1293-1527年滿者伯夷旗幟
滿者伯夷（Majapahit，爪哇語：ꦩꦗꦥꦲꦶꦠ꧀；也稱為Wilwatikta，爪哇語：ꦮꦶꦭ꧀ꦮꦠꦶꦏ꧀ꦠ）是個以今日印尼爪哇島為中心的東南亞印度教-佛教海上帝國。這個朝代始于1293年，大約于1527年結束。哈亞姆·烏魯克在位期間（1350年到1389年）是帝國的鼎盛時期，當時征服的領域遍及東南亞。哈亞姆·烏魯克能達此成就，也歸功于巴迪（相當于宰相）加查·馬達的輔佐。
根據普拉班紮在1365年撰寫的《爪哇史頌 Nagarakretagama（Desawarñana）》，滿者伯夷是個擁有98個進貢國的帝國，西從蘇門答臘島起，往東延伸到新幾内亞；包括今日印尼、新加坡、馬來西亞、文萊、泰國南部、東帝汶，菲律賓西南部（尤其是蘇祿群島），但滿者伯夷的實際勢力範圍仍是曆史學家間争論的主題。滿者伯夷是今天印尼地區最後一個主要的印度教-佛教帝國，也被認為是印尼和東南亞有史以來最偉大、最強大的帝國。有時它的領域被視為是現代印尼疆界的先例。
1257-1950特爾納特蘇丹國的旗幟
1950至今特爾納特蘇丹國的旗幟
特爾納特蘇丹國（印尼語：Kesultanan Ternate）是印度尼西亞最老的穆斯林王國之一，由Baab Mashur Malamo建立于1257年。在巴布拉蘇丹（Baabullah）時代（1570–1583）達到鼎盛的黃金時期。蘇丹國範圍包括印尼東部和菲律賓南部的一部分。特爾納特蘇丹國在15至17世紀是個區域大國以及世界主要的丁香生産地。現在特爾納特蘇丹國僅僅是文化的象征，蘇丹也隻是象征性的存在，并沒有任何政治權利。由Baab Mashur Malamo創立的王朝和蘇丹國一樣一直延續到現在。
1402-1511馬六甲蘇丹國的旗幟
馬六甲蘇丹國（馬來語：Kesultanan Melayu Melaka），《明史》中稱為滿剌加國，是于1402年由拜裡米蘇拉在馬來亞半島所建立的國家，其首都即是如今的馬六甲市，其全盛時期的國土範圍覆寫北大年（今泰國南部）至蘇門答臘西南部。1511年，葡萄牙殖民者侵略馬六甲蘇丹國，并在1528年殖民馬六甲，直接促使蘇丹國滅亡。其後，蘇丹國的法定繼承者蘇丹阿拉烏丁沙二世在今柔佛地區建立了柔佛蘇丹國。
1447-1679井裡汶蘇丹國的旗幟
井裡汶蘇丹國(印尼語: Kesultanan Cirebon，英語: Sultanate of Cirebon )為十五世紀在西爪哇建立的伊斯蘭蘇丹國。井裡汶蘇丹國在十六到十七世紀曾為附近地區的經濟與貿易中心，直到1677年該蘇丹國第一次分裂，1807年第二次分裂，并在十九世紀時正式成為荷屬東印度公司的保護國。
1496-1903亞齊蘇丹國的旗幟
亞齊蘇丹國（Sultanate of Aceh）是16至17世紀在今天印尼蘇門答臘亞齊的政權，首都哥打拉賈（Kutaraja，今日之班達亞齊）。亞齊人的族源為占族，在占城被越南滅亡後部分占族人逃到東南亞各地，亞齊就是其中一個重要的地點。亞齊蘇丹國在最強盛的時候，成為馬來半島上的柔佛蘇丹國與葡屬馬六甲的強敵，三者間持續地搶奪馬六甲海峽的控制權，以及胡椒與錫的出口。除了強大的軍事實力外，亞齊蘇丹國的宮廷也曾為伊斯蘭學術與貿易的重要中心。
1347-1833帕迦魯榮蘇丹國的旗幟
1527-1813萬丹蘇丹國的旗幟
萬丹蘇丹國（印尼文： Kasultanan Banten，英語: Banten Sultanate）為今印尼爪哇地區的一古國，存續時間為1568年—1813年。因為商業貿易崛起的該穆斯林王國，信奉伊斯蘭教，是政教合一的國家，其王國統治者為蘇丹。16世紀中葉，萬丹成為取代馬六甲的商港，17世紀中期，萬丹受荷蘭東印度公司壓迫箝制，内亂頻發。1813年，該王國被荷屬東印度公司并吞。
1586-1755馬打蘭蘇丹國的旗幟
馬打蘭蘇丹國（Sultanate of Mataram）是印度尼西亞中爪哇的一個伊斯蘭教王國。于1586年由馬打藍（今日惹特區一帶）的領主蘇托維佐約推翻巴章國後建立。蘇丹阿貢在位時一度統一中爪哇，曾兩度進攻荷蘭統治下的巴達維亞。後長期内亂，1755年被荷蘭分裂為日惹蘇丹國和梭羅蘇丹國兩個附屬于荷蘭東印度公司的附庸。
