https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860
qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。
一、2018.8更新–重大更改(breaking changes)
当你在bash或者zsh中激活conda环境时，tab自动补全功能会自动可用。
1、qiime tools import命令
1、qiime tools import命令
–source-format 选项重命名为
--input-format
qiime tools import \ 复制
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ 复制
--input-path pe-64-manifest \ 复制
--output-path paired-end-demux.qza \ 复制
--<span style="color: #ff0000;">input-format</span> PairedEndFastqManifestPhred6 复制
2.qiime tools export
2.qiime tools export
input选项被
--input-path
选项代替，
--output-dir
选项重命名为
--output-path
。
qiime tools export \ 复制
--input-path unrooted-tree.qza \ 复制
--output-path exported-tree 复制
3. qiime tools extract
qiime tools extract
同样是input选项被
--input-path
选项代替，
--output-dir
选项重命名为
--output-path
。
qiime tools extract \ 复制
--input-path feature-table.qza 复制
--output-path extracted-feature-table 复制
二、2018.6更新
更正了一个bug,q2-cutadapt插件的
trim-paired
命令会错误的执行trim。没有发现其他大的更新。
三、2018.4更新
- 增加了一个命令
qiime tools citations
- 增加了一个–citations标签，可以这样使用，
qiime <plugin> --citations
qiime <plugin> <action> --citations
- qiime info –citations被移去，原因是以上选项代替了。
- 修复–verbose不能经常给出期望输出。
四、2018.2
- metadata改动，之前qiime2接受metadata的选项结尾是-category，现在改为-column，例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。继续用原来的命令会报错。
- 增加了一个子命令
qiime tools inspect-metadata
-
metadata格式的变化（新格式基本兼容前面格式，包括qiime1的）：1.必须的文件头。 大小写不敏感的有:
大小写敏感的 (主要是为了兼容 QIIME 1, biom格式和 Qiita文件):
-
#SampleID
-
#Sample ID
-
#OTUID
-
#OTU ID
-
sample_name
-
id
-
sampleid
-
sample id
-
sample-id
-
featureid
-
feature id
-
feature-id
-
- 2.缺失的数据，用一个空单元格代替，
NA
nan等不再y认为是数据缺失。
- 3.之前不好区分一列是数字型的数据还是分类型的数据（如果分类型的数据也全是数字的话）。这里增加一列特别注释指示,允许用户指定一个列的类型。比如这个表的第二列：
| #SampleID | Subject | BodySite | DaysSinceExperimentStart |
|---|---|---|---|
| #q2:types | categorical | categorical | numeric |
| sample-1 | 1 | gut | 20 |
| sample-2 | 1 | tongue | 25 |
| sample-3 | 2 | gut | 15 |
| sample-4 | 2 | tongue | 42 |