https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860
qiime1已經不更新的維護，雖然可以使用，畢竟已經有點過時。學習qiime2還是相當必要的，畢竟它是趨勢。但qiime2更新是如此迅速，以至于許多翻譯成中文的教程不少指令已然過時了，是以有必要學習一下兩個月一更新的qiime究竟在指令上有哪些大的更改。
一、2018.8更新–重大更改(breaking changes)
當你在bash或者zsh中激活conda環境時，tab自動補全功能會自動可用。
1、qiime tools import指令
1、qiime tools import指令
–source-format 選項重命名為
--input-format
qiime tools import \ 複制
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ 複制
--input-path pe-64-manifest \ 複制
--output-path paired-end-demux.qza \ 複制
--<span style="color: #ff0000;">input-format</span> PairedEndFastqManifestPhred6 複制
2.qiime tools export
2.qiime tools export
input選項被
--input-path
選項代替，
--output-dir
選項重命名為
--output-path
。
qiime tools export \ 複制
--input-path unrooted-tree.qza \ 複制
--output-path exported-tree 複制
3. qiime tools extract
qiime tools extract
同樣是input選項被
--input-path
選項代替，
--output-dir
選項重命名為
--output-path
。
qiime tools extract \ 複制
--input-path feature-table.qza 複制
--output-path extracted-feature-table 複制
二、2018.6更新
更正了一個bug,q2-cutadapt插件的
trim-paired
指令會錯誤的執行trim。沒有發現其他大的更新。
三、2018.4更新
- 增加了一個指令
qiime tools citations
- 增加了一個–citations标簽，可以這樣使用，
qiime <plugin> --citations
qiime <plugin> <action> --citations
- qiime info –citations被移去，原因是以上選項代替了。
- 修複–verbose不能經常給出期望輸出。
四、2018.2
- metadata改動，之前qiime2接受metadata的選項結尾是-category，現在改為-column，例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。繼續用原來的指令會報錯。
- 增加了一個子指令
qiime tools inspect-metadata
-
metadata格式的變化（新格式基本相容前面格式，包括qiime1的）：1.必須的檔案頭。 大小寫不敏感的有:
大小寫敏感的 (主要是為了相容 QIIME 1, biom格式和 Qiita檔案):
-
#SampleID
-
#Sample ID
-
#OTUID
-
#OTU ID
-
sample_name
-
id
-
sampleid
-
sample id
-
sample-id
-
featureid
-
feature id
-
feature-id
-
- 2.缺失的資料，用一個空單元格代替，
NA
nan等不再y認為是資料缺失。
- 3.之前不好區分一列是數字型的資料還是分類型的資料（如果分類型的資料也全是數字的話）。這裡增加一列特别注釋訓示,允許使用者指定一個列的類型。比如這個表的第二列：
| #SampleID | Subject | BodySite | DaysSinceExperimentStart |
|---|---|---|---|
| #q2:types | categorical | categorical | numeric |
| sample-1 | 1 | gut | 20 |
| sample-2 | 1 | tongue | 25 |
| sample-3 | 2 | gut | 15 |
| sample-4 | 2 | tongue | 42 |