明代末期，蒙古分裂为数十个部落，其中以察哈尔部最强。察哈尔部的林丹汗继位后，控制了大漠南北的多个部落，实际上成为蒙古各部的盟主。而与女真人临近的科尔沁、喀尔喀等部，已时常卷入建州女真与其他各部女真的战争。
明末地图
万历二十一年（1593年），科尔沁部台吉明安等人与女真叶赫、乌拉、辉发等部联合入侵建州，被努尔哈赤击败。次年，明安遣使与努尔哈赤通好。万历四十年（1612年），努尔哈赤娶明安之女为妃。之后，科尔沁、扎鲁特等部多次与努尔哈赤家族联姻。开启了近三百年的满蒙联姻。
万历四十四年（1616年）努尔哈赤统一女真各部，建立后金，使蒙古各部感到威胁。于是林丹汗与明朝结盟，联手遏制努尔哈赤的扩张。努尔哈赤则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招抚、利诱、通婚、胁迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。
清太祖 努尔哈赤
天命（努尔哈赤的年号）四年（1619年），后金在辽河大败喀尔喀蒙古军，俘获喀尔喀、扎鲁特的多位头领以及明安之子桑噶尔。次年，后金将扎鲁特部头领色本释放，并让色本立誓：“若不感恩图报，殃及臣身。”
天命六年（1621年），后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。喀尔喀部乘机偷袭沈阳，试图营救被俘的斋桑诺颜，但被后金击败。于是喀尔喀部以人质、牲畜赎回斋桑。不久，喀尔喀部台吉古尔布什、莽古勒等率六百户投奔后金，努尔哈赤将其女松古图嫁予古尔布什。此后，对林丹汗心怀不满的一部分喀尔喀、扎鲁特台吉投靠努尔哈赤。天命九年（1624年），科尔沁部首领奥巴向努尔哈赤称臣，首先归附后金。次年，林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。
清太宗 皇太极（努尔哈赤之子）
天聪（皇太极的年号）元年（1627年），柰曼、敖汉二部归附后金。次年，喀喇沁部归附，皇太极发兵征察哈尔。之后，扎鲁特部归附后金。天聪四年（1630年），四子部落、阿噜科尔沁部归附。天聪六年（1632年），翁牛特部归附。四月，皇太极再征察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。但蒙古各部多不愿与察哈尔交战，兵马“多寡不齐，迟速亦异”，有的“仅以一旅从征”。五月，后金进军至归化城，林丹汗南渡黄河，逃往鄂尔多斯。后金俘获察哈尔数千人。次年，茂明安部、乌喇特部归附。
林丹汉溃逃青海
天聪八年（1634年），林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。次年（1635年）皇太极命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，进入鄂尔多斯，继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲奉母命献出一枚“制诰之宝”的传国玉玺给多尔衮，归降后金，察哈尔部灭亡，改置八旗察哈尔。鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降，漠南蒙古全部统一于后金。对于归附的漠南蒙古诸部，皇太极以建旗、划界等措施进行管理。至顺治时，蒙古诸部已编为旗，牧地边界固定。为防止蒙古诸旗联合，禁止越界互相往来。
天聪十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉皇太极为“博格达汗”。皇太极改国号为大清，改元崇德。置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。
天聪末年征服漠南蒙古之后的后金国
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