成化十一年（1475年）五月的某一天，憲宗讓張敏給自己梳頭；時年已經二十九歲的憲宗因為兩個兒子都已早夭，自己多少年都沒能誕育皇子、恐怕有絕嗣的危險，又看到梳頭時鏡子裡面的自己有了很多白頭發，是以心情憂傷、長籲短歎起來：“老以至矣，仍無子！”正在給皇帝梳頭的張敏見皇帝感懷惆怅，想到安樂堂的小孩子，心神激蕩之下，毅然決定将保守了六年的秘密和盤托出。
于是，張敏突然向憲宗跪下，流淚叩頭說：“陛下已有子！”猛然聽見這話後，憲宗錯愕不已，要張敏詳細奏明。張敏就把當年的舊事重提，從那個藏書閣中的宮女紀氏說起，将紀氏受孕、萬貴妃逼害、安樂堂偷偷生子、嬰兒被諸人所藏匿撫育等事全部原原本本地告訴了憲宗！
聽完張敏所說的“驚天喜訊”後，憲宗内心既震撼驚訝，又欣喜萬分，沒想到自己居然還有兒子在世。于是，憲宗頭也不梳了，立即讓張敏帶路，前往西内的安樂堂中，要去見自己那個從來沒有見過面的兒子。
皇帝要來安樂堂的消息，很快就傳到了紀氏的耳中，于是，紀氏給兒子穿好了衣服，笑中有淚地和他說：“等下會有很多人來，其中那個穿黃衣服大胡子的男子，就是你的父親，你要跟着他走。”然後不舍地拉着還不怎麼懂事的兒子的小手，凄切地說：“兒子去吧、兒子去吧，我不能再活了。”
當憲宗急不可耐地來到安樂堂時，一眼就看見了大門外的紀氏，和他手中牽着的小孩兒。看着因不敢外出、曬不到多少太陽而緻使面色蒼白，同時因為飲食起居艱苦而營養不良、身體羸弱的小人兒在母親的示意下，拖着長長的胎發、穿着拼湊縫補而成的百家衣，向自己跌跌撞撞地跑過來時，即使貴為大明天子、手握天下權柄的皇帝，憲宗也抑制不住内心激動、悲喜交加的心情，俯身抱起了小孩兒，放在膝蓋上仔細端詳，然後淚眼婆娑地大聲說：“像我，像我，就是我兒子！”見到這個場景的侍衛宮女内官等人也無不感得落淚。
之後，憲宗親自将誕生六年後才得以公開身份的皇三子接回了宮，并向内閣輔臣及朝廷們大臣公布了這個天大的好消息，并給三子起名為朱祐樘。為皇室立下大功的紀氏則移居到永壽宮居住，此後憲宗又多次并召見寵幸她。
而另一邊，得知自己被瞞了六年的萬貴妃在紀氏和皇三子入宮後氣急敗壞、怒火萬丈，和憲宗糾纏哭鬧不休，還恨恨地說“是小人們欺瞞我！”憲宗雖然依舊極度寵愛萬貴妃，但畢竟有了兒子，大明後繼有人，這兩件事孰輕孰重還是分得清的，于是對萬貴妃的糾纏雖無可奈何、但并沒有如同廢黜吳皇後一樣遂萬貴妃的心願，隻随她去鬧，至多好言寬慰而已。
就在皇三子公開入宮後的當年六月，紀氏在永壽宮的去世，死因不明，傳言是萬貴妃下的毒手。而那個冒死向憲宗公開了皇子秘密的門監張敏，在得知紀氏去世之後，唯恐萬貴妃會挾私報複，于是主動吞金自盡，以化解宮中的恩怨，并保護年幼的皇三子不受牽連。
成化十一年（1475年）十一月，憲宗釋出谕旨、诏告天下，正式冊立皇三子朱佑樘為皇太子。
為什麼有關憲宗第三子出生的傳聞，會有這兩個截然不同的結果、甚至到了現在，絕大部分民間紀傳、文人筆記、文學作品，乃至官修史書都以第二種情況、即“萬貴妃迫害紀氏母子、皇三子隐瞞身份偷藏六年、門監冒死奏明憲宗實情、憲宗認子、紀氏被暗害、張敏吞金”這一系列過程為“正史”，而罔顧《明實錄》中那麼多的真實佐證、證明根本不是這麼一回事呢？綜合起來，，有這麼幾個原因————
首先，最早開始指責萬貴妃、不利于她名聲的，恰恰出自明代自己所修的《明實錄》。成化二十三年（1487年），憲宗駕崩，皇太子登基，即明孝宗。
