元朝雖然被明朝打敗，但其自身實力在北元時期（1368—1402年）仍然是強大的。當了一百年臣屬國的高麗，在明朝和北元之間左右搖擺。其後，李氏北韓（1392年、洪武25年）篡位成立，還是因為北元，李氏北韓繼續在明和北元見左右搖擺。
同時，耽羅也被新羅最終吞并，由此奠定了今日北韓半島的政治版圖。但到了高麗北韓建立（936年統一北韓半島）時，耽羅拒絕繼續做臣屬國，其後雙方交戰，兩年後耽羅屈服。北宋崇甯四年（1105年），高麗肅宗将國變為縣，正式吞并了濟州島。
元朝的關系，濟州島再次于1274年回歸中國，高麗北韓則作為藩屬國存在。
元朝和耽羅的關系
1273年，高麗正式向蒙古政權（南宋尚存在，元世祖忽必烈至元十年）稱臣，設立了耽羅國招讨司，屯鎮邊軍千七百人。先後隸于中書省、遼陽行省、征東行省等機構。
1274年，耽羅正式成為元朝的直轄地。
1294年（忽必烈于2月18日）後，歸還了部分管轄權，元高兩國共管。
六年後，又收歸元朝直管。再五年，又部分還給高麗。反複在高麗與元朝之間遊離着。
元朝之是以非常重視耽羅，主要出于兩大原因。
其一，耽羅的地理位置非常重要。距北韓半島最南端約85公裡，東面與日本的對馬島及長崎縣隔海相對，西面與中國的江浙相視。
元朝控制了耽羅也就是有了一個海上基地監視三地，元朝征伐日本的時候，耽羅既是後勤基地（武器軍姿、戰船——造了一百艘），同時也是東征日本的出發地。
1273年直接控制耽羅，也是為了從海陸直接監控南宋政權。南宋政權覆滅之後，也是防備南方叛亂的地方。
其二，耽羅自古産戰馬，是亞洲非常适合養馬的地方，水草豐滿、氣候适宜。蒙古作為遊牧民族特别重視戰馬。為此，耽羅在至元十四年（1277年）作為蒙古的養馬場。
耽羅主要供奉的高麗産小馬，耐力比較好，這種馬被稱為“鄉馬”；蒙古送來的馬被稱為“胡馬”，但數量不多。
除了上述兩大原因外，元朝初期經常派人到濟州島（耽羅）熟練海戰。
整個元代，濟州島都是犯人流放的地方。
至元十二年（1275年）四月開始流放了百餘人、五月33人、八月四十多人。之後，囚犯流放絡繹不絕。就是宗室皇宗也有人，例如魏王阿木哥等人。
元順帝避逃濟州島計劃
至正二十七年（1367年）二月，元順帝派高大悲來到高麗面見恭愍王王颛（王祺），告訴他皇帝準備避亂到濟州，為了回饋，濟州島重新還給高麗。同時，這次賞賜王颛極為豐厚，彩帛絹錦550匹，以前根本沒賞賜過或者幾匹、幾十匹而已。可見，交好高麗為避亂目的地做選擇。
這條史料出自《高麗史》。由此可見，有些人荒唐地展開才智說什麼明朝放了元順帝逃跑。這則史料就可以證明，對于逃離大都，已經是元順帝的既定政策。隻不過，明軍速度确實比較快，在逃往何處還沒有下定決心的元順帝出乎意料慌亂而逃。
同樣，1369年九月，王颛因為要營建宮殿從濟州島調來十一名工匠，要求他們為自己工作。其中，元世告訴宰輔：當年元朝皇帝就是好興土木而丢了天下，因為，元朝皇帝要逃到耽羅，是以我們這些工匠便被派來了。時間沒兩年天下大變，我們因為被征用來到這裡，也算是萬幸了。
朱元璋不收複高麗，隻為交好高麗
元朝覆滅之後，濟州島上的蒙古勢力相對來說比較強大。因為被流放人員、戰馬基地、監視中國東南日本高麗政權的人馬、順帝派來的營造宮殿的人員等，蒙古勢力（包括傾向元朝的包括漢族在内的各個民族）的戰鬥力仍在，而且這是他們最後的基地了。
從海陸逃回蒙古可能嗎？路陸北上也不可能。是以，以“困獸猶鬥”比喻更能顯示出其危險。
濟州島上的蒙古勢力和高麗國内的親元勢力合謀，擊敗過數次高麗軍隊，同時，也最終發動政變殺死了高麗王王颛。
起初，王颛請求朱元璋準許對濟州島上的蒙古人進行進攻。洪武三年，親元勢力奇氏家族被殺，宰相尹時遇令人前往問罪結果全部被殺。王颛向朱元璋表忠心，請求準許。朱元璋拒絕，要求其好好對待境内蒙古人。
但是，洪武五年嶺北戰役失敗後（王颛在沒失敗前再次請求準許進攻，七月嶺北戰役正在交戰時，王颛第三次請求，都被朱元璋拒絕要求其好好對待蒙古人），高麗王王颛又怕北元勢力強大，最終危害高麗又開始與濟州島上的蒙古人重新交好。
在這種情況下，朱元璋則改變之前的态度，開始親自手書要求王颛對濟州島發動進攻。主要是為了試探王颛對北元的态度。第二年，王颛為了防止被明朝知道，在深夜接見了北元使者。
朱元璋為此非常生氣，再加上使臣兩次被殺事件的刺激，朱元璋釋出了軍事威脅。王颛沒有辦法，思來想去自己之前把北元得罪苦了，隻能抱明朝的大腿了。
洪武七年（1374年），高麗北韓征伐濟州島，将濟州島上的三名蒙古首領的人頭送往南京。
即使如此，王颛于1375年被親元勢力誅殺。其後，李氏北韓代高麗出現，朱元璋面對濟州島這個戰略要地，出于拉攏北韓的目的而沒有向其索要濟州島的歸屬。
但這一問題，卻延續到了今天，濟州島不在，對中國的影響深遠。雖然，因為國力問題，北韓政權安安分分地做了臣屬國，但問題是，如果他成了别的強國的屬國之後呢？
濟州島的戰略地位的三項功能（看北韓半島、中國東南、日本）就會啟動，為中國的戰略利益帶來很大影響。