據《史記?秦始皇本紀》，“焚書”事件起于始皇三十四年（前213）鹹陽宮的一次宴會。
在這次宴會上，博士70人上前為始皇敬酒祝壽。仆射周青臣乘機貢谀，說了ー通歌功頌德的話，盛贊郡縣制。博土淳于越對周青臣的“面谀”十分反感，發言主張效法商周，實行分封制，認為“事不師古而能長久者，非所聞也”。
始皇把淳于越的意見交諸臣評議。丞相李斯駁斥了淳于越的觀點，進而對當時的學風士習提出嚴厲批評雲：“今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。…私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，誇主以為名，異取以為高，率群下以造謗。”他認為如果不制止這種行為，“則主勢降乎上，黨與成乎下''”，建議頒令禁締，并預拟具體條款如下：
史官非秦記皆燒之；非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之；有敢偶語《詩》、《書》者，棄市；以古非今者族；吏見知不舉者與同罪；令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥、蔔筮、種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。
秦始皇當即照準，下制曰：“可。”也就是說，把以上建議作為正式法令頒行全國。這就是焚書等禁令的由來。
也就是說，真正意義上的“焚書”是指秦始皇下令焚燒除《秦記》以外的列國史記與不屬于博士館内的《詩》、《書》等百家書籍。另外在“焚書”期間他還嚴禁人們私自談論《詩》、《書》并大力根除私學。若有人私談将予以死刑乃至滅族；若有人想學法令必須拜官吏為師。
秦始皇并沒有焚燒所有的民間文籍，也沒有禁止一切學習途徑。譬如醫藥、蔔筮、種樹等書籍便不在焚燒之列。當然有些焚書内容早已印進人們的腦海，避過了“秦火”。像後來出現的不少古籍，就是憑借這些人的記憶複原的。秦始皇焚書在學術史上的最大影響,是導緻“漢學”即章句訓诂之學興起。新唐書藝文志序雲“自六經焚于秦而複出于漢，其師傳之道中絕,而簡編脫亂訛缺,學者莫得其本真,手是諸儒章句之學興焉。”兩漢今古文經學之争,以及漢以下《尚書》等典籍的真僞之争都與秦皇焚書有直接關系。
秦始皇起初并不排斥儒家。他統一全國後，大部分時間都兼用儒生與法吏，且祿養了七十位博士，以備顧問。據說這數目是特意仿照孔子弟子之數來設定的。另外從他遺留下的石碑來看，他俨然十分維護禮教。隻不過他是個極其自信的人，決不容許别人質疑關于他的一切。是以博士主張恢複分封制，就無異于在批判郡縣制、否認秦始皇。
至于“坑儒”這一說法，現代曆史學家們仍觀點不一。
譬如民國興起的“疑古派”認為根本不存在“坑儒”，此乃後人杜撰。但近年來的考古發現逐漸打破了這個觀點。越來越多的學者認為“坑儒”有斷章取義之嫌。秦始皇确實坑了一些人，但這些人并非“儒生”，而是引用儒家經典批評時政的“方士”。
而這一觀點與司馬遷的《史記》大緻相符，其記載是這樣的：據說秦始皇當年為了長生不老，曾派遣許多方士入海尋求神仙與不死藥。這不僅耗費大量金錢，而且方士們大多一去不返。就在“焚書”的第二年，方士侯、盧二生答應為秦始皇尋藥，但他們自知無果，害怕被處死，便攜求仙巨款逃離。更可惡的是，他們在逃離前還诽謗秦始皇暴戾自負、專用禦吏、貪戀權勢等。秦始皇聽後火冒三丈，即刻命人徹查鹹陽城内其餘方士。沒想到這些方士互相指攀，竟牽扯出四百六十餘人，最終秦始皇将他們全部活埋。
就此看來，秦始皇坑“方士”乃情有可原。而這些方士平日又總打着儒學的旗号，是以秦始皇對儒學便更加厭惡。筆者對于這個“坑儒”觀點較為認可，畢竟司馬遷與漢武帝同處一個時代，他離秦朝滅亡最多不過120年。更何況他十多歲便走遍中國，漢景帝中元三年（前147）二十二歲就子承父業，擔任太史令。是以确切地說他距“焚書坑儒”事件隻有65年。在如此狹小的時間跨度裡，以司馬遷的學識與地位，絕不可能不清楚“焚書坑儒”這般重大的事件。
古文獻中關于“坑儒”的記載和地點
《文獻通考·學校考一》記載：
始皇使禦史案問，諸生傳相告引，至殺四百六十餘人。又令冬種瓜骊山，實生，命博士諸生就視，為伏機，殺七百餘人。二世時又以陳勝起，召博士諸生議，坐以“非所宜言”者又數十人。
據以上引文，則秦始皇有兩次坑儒，後一次所坑與秦二世所處罪者（處罪方式不明）均為“博士諸生”，即國學生員。第一次坑儒即《史記》所載“坑之成陽”的那次，具體地點和情節不詳。第二次“伏機”坑儒情節，見于唐顔師古為《漢書·儒林傳序》所作注中。注文雲：
今新豐縣之處号憫儒鄉。溫湯西南三裡有馬谷，谷之西岸有坑，故老相傳以為秦坑儒處也。衛安《诏定古文尚書序》雲：“秦既焚書，患苦天下不從所改更法，而諸生到者拜為郎，前後七百人。乃密令冬種瓜于骊山坑谷中溫處。瓜實成，诏博士諸生說之，人人不同。乃命就視之，為伏機，諸生賢儒皆至焉。方相難不決，因發機，從上填之以土，皆壓，終乃無聲。”
此即所謂“瓜丘之禍”，地點在“骊山坑谷中”，西距秦都成陽當有百裡之遙。
當然史料并非百分百正确，但由此我們能推測出秦始皇焚書、厭儒的原因。或許除了他無法忍受他人批判外，還源自他厚今薄古的思想、極度強烈的控制欲、尋不得仙丹妙藥的懊惱。而這些皆是秦朝建立君主專制主義制度的政治需要。隻不過秦始皇下藥過猛，導緻百家經典受損。