明代實錄，都是後朝修前朝，即嗣皇帝登基後，給駕崩的父皇修個人言行起居錄(即實錄）；但孝宗出生後被憲宗刻意隐瞞，放在宮外撫養，六年的時間内都沒能公開身份，生母紀氏更加受到冷落、相當于被父親抛棄在外；是以孝宗内心對父親憲宗多少還是有些怨氣。
等憲宗駕崩後，孝宗給父親修實錄，囿于儒家君臣父子禮法，不好直接數落父親的不是，隻得借着修憲宗實錄的機會，罵一罵被父親寵幸了一輩子的皇貴妃萬氏，一是給母親報不平，二是曲筆埋怨一下父親憲宗。
不過，即使《憲宗實錄》内首開對萬皇貴妃的指責、頗有微言，但不過都是諸如“專寵”、“窮極僭儗”、“父兄弟侄皆以蔭顧幸進”、“寵幸佞宦戕害良善”等罪名，雖然這些事萬氏應該都做過，也不算誣陷她，但歸根到底，都不是什麼原則性問題。明代的寵妃不少，像萬貴妃一樣性格霸道、恃寵而驕的大有人在，遠的不說，憲宗自己的生母周太後就是這樣的人。
另外，有關門監張敏協助紀氏藏匿嬰兒，并協助撫育之事，也是《明史》所載，但按照《明史、後妃傳》中的記載，成化六年（1470年）七月皇三子出生後，萬貴妃要張敏去安樂堂溺死嬰兒，張敏驚詫地說：“皇上還沒有兒子，怎麼能殺害皇子呢！”于是冒死将皇三子藏到隐蔽的地方，還送米粉、蜂蜜等物給紀氏，以喂養皇子。
這件感天動地的事情，也是後世編造的——真實曆史上，成化六年（1470年）朱祐樘出生的時候，憲宗的次子朱祐極還活得好好的，并且在這一年十一月被立為皇太子（即使他第二年正月就夭折了，但那也表明最少在成化六年，憲宗還是有兒子在世的）；這麼明顯的事情，作為宮中宦官的張敏怎麼會不知道、還說出了“皇上沒有兒子”這樣的瞎話呢？可見，這都是後世編寫史書的人，按照自己的揣度，想當然地寫下來，并以此把“惡人”的名号安在萬貴妃的頭上而已（雖然萬貴妃也不是什麼賢惠之人。）
是以，萬皇貴妃雖然屬實有過，而且還确實憑借憲宗的寵愛而驕橫跋扈，多有不合法度之事，但至少，在明代實錄中，她還沒有被定義為嫉妒專橫、謀害皇嗣的十惡不赦之人。
直到二百多年後，明朝已經滅亡，清朝入主中原。此後，清朝開始給明朝修史書，即《明史》（後來的朝代給前朝修史，是中華曆代王朝的傳統）。康熙十八年（1679年），博學鴻儒科進士、翰林院檢讨、國史館纂修毛奇齡奉命參與修撰《明史》。
毛奇齡之前已經以私人筆記的方式寫了一本《勝朝彤史拾遺記》傳記野史，其中也有成化年間，萬皇貴妃專寵、幼年時的孝宗母子遭遇坎坷這一段記錄。但毛奇齡在著寫《遺記》時，給萬貴妃加上了“皇貴妃善妒，凡掖廷嫔妃都人禦幸有身者，必迫其飲藥、緻使傷墜無數”、“孝穆太後之崩，實皇貴妃陰為之”這兩條罪名，就連孝宗，也被安上了“生之數年、頂寸許無發，或曰皇貴妃趣孝穆太後藥所中也”的悲慘遭遇。
而在奉命修撰《明史》之時，在涉及到憲宗、孝宗、萬皇貴妃、孝穆紀太後等人的傳記時，毛奇齡便将自己的之前所著的《勝朝彤史拾遺記》中的内容，不管真假、全部抄錄了進去，以至于《明史》正式成書後（《明史》經過一百多年的編纂，最後在乾隆年間才全部完成，付諸刊印發表），有關這一段曆史，就成了上面我們所說的“萬貴妃迫害紀氏母子、紀氏被暗害”的模樣。
而萬皇貴妃被莫名其妙安上的這兩條罪名，以及孝宗幼年時“因藥緻使頭頂無發”的情況，在之前的《明實錄》中，那是絲毫不見記載的。可見，這都是毛奇齡自己私自加進自己所寫的野史、并借着編寫《明史》的機會堂而皇之地寫進正統史書中的，完全屬于“臆想、揣摩”。但即使是這樣，他也不是第一個對萬貴妃的名聲下手的人，在他之前，還有人這樣寫過。
