在《新世紀福音戰士》的故事中，人類為了對抗“使徒”入侵，成了負責對“使徒”調查研究和殲滅工作的機構“NERV”。
NERV司令碇源堂
“NERV”的司令官是碇源堂，其總部位于第三新東京市的地下空洞中，在世界各國亦有諸多的分部。
“NERV”總部下屬有戰術作戰部門、技術開發部門、保安諜報等多部門，而保持整個“NERV”正常運作的重要所在，就是其擁有一套超級智能的計算機及運作系統——MAGI（MAGI System）。
MAGI硬體外觀
整個MAGI系統相當于“NERV”機構的大腦。它是由“NERV”現任技術開發部首席人員赤木律子博士的母親——赤木直子所研發的。
但在MAGI系統研發完成後，赤木直子就因某種原因自殺身亡了（死因和碇源堂有關）。在那之後，整個系統便由其女兒赤木律子博士接手，繼續負責維護工作。
赤木律子博士的母親——赤木直子
MAGI系統，主要由三大子產品組成：MELCHIOR-1，BALTHASAR-2，CASPER-3。
而這三個子產品的名字分别取自《聖經·新約》中的東方三博士，傳說此三人在耶稣誕生時從東方跋涉到耶路撒冷給予祝福。
三個子產品示意圖
組成MAGI系統的這三大子產品，還分别代表了身為開發者的赤木直子的三個人格：科學家、母親、女人。
赤木直子将這三種人格下的邏輯思考模式，分别植入MELCHIOR-1、BALTHASAR-2與CASPER-3三個子產品中，使其模拟出人類所具有的多重身份思考模式。
三個人格
除了日常的運算功能外，對于重大事項的決策也會由這三個子產品進行表決，并采取一票否決制。
即代表三種人格的子產品中，隻要有一個子產品反對，就會導緻系統最終決議不通過。
一票否決制
而且整個MAGI系統報所包含的硬體系統也相當複雜，除了密集的線路布局外，内部還采用了模拟人腦的生物結構進行設計。
人格植入、人腦結構，這些元素都說明了MAGI系統更接近于人類的思考特征。
内部類似人腦的結構
MAGI系統不止一部，除了在“NERV”總部的MAGI主系統外，其各分部也都有拷貝複制的MAGI系統。
比如下圖所示，就顯示了位于第三新東京市（TOKYO-3）的MAGI主系統，以及日本松代（MATSUSHIRO）、美國馬薩諸塞(MASSACHUSETTS)、中國北京（BEIJING）、德國柏林(BERLIN)、德國漢堡(HAMBURG)等多部MAGI系統。
各分部MAGI系統
MAGI系統在人類對抗“使徒”的高速運算和決策服務中，一直發揮着重要作用。不過它也曾被使徒所入侵過，這位使徒就是故事中的第十一使徒“恐怖天使”。
第十一使徒“恐怖天使”（ IROUL/伊洛爾）
第十一使徒“恐怖天使”是故事中第9順位登場的使徒，其名字來源是猶太教傳說中司恐怖之天使“Iroul”。
根據動畫中所描述，“恐怖天使”是一種類似細菌般大小的使徒。人類無法有效察覺出其具體外形，隻知道其可以侵蝕目标，并以被侵蝕者的姿态所呈現。
“恐怖天使”是伴随着外來的零部件而進入到了NERV總部基地内。最初是從基地内無菌室的蛋白壁開始侵蝕，之後出現了爆發性的增殖，并侵入了EVA模拟體實驗中。
當時處于模拟實驗中的三位EVA駕駛員，受其影響隻能随着駕駛艙一起被迫彈射到基地外。
實驗中的三位駕駛員
而“恐怖天使”的真正可怕之處，是在于其擁有超強的适應和進化能力。它可以通過接觸周邊環境，快速進化出可融入該環境的構造和能力。
在故事中，原本在臭氧殺菌環境下無法生存的恐怖天使，就在極短的時間内适應了臭氧環境，并進化出可以通過吸收臭氧來促進自身增殖的能力。
爆發增殖
當“恐怖天使”完全侵入EVA模拟體後，它通過接觸相關裝置，再次出現了超适應性的進化。它的光學外形，甚至顯示出了電子回路的構造。
這就表示，“恐怖天使”除了原來的生物屬性外，還具有了“電子屬性”。