1777-1884蘭芳共和國的旗幟
蘭芳共和國，又稱蘭芳大統制共和國，是現代學者對海外華人在婆羅洲建立的一個社群或政權的稱呼，該社群或政權自稱蘭芳公司。1776年，廣東嘉應（今廣東梅州）客家人羅芳伯在東南亞西婆羅洲（今印度尼西亞西加裡曼丹省）坤甸成立了“蘭芳公司”，1777年羅芳伯将“公司”改為“共和國”，即公司共和國，但向清朝稱臣時仍使用“蘭芳公司”。
1602-1800荷蘭東印度公司旗幟
荷蘭東印度公司，正名為聯合東印度公司（荷蘭語：Vereenigde Oost-Indische Compagnie，簡稱VOC），是荷蘭曆史上為向亞洲發展而成立的特許公司，成立于1602年3月20日，1799年解散，是世界第一家跨國公司、股份有限公司（指公開而非特權股份），世界上第一間證券交易所也在阿姆斯特丹由荷蘭東印度公司創立。其标幟以V串連O和C（上方的A為荷蘭阿姆斯特丹的縮寫，代表該船隻或裝置是阿姆斯特丹所派出，若為米德爾堡市派出者則加注M字，依此類推）。在其成立将近200年間，總共向海外派出1,772艘船，約有100萬人次的歐洲人搭乘4,789航次的船班從荷蘭前往亞洲地區。平均每個海外據點有25,000名員工、12,000名船員。
1800-1949荷屬東印度的旗幟
荷屬東印度（荷蘭語：Nederlands(ch)-Indië；印尼語：Hindia Belanda）是指1800年至1949年荷蘭人所統治的印度尼西亞。1596年，荷蘭人霍特曼率領的一支荷蘭船隊到達爪哇島的萬丹。1603年，荷蘭在爪哇建商站；1605年，征服盛産香料的馬魯古群島中的安汶島、帝利島。1619年，攻占爪哇島上的雅加達，命名巴達維亞，作為荷蘭東印度公司在東方的總部。在荷蘭人到來之前，葡萄牙人已經在印尼地區建立了一些商站。之後，英國人也登陸印尼，建立殖民地。而荷蘭變成了這些歐洲國家裡面占領最多領土的國家。荷蘭最初通過荷蘭東印度公司對這些地區實行殖民統治。1799年東印度公司解散後殖民地被荷蘭政府接管，史稱荷屬東印度。
1942-1945荷屬東印度日占時期的倭國國旗
荷屬東印度日占時期，也稱印度尼西亞日占時期（日語：日本占領時期のインドネシア）是指從1942年3月9日荷蘭将東印度殖民地（蘭印（蘭領東印度））控制權移轉給日本軍隊，直至1945年8月17日印尼獨立準備委員會在8月17日正式對外發表“印尼獨立宣言”為止，日本對蘇門答臘、爪哇島、小巽他群島、加裡曼丹、蘇拉威西、馬魯古群島及新幾内亞西部的軍事占領時期。
住在重要戰略地區的平民經曆了日軍的折磨，強暴，任意逮捕和處決，以及其他戰争罪行。成千上萬的印尼人不論男女都被帶離印尼到日本的各個占領區成為強迫勞動者（日語為“勞務者”），用來修築防禦工事、軍火制造，在日本的軍事項目中被奴役，包括泰緬鐵路，許多結果死于虐待和饑餓。在爪哇，400萬至1000萬的“勞務者”被迫參與日本軍事工程。約27萬的爪哇勞工被送往其他日本占據的東南亞地區，隻有52,000被遣返的，這意味着有80％的死亡率。成千上萬的印尼人餓死，作為奴工工作，或者被迫離開家園。後來的聯合國報告指出，400萬人死于日本占領期間的饑荒和強迫勞動，其中包括30,000歐洲的平民被拘禁死亡。
在戰争後期日軍對印尼的強制勞動更為嚴苛，在1944年3月1日将早年1943年4月16日創立的動員總部改為爪哇奉公會（ジャワ奉公會），招募到的印尼人被迫成為勞務者（ろうむしゃ），這些響應日本号召的印尼人再也無法回到家鄉。
1945年啟用至今的印度尼西亞國旗
印度尼西亞國旗（印尼語：Sang Merah Putih），别稱榮耀紅白，是一面由紅白兩色橫帶組成的旗幟。這面旗幟是基于13世紀滿者伯夷的旗幟設計的。1945年8月17日首次升起。此後沒有更改過。旗幟的設計很簡單，是兩條一樣寬的橫帶，上面的那條是紅色的，下面的那條是白色的。整體的比例為2:3。旗幟類似波蘭國旗和新加坡國旗，除比例外與摩納哥國旗一樣。紅色是勇氣的象征，而白色代表純潔。在印度尼西亞還有一首叫做《紅與白》（Merah Putih）的歌。