MES系統的成功應用不隻是單單将軟體系統開發出來，然後直接安裝應用就可以進行運作做工。MES系統的運作需要從多個方面出發，確定軟體系統的成功實施部署，然後在生産當中發揮自己的作用。
實際情況開發
為了確定MES系統的正常運作，必須要根據工廠的生産條件來設計。根據自身的需求，結合實際開發的功能，開發出與實際工作相适應的功能。
同時，在開發過程中要注意與制造裝置的連接配接，以及軟體系統的整合。是以，必須在接口和相容性上進行優化。
現場參數調整
軟體開發完畢，就必須在工廠進行現場調試。其内容包括：驅動軟體系統，采集資訊，控制硬體裝置，生産裝置。同時，通過對軟體進行檢測，找出系統的缺陷，修改相應的參數和代碼，以排除 bug。
在測試的時候，所有的工廠都會進行相應的測試，然後不斷的進行調試，保證以後的工作不會出現任何的差錯。
硬體裝置連接配接
MES系統是生産執行系統，其核心是對生産裝置進行控制，根據指令進行生産，實作對生産的實時控制。是以，在硬體裝置的控制上，系統所預留的接口必須要與各裝置相連接配接，這樣就可以将它們的基礎資訊和加工文檔引入。而且，在日常工作的時候，還可以對生産過程中的資料進行實時的收集。
軟體系統內建
MES系統在實施後，必須與其它的軟體系統如ERP系統、WMS系統、SRM系統、CRM系統等進行整合。一方面，整合後能夠對各個方面的資料進行實時的收集，使得管理者能夠在管理界面上進行生産調節；另一方面，也是因為它打破了資訊的孤島，讓所有的資訊都可以自由地流通。
是以，在現場測試的時候，将這些接口和各個系統結合起來，確定每個接口都可以進行實時的同步。
做工流程規範
MES系統的運作和資料收集，都是由各個環節來完成的，這樣才能保證資料的同步和釋出。在某些工作中，從業人員若不遵守程式，不但會影響到生産，還會影響到整個系統的運作，也會影響到資料的收集。所有，各個環節的工藝都要按程式來進行。
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