元朝由蒙古族建立，是中國曆史上首次由少數民族建立的大一統王朝。蒙古軍隊的對外戰争具有征服性質，而兩次對日本的戰争就是為了征服日本，使之臣服。13世紀蒙古騎兵橫行歐亞大陸，唯獨孤懸海外的日本不向元朝臣服，并且着手加強日本最靠近高麗的領土（高此時向元稱臣），是以也是最有可能被首先侵略的地方--九州的防禦。
1266年，忽必烈就派使者出使日本，但因為風大，使都沒能到達日本，後來又派了幾次，日本對元朝的使者很不友好，其中一次還扣壓了高麗向導，忽必烈很生氣，1274年，忽必烈命拔都魯領蒙漢軍隊一萬五千人出征日本。戰争一開始很勝利，但是因為異地作戰，元軍不熟悉環境，日本軍隊又采用遊擊戰術，元軍不得已準備退兵，在返航的過程中又遇到暴風，結果幾乎全軍覆沒。
元朝的戰線拉的太長，地盤太大，蒙古打到最後已經成了橫跨歐亞大陸的超級帝國，蒙古的精銳部隊總共就五六十要，還要駐守各個要地。最後不尊重名族政策，南宋的航海技術已經十分先進了，隻是元朝沒有利用這點，把南宋人列為下等人，是以沒有航海方面的專家并沒有為元朝效力。
當然，元軍的問題也很大，除了不熟悉海戰之外，倉促準備導緻艦船粗制濫造，也是非常重要的原因（船是高麗人建造的，技術落後而且怨言很大，品質極差）。