在《新世纪福音战士》的故事中，人类为了对抗“使徒”入侵，成了负责对“使徒”调查研究和歼灭工作的机构“NERV”。
NERV司令碇源堂
“NERV”的司令官是碇源堂，其总部位于第三新东京市的地下空洞中，在世界各国亦有诸多的分部。
“NERV”总部下属有战术作战部门、技术开发部门、保安谍报等多部门，而保持整个“NERV”正常运行的重要所在，就是其拥有一套超级智能的计算机及运行系统——MAGI（MAGI System）。
MAGI硬件外观
整个MAGI系统相当于“NERV”机构的大脑。它是由“NERV”现任技术开发部首席人员赤木律子博士的母亲——赤木直子所研发的。
但在MAGI系统研发完成后，赤木直子就因某种原因自杀身亡了（死因和碇源堂有关）。在那之后，整个系统便由其女儿赤木律子博士接手，继续负责维护工作。
赤木律子博士的母亲——赤木直子
MAGI系统，主要由三大模块组成：MELCHIOR-1，BALTHASAR-2，CASPER-3。
而这三个模块的名字分别取自《圣经·新约》中的东方三博士，传说此三人在耶稣诞生时从东方跋涉到耶路撒冷给予祝福。
三个模块示意图
组成MAGI系统的这三大模块，还分别代表了身为开发者的赤木直子的三个人格：科学家、母亲、女人。
赤木直子将这三种人格下的逻辑思考模式，分别植入MELCHIOR-1、BALTHASAR-2与CASPER-3三个模块中，使其模拟出人类所具有的多重身份思考模式。
三个人格
除了日常的运算功能外，对于重大事项的决策也会由这三个模块进行表决，并采取一票否决制。
即代表三种人格的模块中，只要有一个模块反对，就会导致系统最终决议不通过。
一票否决制
而且整个MAGI系统报所包含的硬件系统也相当复杂，除了密集的线路布局外，内部还采用了模拟人脑的生物结构进行设计。
人格植入、人脑结构，这些元素都说明了MAGI系统更接近于人类的思考特征。
内部类似人脑的结构
MAGI系统不止一部，除了在“NERV”总部的MAGI主系统外，其各分部也都有拷贝复制的MAGI系统。
比如下图所示，就显示了位于第三新东京市（TOKYO-3）的MAGI主系统，以及日本松代（MATSUSHIRO）、美国马萨诸塞(MASSACHUSETTS)、中国北京（BEIJING）、德国柏林(BERLIN)、德国汉堡(HAMBURG)等多部MAGI系统。
各分部MAGI系统
MAGI系统在人类对抗“使徒”的高速运算和决策服务中，一直发挥着重要作用。不过它也曾被使徒所入侵过，这位使徒就是故事中的第十一使徒“恐怖天使”。
第十一使徒“恐怖天使”（ IROUL/伊洛尔）
第十一使徒“恐怖天使”是故事中第9顺位登场的使徒，其名字来源是犹太教传说中司恐怖之天使“Iroul”。
根据动画中所描述，“恐怖天使”是一种类似细菌般大小的使徒。人类无法有效察觉出其具体外形，只知道其可以侵蚀目标，并以被侵蚀者的姿态所呈现。
“恐怖天使”是伴随着外来的零部件而进入到了NERV总部基地内。最初是从基地内无菌室的蛋白壁开始侵蚀，之后出现了爆发性的增殖，并侵入了EVA模拟体实验中。
当时处于模拟实验中的三位EVA驾驶员，受其影响只能随着驾驶舱一起被迫弹射到基地外。
实验中的三位驾驶员
而“恐怖天使”的真正可怕之处，是在于其拥有超强的适应和进化能力。它可以通过接触周边环境，快速进化出可融入该环境的构造和能力。
在故事中，原本在臭氧杀菌环境下无法生存的恐怖天使，就在极短的时间内适应了臭氧环境，并进化出可以通过吸收臭氧来促进自身增殖的能力。
爆发增殖
当“恐怖天使”完全侵入EVA模拟体后，它通过接触相关设备，再次出现了超适应性的进化。它的光学外形，甚至显示出了电子回路的构造。
这就表示，“恐怖天使”除了原来的生物属性外，还具有了“电子属性”。
