政績卓然，後位居極品，頤指氣使，專擅國柄。
39、明神宗稱帝後的前十年，，控制了内閣，他從軍事、政治、經濟等方面進行整頓，尤重于經濟的改革，企圖扭轉嘉靖、隆慶以來政治腐敗、邊防松弛和民窮财竭的局面。這一段時間，史稱“江陵柄政”。柄政是指掌握政權，執政，把持權柄、治理朝政。
40、萬曆他即位初年，張居正便任首輔從旁協助，而萬曆帝年幼，又對張居正極為信賴，故張居正能推行政令。張居正在經濟上行“一條鞭法”，在政治上則整饬吏治，任用賢臣，在防守方面則任用名将戚繼光抵禦沿海為患的倭寇。在水患上有潘季馴四次治河，成效顯著。萬曆帝在位頭十五年，國家收入大增，商品經濟空前繁榮、科學巨匠疊出、社會風尚呈現出活潑開放的新鮮氣息，加上能夠解決國防邊患的問題，《明史》稱為“中外乂安，海内殷阜”，後世稱該時期為“萬曆中興”。
41、萬曆十年（1582年）六月二十日（公曆7月9日），太師（死前九日晉）兼太子太師、吏部尚書、中極殿大學士張居正病逝，神宗為之辍朝，贈上柱國，谥“文忠”。張居正，禦史雷士幀等七名言官彈劾潘晟，神宗命潘緻仕。。言官也把矛頭指向張居正。神宗于是下令抄家，并削盡其宮秩，迫奪生前所賜玺書、四代诰命，以罪狀示天下。而且張居正也險遭開棺鞭屍。，後萬曆在輿論的壓力下中止進一步的迫害。張居正在世時所用一批官員有的削職，有的棄市。天啟二年（1622年），天啟皇帝為張居正複官複蔭。
42、萬曆十五年（戚繼光、海瑞逝，萬曆怠政）
43、萬曆三大征，明神宗萬曆（1573—1620年）年間：李如松（李成梁長子）平定蒙古人哱拜叛變的甯夏之役；李如松、麻貴抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的北韓之役；以及李化龍平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役。
44、國本之争，明神宗與群臣争論達15年之久。直到萬曆二十九年（1601年），皇長子朱常洛才被封為太子。
45、東林黨争、明末三大案
梃擊案。事發時間明萬曆四十三年五月初四（1615年5月30日）瘋漢張差闖入太子宮，持棍亂打太子朱常洛，驚動朝廷。太子之争，舉棋不定釀禍端，是報複，還是栽贓，撲朔迷離。最終以張差之死而告終，梃擊疑案糊塗了結。
紅丸案。萬曆四十八年（1620年）七月，朱常洛即位，鄭貴妃為保全自己，取悅新帝，從侍女中挑選了8名能彈會唱的美姬進獻給泰昌帝。貪婪酒色的泰昌帝納8姬後，本已虛弱的身體更加不堪。泰昌帝懼怕死亡，決計服用紅丸。初服一丸，四肢和暖，思進飲食，再進一丸，于次日淩晨即亡。此藥為紅色，稱“紅丸”。
移宮案。朱常洛登基後寵妃李選侍照顧皇長子朱由校遷入乾清宮。不到一個月後，朱常洛死于紅丸案。李氏與太監魏忠賢密謀，欲居乾清宮，企圖挾皇長子自重；都給事中楊漣、禦史左光鬥等，為防其幹預朝事，逼迫李選侍移到仁壽宮哕鸾宮。李選侍萬般無奈，懷抱所生八公主，倉促離開乾清宮，移居仁壽宮内的哕鸾宮。
46、明朝建州右衛指揮使王杲（努爾哈赤的外祖父）于萬曆二年（1574年）叛明被李成梁誅殺。明萬曆十一年（1583年）五月至四十七年(1619年)八月，建州女真首領努爾哈赤起兵複仇并相繼統一女真各部的戰争。努爾哈赤發動撫順之戰後，明軍集結全國20萬精銳，号稱47萬向遼東發起進攻，。
47、經過“移宮案”，朱由校即位，重用孫承宗、袁崇煥等人守遼東。
48、天啟五年，對太和殿、中和殿、保和殿進行大規模重造。
49、東林黨人被閹黨大肆誣殺。
50、甯遠、甯錦大捷。
51、熹宗西苑遊玩落水，随即病逝。五弟信王朱由檢即位，即位之初，就鏟除了權宦魏忠賢及其黨羽（閹黨）。
52、己巳之變，皇太極圍攻北京，後袁崇煥被反間計遭淩遲處死。
53、松錦之戰，洪承疇、祖大壽降清。
54、天災不斷，各地農民起義，氣數已盡。
55、崇祯十七年三月十九日（1644年4月25日），李自成攻陷北京。崇祯皇帝命後宮嫔妃盡皆自殺，自己于煤山自缢而死，王承恩随死。
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