1937年11月，日軍20萬人大舉進攻南京。當時教導總隊在光華門一帶與日軍激戰，當日軍攻破城牆竄入城中之後。教導總隊為避免全軍覆沒，所轄各部開始向挹江門外突圍。當時鈕先銘是工兵營營長，全軍潰退後他也跟随部隊突圍。
當時南京城内已經一片混亂，将不知兵、兵不知将，大量潰兵夾雜着無數難民往江邊湧去。但此時江邊大部分船隻已經被下令燒毀，到了江邊也難尋到一艘船隻渡河。無數難民和潰兵沿着江邊亂竄，其狀相當凄慘。鈕先銘起初扒上了一艘竹筏，但由于後面的人争先恐後往竹筏上沖，最後導緻竹筏翻倒，鈕先銘被擠落在江中，迫不得已又再度遊回江岸。
渡江已經無望，鈕先銘隻得沿江而下，他一直走到了上元門附近。在上元門，鈕先銘發現沿江的民居已經全部被燒毀，隻有一所小廟名為永清寺留存。永清寺占地面積約為6畝，廟宇有三小間。鈕先銘無處可去，隻得投奔到了那裡。鈕先銘為寺僧所收留，廟中和尚是三僧兩俗，兩位和尚年紀在70歲左右，一位和尚是30歲左右的徒弟，兩俗中一位是70歲左右的施主，一位是70多歲的老農。
12月13日下午三點鐘，日本兵追到了上元門，鬼子沿江殺死了不少國軍，又有幾個日本兵竄到廟外，見人就殺。在寺廟的六畝石榴園中，就留下了46具國軍士兵的屍體。當時鈕先銘為躲避日軍搜捕，将頭發剃掉換上僧衣當了和尚，他與衆僧人藏在柴房之中，躲避日軍追捕。
鬼子兵舉起三八刺刀進入柴房，看到鈕先銘等人後，日本兵并未開槍，而是要了兩擔幹柴，并指定要鈕先銘和老農送去，鈕先銘和老農挑着柴跟着鬼子兵進了城。在城裡，鈕先銘看到有兩三萬被俘的中國士兵，他們兩手抱着頭部，擠坐在高低不平的地上。有少數中國炊事兵正在燒火做飯，似乎是想供給被俘者一頓飽飯，是以才需要相當數量的柴火。鈕先銘和老農放下柴火後，并未遭到日軍為難，黃昏時分他們傳回了破寺之中。
兩天後，日軍又進行了數十次搜查，在寺廟外又搜出并殺死了幾個躲藏的軍民。躲藏在破廟中的鈕先銘等人勉強度過了第一道難關，他們躺在柴房的稻草上，等待着漫長的黑夜過去。第三天傍晚時分，寺廟竄來了幾十個日本兵，日本兵沒有進入廟内，而是将石榴園裡的樹枝全部砍走，鈕先銘等人躲在柴房中，絲毫弄不懂鬼子的真實意圖是什麼。
不久後的每天夜裡，距離破廟50公尺遠的馬路上經常會聽到鬼子行軍的腳步聲，日軍腳底帶有鐵釘的皮鞋踩在路面上，發出清脆的聲響。大約一個小時後，遠處傳來了一陣陣機關槍的聲響，機槍聲響很密，像是一陣又一陣地狂掃。鈕先銘和和尚們躲在寺廟中百思不得其解，按理說戰鬥已經停止不可能會發生激烈戰鬥，日軍到底在幹啥？還有前幾天砍去那些石榴樹他們拿去幹嘛？鈕先銘等人搞不清楚，又不敢出門去看，就這樣胡亂猜測了一夜。
第四天至以後的數天時間裡，三三兩兩路過的日本兵時不時到廟裡搜查，在搜查中日軍搶走了老和尚躲藏的108塊銀元和幾件可以禦寒的毛衣、毛背心。經過一段時間的觀察，鈕先銘等人才發現在距離寺廟上遊一公裡多的地方，有一塊地名叫做大灣子，是長江河流的彎曲部分，靠水的一小片沙灘上，竟躺着無數的死屍，一半泡在江水裡。
老和尚的徒弟法名叫二空，他大膽地跑去看過幾次，這才發現了真相。原來前次半夜裡的人潮聲和連續不斷的機槍聲音，是鬼子将俘虜來的中國士兵集體屠殺在大灣子裡了。這時，鈕先銘等人才明白過來。鬼子之是以砍掉石榴樹，原來是拿來當作大叉子，将一批又一批的被屠殺者屍體推到江水裡去，以便順流而下沖走。日軍的想法是将屍體流入長江借此毀屍滅迹，但奈何此時是冬季，彎曲部分的長江水流不暢，而且屍體過多，不可能被盡數沖走，是以有大量屍體就這樣堆放在沙灘之上。
天氣漸漸暖和後，沙灘上那一大片屍體漸漸腐爛，一股濃烈的屍臭味随風吹到小廟之中。幾天過後，突然來了一批中國人和幾個日本軍官，其中還有一位随軍的日本僧侶。日本僧侶手持法器，連敲帶唱地念着經咒，來到廟裡硬要鈕先銘和二空和尚跟着他一起去處理那些屍體。堆在沙灘上的屍體，由于江水的潮汐沖流屍體，使得半濕半幹浸泡在淺水之中，由于天氣漸漸變暖而腐爛，露在軍服外面的手腳和面部都爛成了半骷髅形。
鈕先銘等人見到屍體堆後，渾身發麻發癢，簡直是心驚肉跳，慘不忍睹。不一會兒，來了不少鄉野的老百姓。這些老百姓顯然是日軍征召來的，數千老百姓整整清理了一個下午，才将沙灘上的屍體全部清理完畢。後來經過了解，那天清理的屍體總共有兩萬多具，其中有不少是教導總隊、粵軍66軍和83軍、第71軍和74軍等部被俘的士兵，這還不包括被水裡沖走的那些在内。