其實，我們隻要看看順治、康熙、乾隆是如何對待朱元璋、崇祯的，你就明白他們會怎麼對待明朝皇帝。
那順治、康熙、乾隆是怎麼對待朱元璋、崇祯的呢？
崇祯當年于煤山自缢後，因李自成并不重視崇祯的身後事，是以崇祯的遺體并未被妥善安置，最初其遺體隻是用門闆裝入柳木棺内，而其安葬後，更是沒有絲毫帝王該有的待遇，陪葬的金、銀器皿都是用鉛銅冒充。直到清朝，清朝統治者為拉攏仍忠于明朝的臣民得人心，是以開始厚葬崇祯，為他修建了思陵，營建了帝王陵墓該有的建築。
清朝立國後，諸帝對朱元璋可謂是禮遇有加，康熙南巡，六次遣官拜祭南京明孝陵，五次親往谒陵，祭拜時均行三跪九叩之大參禮，被史書譽為是“禮文隆渥，逾于常祀，是乃千古盛德之舉”。而乾隆六次南巡，更是次次至明孝陵“拈香奠酒”，行三跪九叩之禮。
此外，終清二百餘年，清朝還多次修繕明十三陵，如乾隆五十年（1785年）三月，乾隆就下令修葺十三陵。
從康熙、乾隆對朱元璋、崇祯的态度，及其對待明朝皇帝陵寝的态度，我們就可看出，清朝諸帝對待明朝皇帝是不會太差的，至少表面功夫做的是很好的，讓人挑不出啥問題。
當然，清朝皇帝之是以如此禮遇明朝皇帝，這絕非是什麼尊敬，而是為了籠絡漢人的心，讓他們服從清朝的統治，畢竟清朝的統治者是北方少數民族，其人口與漢族相差懸殊，如若漢人鐵了心得要反抗清朝，清朝是絕對控制不住中原的，是以，收買漢人的心是很重要的。而在當時，禮遇明朝皇帝顯然有助于清朝籠絡漢人之舉。
是以，從清朝需要籠絡漢人，我們就知道明朝皇帝在太廟中的牌位肯定是不會被随意處置的，肯定是會被妥善安排的。
當然，此時明朝諸位皇帝的牌位肯定不會被繼續放在太廟，畢竟太廟是供奉當朝皇帝的地方，此時這裡隻能是供奉愛新覺羅氏的皇帝。
那被遷出太廟的明朝諸帝的牌位都被放置到哪裡呢？
答案是被遷移到“帝王廟”中。
帝王廟始建于明代嘉靖九年（1530年），是明清時期用來祭祀非本朝的曆代皇帝的場所，其地位與太廟、孔廟相當，明清皇帝會在此祭祀前朝曆代皇帝。初期，在曆代帝王廟中隻有16位皇帝，分别是三皇五帝、夏禹、商湯、周武王、漢高祖、漢光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖。而後，清朝立國，多爾衮攝政時，帝王廟增加了明太祖、崇祯、遼太祖、金太祖、金世宗和元太祖等六位皇帝。順治親政後，順治将帝王廟的皇帝定為25位，排除了遼太祖、金太祖、金世宗、元太祖等四位皇帝，增加了商中宗、商高宗、周成王、周康王、漢文帝、宋仁宗、明孝宗。
康熙即位後，康熙認為“凡曾在位，除無道被弑亡國之主外，應盡入廟崇祀”，即隻要不是因無道失德而被殺或亡國的帝王，都應入廟享祀，此後共有164位皇帝入祀帝王廟，其中明朝諸帝，因康熙認為“有明天下，皆壞于萬曆（神宗）、泰昌（光宗）、天啟（熹宗）三朝……”，除神宗、光宗、熹宗三帝，其餘13帝皆入帝王廟祭祀。
綜上所述，供奉在太廟的明朝諸帝，除萬曆、光宗、熹宗三帝，康熙認為他們實乃是無道之君，是以不予祭祀外，其餘十三帝皆予以放入帝王廟中祭祀，受清朝世代香火祭祀。