元朝由蒙古族建立，是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝。蒙古军队的对外战争具有征服性质，而两次对日本的战争就是为了征服日本，使之臣服。13世纪蒙古骑兵横行欧亚大陆，唯独孤悬海外的日本不向元朝臣服，并且着手加强日本最靠近高丽的领土（高此时向元称臣），因此也是最有可能被首先侵略的地方--九州的防御。
1266年，忽必烈就派使者出使日本，但因为风大，使都没能到达日本，后来又派了几次，日本对元朝的使者很不友好，其中一次还扣压了高丽向导，忽必烈很生气，1274年，忽必烈命拔都鲁领蒙汉军队一万五千人出征日本。战争一开始很胜利，但是因为异地作战，元军不熟悉环境，日本军队又采用游击战术，元军不得已准备退兵，在返航的过程中又遇到暴风，结果几乎全军覆没。
元朝的战线拉的太长，地盘太大，蒙古打到最后已经成了横跨欧亚大陆的超级帝国，蒙古的精锐部队总共就五六十要，还要驻守各个要地。最后不尊重名族政策，南宋的航海技术已经十分先进了，只是元朝没有利用这点，把南宋人列为下等人，所以没有航海方面的专家并没有为元朝效力。
当然，元军的问题也很大，除了不熟悉海战之外，仓促准备导致舰船粗制滥造，也是非常重要的原因（船是高丽人建造的，技术落后而且怨言很大，质量极差）。