二次開發
要科學地管理好“二次開發”項目，就必須從“源頭”進行控制，即規範二次開發的需求分析。
在企業提出二次開發需求後，實施方應本着認真負責的态度，對企業所提的需要進行分
析，判斷是否需要進行開發，如果不屬于二次開發的範疇，要有藝術性地做好說服工作；
如果确定真的需要二次開發，則應該嚴格的按照軟體工程的要求，同企業一起界定清楚二次開發的範圍及目标，在此基礎上進行詳細的、無二意性的功能描述、開發進度安排、品質體系保證、開發成本及所需資源等。
其中二次開發系統如何實作同現有系統的緊密內建，并保證在今後的軟體更新中得到良好的維護，都是必須認真考慮和明确的内容，最終确定的二次開發需求以《二次開發需求報告》的形式确定下來，該報告将作為階段驗收的重要檔案。
作為企業應積極配合實施方的工作，一方面為實施方提供相應的支援，有必要的話企業可派資深的業務人員對實施方的顧問進行業務上的教育訓練，以便其迅速的掌握重點；另一方面應做好測試資料的收集及整理工作。
同時，要加強開發過程控制。
在二次開發需求确定後，二次開發的主體一方面應嚴格按照項目管理的思路對開發程從進度、品質和成本上進行管理和控制；
另一方面應按照軟體工程的思路做好詳細設計、代碼開發、功能測試、內建測試等關鍵環節的工作，保證最終傳遞的産品是經得起使用者的考驗。
同時，為了實作良好的客戶關系，應定期或不定期就項目的進展情況向企業進行彙報，以便掌握整個項目的進度（其中較為常見的做法是建立周報制度，下表為某公司二次開發項目周報的樣例）。
在強調項目進度管理的同時，必須加強品質管理工作，應在開發的過程中加大測試環節的工作，通過功能測試、內建測試等，保證送出産品的最終品質。
最後，處理好二次開發的驗收工作。
如果前面的環節都有很好的執行，那麼二次開發的驗收工作就相對簡單，其中的關鍵除
是否滿足雙方所約定的《二次開發需求報告》外，還要重點做好相關文檔、相關代碼的存檔工作，并做好與之相應的實施、教育訓練工作。
二次開發的利弊
MES管理系統實施過程中，由于每個企業的狀況不同，必然會存在一些無法滿足企業需求的情況。雖然系統通過參數調整可以滿足部分需求，但很多情況下都需要改動原有程式、甚至需要修改原始資料庫結構來滿足條件。
一、二次開發MES管理系統的原因
1. 使用者不接受新系統的操作習慣
MES生産管理系統為了保持較強的通用性，功能跟流程的設定都是标準與規範的。但在實施時，除了業務流程等方面具有個性化需求外，還存在着一些不涉及業務流程的、由企業的特殊性而産生的操作習慣需求，而提出了大量的二次開發。
2. 企業不規範的管理制度造成的特殊流程需求
大部分企業都想把現有的手工流程、手工作業全封不動的搬到MES管理系統中去，而不分析規範化的流程與企業原有流程的優劣性，固執的堅持采用目前的管理手段、管理習慣，要進行必須二次開發來滿足其需求。
3. MES系統确實無法滿足的需求
MES屬于行業通用軟體，但每個企業是有其自身的特點，确實也存在着一些個性需求，要進行二次開發，既要吸納軟體中的先進管理思想，也要保持企業的特色。
4. 接口需求
資訊化建設涉及多套系統，如OA、ERP等，而各系統的資料之間存在資訊共享，有系統接口需求，二次開發也成為必然。
5. 新的需求産生
随着項目實施的不斷深入，企業人員對資訊系統有了更深的了解，應用不斷深入，對資訊系統産品就會提出更多的要求，使系統更貼合企業營運。
二、MES管理系統二次開發的風險控制
1. 對整個企業的業務進行規劃二次開發要有所取舍
對于制造企業，會涉及到CAD、PDM、CAPP、ERP、MES系統，并存在接口內建等，是以要根據企業情況，從整體考慮，而不是從某個功能點或某個業務部門去考慮。企業不應過多強調自身的特點，畢竟MES中的管理流程具有一定的先進性和合理性。某些特殊之處是由企業流程自身的不合理産生的，應通過MES的實施，對企業的業務流程進行優化重組，而不是一味修改軟體以适應不合理的流程。
2. 利用原有的閑置字段，避免改動資料庫結構
對于會牽涉到新增字段而影響到原有資料庫結構的開發，盡量利用系統原有的“閑置”字段，不要輕易新增字段或檔案檔案。如确實需要的要與原開發商進行确認，以避免二次開發與産品發展方向重疊或沖突，以降低日後版本更新的困擾。
3. 不要随意修改核心代碼新功能，最好自定義成子產品
要嚴格遵守不修改核心代碼這一原則。如果必須開發，則應盡量使二次開發的功能子產品獨立于原來的系統。這樣當系統版本更新時，二次開發出來的子產品無需修改或者隻需較少的修改就可以應用于高版本系統。
4. 建立二次開發的規範
二次開發要建立一套完整的開發流程與标準。新擴充的字段、建立程式的命名制定統一規範，并且要預留擴充空間。公用元件不建議修改，程式的編寫應采用繼承的方式。
5. 避免開發人員流失
培養一支既懂管理科學又懂資訊技術的複合型、專業化人才隊伍是企業資訊化建設的重中之重。留住IT人才也是規避企業MES二次開發風險的政策。
企業MES系統二次開發具有十分重要的意義，MES實施的成功率和實施效益具有參考價值，不僅要貼合企業管理，還要助力企業全面發展。