出现在EVA模拟体身上的电子回路光学外形
可能很多观众对于“恐怖天使”同时具有“生物属性”和“电子属性”而感到无法理解，而剧中关于其“电子属性”的解释是这样描述的：由微小的个体聚集成群体，在短时间内形成智能回路，实现了爆发性的进化，探寻出一种可以应对任何状况的系统。
这说明，“恐怖天使”是通过无数微小的个体排列成电子回路结构，从而获得“电子属性”的。为了方便理解，暂时可以将其理解为类似“纳米机器人”的设计。
更为可怕的是，“恐怖天使”在进化出“电子属性”后，便开始大肆入侵基地的计算机系统——MAGI系统。
“恐怖天使”首先入侵了MAGI系统的第一个模块MELCHIOR-1（科学家人格），并由其提出了“基地自爆”的提议。这个提议迅速被剩下的两个模块所否决。
让NERV所在的基地自爆，这就是“恐怖天使”真正的目的。
自爆提议
随后“恐怖天使”又入侵了第二个模块BALTHASAR-2（母亲人格）。那么，唯一的希望便停留在了仅剩的第三模块CASPER-3（女人人格）。
对此，技术开发部的首席负责人赤木律子博士，提出了加速促进使徒进化、促使其自行走向灭亡的方案。因为进化的终点，就是死亡。
赤木律子博士打算通过MAGI系统与“恐怖天使”直接相连，然后输入促进其自灭的程序，进行逆向入侵。
而这个计划是否能够最终成功的关键，就要看是MAGI的自灭促进程序运行速度快，还是使徒控制CASPER-3的速度更快。
于是，赤木律子博士爬进了尚未被侵蚀的CASPER-3内部结构中，打开了CASPER-3的运算中枢。
CASPER-3代表了MAGI研发者赤木直子的女人人格，其中枢构造就相当于赤木直子的大脑。在赤木律子博士的操作下，向其中输入了促进使徒自灭的程序。
在最后千钧一发的紧要关头，自灭促进程序发挥了作用。“恐怖天使”受其影响，在完全控制CASPER-3之前就自动灭亡了，基地的自爆危机也得以解除。而三位被迫弹射到基地外的EVA驾驶员，也正光溜溜的在某处等待救援。
至此，第十一使徒“恐怖天使”正式下线。
其他支线
虽然赤木律子博士利用母亲研发的MAGI系统击败了入侵的使徒，但是她对于自己的母亲却有着特殊的矛盾情感。
她不了解身为妈妈的母亲，尊敬身为科学家的母亲，可是却又憎恨身为女人的母亲。
赤木律子
如此矛盾的情愫，正是因为赤木律子博士和她母亲走上了相同的道路:她们都迷恋上了NERV的司令碇源堂。
这样的畸形感情，也注定了最后的悲剧收场。
MAGI中的备注：碇源堂是混蛋
赤木直子的陨落
而在故事中，安排CASPER-3（女人人格）作为最后一个击败使徒的模块，也别有一番意味。
因为CASPER-3所代表的是赤木律子博士母亲作为女人的人格，直到故事的最后，她母亲也优先维持着自己身为女人这件事。
母女两人
如果说科学家人格代表“客观和理性”，母亲人格代表“母爱和无私”，那么女人人格则代表了“本我和自私”。
这一点在剧场版中和漫画版中有较好的体现：在赤木律子博士对碇源堂心灰意冷后，其修改MAGI的程序试图以自爆炸毁NERV总部时，代表母亲女人人格的CASPER-3在最终关头却否决了赤木律子的自爆提议。
这是一种以女人的自我为中心的意识（女人人格），即“选择了心爱的男人而背叛了自己女儿”。
背叛女儿
最后
“恐怖天使”这一篇章的副标题LILLIPUTIAN，指的就是《格列佛游记》里的小人国人，象征了本篇使徒的渺小。
该篇虽然没有宏大的战斗场面，但是其中展示出的元素却非常有意思。比如，对于未来计算机的生物化方向，以及生物的电子化特性都做了一定的畅想。还有剧中碇源堂那句“进化的终点就是死亡”，也着实让人印象深刻。
文章的最后，我们就用NERV技术开发部门女首席——美丽的赤木律子小姐，来作为本次内容的结尾。