出現在EVA模拟體身上的電子回路光學外形
可能很多觀衆對于“恐怖天使”同時具有“生物屬性”和“電子屬性”而感到無法了解，而劇中關于其“電子屬性”的解釋是這樣描述的：由微小的個體聚內建群體，在短時間内形成智能回路，實作了爆發性的進化，探尋出一種可以應對任何狀況的系統。
這說明，“恐怖天使”是通過無數微小的個體排列成電子回路結構，進而獲得“電子屬性”的。為了友善了解，暫時可以将其了解為類似“納米機器人”的設計。
更為可怕的是，“恐怖天使”在進化出“電子屬性”後，便開始大肆入侵基地的計算機系統——MAGI系統。
“恐怖天使”首先入侵了MAGI系統的第一個子產品MELCHIOR-1（科學家人格），并由其提出了“基地自爆”的提議。這個提議迅速被剩下的兩個子產品所否決。
讓NERV所在的基地自爆，這就是“恐怖天使”真正的目的。
自爆提議
随後“恐怖天使”又入侵了第二個子產品BALTHASAR-2（母親人格）。那麼，唯一的希望便停留在了僅剩的第三子產品CASPER-3（女人人格）。
對此，技術開發部的首席負責人赤木律子博士，提出了加速促進使徒進化、促使其自行走向滅亡的方案。因為進化的終點，就是死亡。
赤木律子博士打算通過MAGI系統與“恐怖天使”直接相連，然後輸入促進其自滅的程式，進行逆向入侵。
而這個計劃是否能夠最終成功的關鍵，就要看是MAGI的自滅促程序式運作速度快，還是使徒控制CASPER-3的速度更快。
于是，赤木律子博士爬進了尚未被侵蝕的CASPER-3内部結構中，打開了CASPER-3的運算中樞。
CASPER-3代表了MAGI研發者赤木直子的女人人格，其中樞構造就相當于赤木直子的大腦。在赤木律子博士的操作下，向其中輸入了促進使徒自滅的程式。
在最後千鈞一發的緊要關頭，自滅促程序式發揮了作用。“恐怖天使”受其影響，在完全控制CASPER-3之前就自動滅亡了，基地的自爆危機也得以解除。而三位被迫彈射到基地外的EVA駕駛員，也正光溜溜的在某處等待救援。
至此，第十一使徒“恐怖天使”正式下線。
其他支線
雖然赤木律子博士利用母親研發的MAGI系統擊敗了入侵的使徒，但是她對于自己的母親卻有着特殊的沖突情感。
她不了解身為媽媽的母親，尊敬身為科學家的母親，可是卻又憎恨身為女人的母親。
赤木律子
如此沖突的情愫，正是因為赤木律子博士和她母親走上了相同的道路:她們都迷戀上了NERV的司令碇源堂。
這樣的畸形感情，也注定了最後的悲劇收場。
MAGI中的備注：碇源堂是混蛋
赤木直子的隕落
而在故事中，安排CASPER-3（女人人格）作為最後一個擊敗使徒的子產品，也别有一番意味。
因為CASPER-3所代表的是赤木律子博士母親作為女人的人格，直到故事的最後，她母親也優先維持着自己身為女人這件事。
母女兩人
如果說科學家人格代表“客觀和理性”，母親人格代表“母愛和無私”，那麼女人人格則代表了“本我和自私”。
這一點在劇場版中和漫畫版中有較好的展現：在赤木律子博士對碇源堂心灰意冷後，其修改MAGI的程式試圖以自爆炸毀NERV總部時，代表母親女人人格的CASPER-3在最終關頭卻否決了赤木律子的自爆提議。
這是一種以女人的自我為中心的意識（女人人格），即“選擇了心愛的男人而背叛了自己女兒”。
背叛女兒
最後
“恐怖天使”這一篇章的副标題LILLIPUTIAN，指的就是《格列佛遊記》裡的小人國人，象征了本篇使徒的渺小。
該篇雖然沒有宏大的戰鬥場面，但是其中展示出的元素卻非常有意思。比如，對于未來計算機的生物化方向，以及生物的電子化特性都做了一定的暢想。還有劇中碇源堂那句“進化的終點就是死亡”，也着實讓人印象深刻。
文章的最後，我們就用NERV技術開發部門女首席——美麗的赤木律子小姐，來作為本次内容的結尾。