洪武十三年，李文忠交代完後事，與妻兒泣别後才去上朝。朱元璋看了他的奏折，怒罵道：“李文忠，難道你就不怕死嗎？”李文忠視死如歸，說：“文忠死不足惜，願陛下多念及江山黎民。”朱元璋聽罷，罵道：“既然如此，朕成全你，将你一起殺了，看誰還敢再啰嗦！”随即，朱元璋喝令武士将李文忠打入死牢，擇日處斬。李文忠是朱元璋的外甥，朱元璋二姐朱佛女與李貞的兒子。當時，李貞家是朱元璋所有親戚中最富裕的一個，可以一日三餐吃飽飯，而李貞生性友善，時常接濟朱元璋一家，為此，朱元璋自幼就和二姐一家比較親近。後來，朱元璋老家遭災，父母兄弟相繼去世，朱元璋走投無路，做了和尚。不久，二姐朱佛女一家也遭了災，朱佛女在36歲那年因病去世。朱佛女死後，又遇上亂兵入侵，李貞隻好帶着兒子李文忠外出避難。
李文忠14歲那年，李貞聽說朱元璋在滁州郭子興帳下混得不錯，便帶着李文忠去投奔朱元璋。朱元璋見了李文忠相擁而泣，朱元璋讓李文忠改叫朱文忠，視他如親兒子一樣培養，不僅給他找老師，還教授知識，親自教他兵法、軍事知識。李文忠不負所望，自從19歲以舍人的身份，率領朱元璋的親軍支援池州，立下軍功後，就開啟了他的軍旅生涯。他南征北戰，打張士誠，攻陳友諒，平定江南，征讨北元，立下赫赫戰功。洪武三年，朱元璋封功時，授李文忠為大都督府左都督，封曹國公，排名僅在李善長、徐達、常遇春之下，尊貴無比。洪武十二年，李文忠與西平侯沐英合兵征讨洮州十八番族叛亂，平叛回朝後，朱元璋令李文忠掌管大都督府兼領國子監事。
這時的李文忠不僅是軍隊的一把手，還是教育部的一把手。而這時的李善長早已被強制退休，常遇春早就戰死沙場，徐達則被放在邊疆練兵，遠離權力中心，是以此時的李文忠，位高權重，無人可比。
但一年後，胡惟庸案爆發，朱元璋不僅處死了丞相胡惟庸，還有意擴大案情，故意牽連功臣多達萬人，人人自危，朝不保夕，甚至大臣在上朝前，都先寫好了遺書，如果能活着下朝，舉家慶祝。在如此高壓下，無人敢勸說朱元璋，但李文忠是個直臣、忠臣，他對朱元璋稱帝以後的許多做法，表示不滿，也為朱元璋大肆屠戮功臣，深感不安。在此之前，李文忠就曾兩次，直言勸谏，一是勸谏朱元璋愛民，惜民，明朝初建，百廢待興，國力還沒有恢複，不要發兵征讨日本；二是勸谏朱元璋處理國事、政務，不要過度依賴、信任宦官，以免禍起蕭牆。雖然李文忠語言直白，言辭激烈，但并沒有激怒朱元璋，朱元璋隻是置之不理而已。胡惟庸案發後，李文忠再也坐不住了，他見朱元璋大肆牽連屠殺功臣，擔心喪失國本，便與妻兒泣别後，決定以死相谏。
朱元璋打開奏折，看李文忠寫道：“叛臣賊子，定誅無宥，惟鍛煉攀誣，濫殺無辜，人不自安，傷國元氣。”朱元璋不等看完，就氣地指着李文忠大罵：“小子膽大包天，胡言亂語。朕斬絕叛逆，與你何幹？”
李文忠也無懼色，說：“陛下殺盡功臣宿将，一旦邊疆有警，或内有叛亂，那時誰來為國效力疆場？”朱元璋被問的語塞，便出現開頭的一幕，下令将李文忠下獄待斬。退朝後，多虧馬皇後以親情至親勸說，走感情路線，喚起朱元璋的恻隐之心，這才赦免了李文忠的死罪，将其囚禁在家。
洪武十六年年末，李文忠得了個小病。朱元璋竟大發慈悲，派淮安侯華中上門醫治。不料，次年年初，46歲的李文忠突然病重去世。李文忠死後，朱元璋說華中下毒，害死了李文忠，将華中的妻子兒女全部處死，然後為李文忠大搞喪事。
事出反常必有妖，華中和李文忠無冤無仇，為何要害他，朱元璋又為何要殺光華中的妻兒？而且李文忠死去的時間也很微妙，正是馬皇後去世一年多。是以，李文忠之死定有見不得人的秘事，就如劉伯溫被胡惟庸毒死一樣，其實胡惟庸也隻是個工具而已。