明代末期，蒙古分裂為數十個部落，其中以察哈爾部最強。察哈爾部的林丹汗繼位後，控制了大漠南北的多個部落，實際上成為蒙古各部的盟主。而與女真人臨近的科爾沁、喀爾喀等部，已時常卷入建州女真與其他各部女真的戰争。
明末地圖
萬曆二十一年（1593年），科爾沁部台吉明安等人與女真葉赫、烏拉、輝發等部聯合入侵建州，被努爾哈赤擊敗。次年，明安遣使與努爾哈赤通好。萬曆四十年（1612年），努爾哈赤娶明安之女為妃。之後，科爾沁、紮魯特等部多次與努爾哈赤家族聯姻。開啟了近三百年的滿蒙聯姻。
萬曆四十四年（1616年）努爾哈赤統一女真各部，建立後金，使蒙古各部感到威脅。于是林丹汗與明朝結盟，聯手遏制努爾哈赤的擴張。努爾哈赤則利用各部落、氏族之間的沖突，采取招撫、利誘、通婚、脅迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。
清太祖 努爾哈赤
天命（努爾哈赤的年号）四年（1619年），後金在遼河大敗喀爾喀蒙古軍，俘獲喀爾喀、紮魯特的多位頭領以及明安之子桑噶爾。次年，後金将紮魯特部頭領色本釋放，并讓色本立誓：“若不感恩圖報，殃及臣身。”
天命六年（1621年），後金攻克明軍駐守的沈陽，進而攻打遼陽。喀爾喀部乘機偷襲沈陽，試圖營救被俘的齋桑諾顔，但被後金擊敗。于是喀爾喀部以人質、牲畜贖回齋桑。不久，喀爾喀部台吉古爾布什、莽古勒等率六百戶投奔後金，努爾哈赤将其女松古圖嫁予古爾布什。此後，對林丹汗心懷不滿的一部分喀爾喀、紮魯特台吉投靠努爾哈赤。天命九年（1624年），科爾沁部首領奧巴向努爾哈赤稱臣，首先歸附後金。次年，林丹汗發兵讨伐科爾沁部，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），後金征巴林部、紮魯特部，掠其人口、牲畜而歸。
清太宗 皇太極（努爾哈赤之子）
天聰（皇太極的年号）元年（1627年），柰曼、敖漢二部歸附後金。次年，喀喇沁部歸附，皇太極發兵征察哈爾。之後，紮魯特部歸附後金。天聰四年（1630年），四子部落、阿噜科爾沁部歸附。天聰六年（1632年），翁牛特部歸附。四月，皇太極再征察哈爾，令喀喇沁、紮魯特、敖漢、柰曼、翁牛特、巴林、科爾沁等部前來會師。但蒙古各部多不願與察哈爾交戰，兵馬“多寡不齊，遲速亦異”，有的“僅以一旅從征”。五月，後金進軍至歸化城，林丹汗南渡黃河，逃往鄂爾多斯。後金俘獲察哈爾數千人。次年，茂明安部、烏喇特部歸附。
林丹漢潰逃青海
天聰八年（1634年），林丹汗病死于大草灘，察哈爾、克什克騰部衆相繼歸降。次年（1635年）皇太極命多爾衮、嶽托、薩哈廉、豪格領兵1萬，進入鄂爾多斯，繼續進攻察哈爾餘部，林丹汗之子額哲奉母命獻出一枚“制诰之寶”的傳國玉玺給多爾衮，歸降後金，察哈爾部滅亡，改置八旗察哈爾。鄂爾多斯部、歸化城土默特一并歸降，漠南蒙古全部統一于後金。對于歸附的漠南蒙古諸部，皇太極以建旗、劃界等措施進行管理。至順治時，蒙古諸部已編為旗，牧地邊界固定。為防止蒙古諸旗聯合，禁止越界互相往來。
天聰十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉來盛京朝觐，奉皇太極為“博格達汗”。皇太極改國号為大清，改元崇德。置蒙古衙門統管蒙古事務，并派員前往歸附的蒙古各部“查戶口、編牛錄、會外藩、審罪犯、頒法律、禁奸盜”。
天聰末年征服漠南蒙古之後的後金國
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