萬曆（1573-1620年）中期的時候，曾任禮部尚書的于慎行一度緻仕在家（山東東阿），因為他之前任翰林院庶吉士時參與編寫過《穆宗實錄》、之後又升任禮部尚書，得以查閱了大量的宮中史料、典章記錄，後來，于慎行緻仕返鄉時，根據自己當年的史料查察和仕宦閱曆，經過旁搜博采、屬詞比事，最終寫出了大量的私人筆記，其中尤以《谷山筆麈》記載最為詳細，将萬曆朝之前的朝野典章、宮廷人物、财賦禮樂等事考溯得精确纖悉、巨細皆備。
也就在《谷山筆麈》中，于慎行詳細描寫了憲宗在位時期，有關萬皇貴妃專寵、紀太後和孝宗母子命運多舛等事，并率先給萬皇貴妃安上了“善妒，迫宮人飲藥緻傷墜”和“陰謀毒殺紀太後”這兩件事。不過他也知道自己這麼寫可能不道地，為了消除自己“污蔑诽謗”萬皇貴妃的負面影響，于慎行在寫完萬皇貴妃這一篇後，又在最後自作聰明地加了一句——“此為萬曆十二年（1584年），一老中官（即太監）為餘道言如此”。就是說，這件事是萬曆十二年的時候，一個老太監在路邊上告訴我的，不是我亂寫的，不幹我事啊。
對于于慎行這種敢寫不敢認的行為，當時就有人頗不以為然，即使于慎行後來被重新啟用、傳回京師擔任太子少保兼東閣大學士，入閣為輔臣後，還是有人對他以“道聽途說”為依據、私下瞎寫文章的不嚴謹行為持反對意見。比于慎行稍晚一些的萬曆晚期舉人、國子監監生沈德符在看了于慎行的《谷山筆麈》中有關萬皇貴妃、孝宗母子恩怨的記載後，覺得很是荒謬，再加上于慎行最後那一句畫蛇添足，更加讓人感到可笑。
于是，沈德符在自己的著作《萬曆野獲編》中，毫不客氣地對于慎行加以嘲諷挖苦：“于文定公（于慎行谥号文定）自謂成化舊事說，得于今上初年之一老中官；豈不知此等宦寺，慣于傳官訛舛，更甚于齊東焉！子每聞此輩談及朝家故事，既十無一實者，實是最可笑矣。”
沈德符對這件事的态度是：枉你于老頭兒還是内閣大學士、朝廷重臣，怎麼這麼嚴肅、隐秘的一件宮内舊事，居然是一個老太監在道路旁告訴你的，這不是胡扯搞笑麼！太監說話我又不是沒聽過，十有八九都是假話、大話，這你也能信，真實太可笑了（狸貓換太子的故事，也是從你這兒學的吧）。
不過沈德符不信，不代表其他人不信，而且當時正逢神宗在位，朝廷上為了“國本之事”鬧得不可開交，皇帝和臣子們因為立太子之事幾乎天天在吵架。正好神宗想立的皇三子朱常洵之母鄭貴妃為人行事、脾氣風格又和她的前輩、萬皇貴妃有九成像，而于慎行又是禮部尚書、内閣大學士，文臣中的頂級成員。是以，文臣們不管于閣老寫的到底是真是假，反正借着罵萬皇貴妃的由頭，指桑罵槐、給神宗和鄭貴妃好好的上一上眼藥，這不是咱們做臣子的所喜聞樂見的嘛！
是以，《谷山筆麈》中所記載的萬皇貴妃當年的舊事，就這麼在文臣們心照不宣地預設下，逐漸從萬曆年間流傳開來，而原本隻是有些恃寵、專橫、行事霸道的萬皇貴妃，在後世文人們的别有用心、推波助瀾之下，變成了“把持後宮、戕害皇嗣、意欲謀害太子”的禍害、十惡不赦的壞蛋了（其實這都是指桑罵槐，針對鄭貴妃來的，萬皇貴妃卻結結實實地躺槍了）。
而于慎行的“老太監偷偷告訴他”這樣無厘頭的理由，被大家選擇性無視，真的自然是真的，假的那也是真的。後來毛奇齡在撰寫《勝朝彤史拾遺記》時，又把這一段全部繼承，寫入了書中。
明朝滅亡後，毛奇齡以國史館纂修的身份參與編纂《明史》時，堂而皇之地把自己的私人野史寫入了國家正史中，這才有了現在我們所熟知的“萬貴妃迫害紀氏母子，憲宗、孝宗父子六年始得相認”這麼極具戲劇性的“史料”。
對于以上這段廣為人知的曆史、以及它背後真實的史實，不得不說，如今世間，于慎行、毛奇齡如過江之鲫，而沈德符，則太少太少了。