成化十一年（1475年）五月的某一天，宪宗让张敏给自己梳头；时年已经二十九岁的宪宗因为两个儿子都已早夭，自己多少年都没能诞育皇子、恐怕有绝嗣的危险，又看到梳头时镜子里面的自己有了很多白头发，因此心情忧伤、长吁短叹起来：“老以至矣，仍无子！”正在给皇帝梳头的张敏见皇帝感怀惆怅，想到安乐堂的小孩子，心神激荡之下，毅然决定将保守了六年的秘密和盘托出。
于是，张敏突然向宪宗跪下，流泪叩头说：“陛下已有子！”猛然听见这话后，宪宗错愕不已，要张敏详细奏明。张敏就把当年的旧事重提，从那个藏书阁中的宫女纪氏说起，将纪氏受孕、万贵妃逼害、安乐堂偷偷生子、婴儿被诸人所藏匿抚育等事全部原原本本地告诉了宪宗！
听完张敏所说的“惊天喜讯”后，宪宗内心既震撼惊讶，又欣喜万分，没想到自己居然还有儿子在世。于是，宪宗头也不梳了，立即让张敏带路，前往西内的安乐堂中，要去见自己那个从来没有见过面的儿子。
皇帝要来安乐堂的消息，很快就传到了纪氏的耳中，于是，纪氏给儿子穿好了衣服，笑中有泪地和他说：“等下会有很多人来，其中那个穿黄衣服大胡子的男子，就是你的父亲，你要跟着他走。”然后不舍地拉着还不怎么懂事的儿子的小手，凄切地说：“儿子去吧、儿子去吧，我不能再活了。”
当宪宗急不可耐地来到安乐堂时，一眼就看见了大门外的纪氏，和他手中牵着的小孩儿。看着因不敢外出、晒不到多少太阳而致使面色苍白，同时因为饮食起居艰苦而营养不良、身体羸弱的小人儿在母亲的示意下，拖着长长的胎发、穿着拼凑缝补而成的百家衣，向自己跌跌撞撞地跑过来时，即使贵为大明天子、手握天下权柄的皇帝，宪宗也抑制不住内心激动、悲喜交加的心情，俯身抱起了小孩儿，放在膝盖上仔细端详，然后泪眼婆娑地大声说：“像我，像我，就是我儿子！”见到这个场景的侍卫宫女内官等人也无不感得落泪。
之后，宪宗亲自将诞生六年后才得以公开身份的皇三子接回了宫，并向内阁辅臣及朝廷们大臣公布了这个天大的好消息，并给三子起名为朱祐樘。为皇室立下大功的纪氏则移居到永寿宫居住，此后宪宗又多次并召见宠幸她。
而另一边，得知自己被瞒了六年的万贵妃在纪氏和皇三子入宫后气急败坏、怒火万丈，和宪宗纠缠哭闹不休，还恨恨地说“是小人们欺瞒我！”宪宗虽然依旧极度宠爱万贵妃，但毕竟有了儿子，大明后继有人，这两件事孰轻孰重还是分得清的，于是对万贵妃的纠缠虽无可奈何、但并没有如同废黜吴皇后一样遂万贵妃的心愿，只随她去闹，至多好言宽慰而已。
就在皇三子公开入宫后的当年六月，纪氏在永寿宫的去世，死因不明，传言是万贵妃下的毒手。而那个冒死向宪宗公开了皇子秘密的门监张敏，在得知纪氏去世之后，唯恐万贵妃会挟私报复，于是主动吞金自尽，以化解宫中的恩怨，并保护年幼的皇三子不受牵连。
成化十一年（1475年）十一月，宪宗发布谕旨、诏告天下，正式册立皇三子朱佑樘为皇太子。
为什么有关宪宗第三子出生的传闻，会有这两个截然不同的结果、甚至到了现在，绝大部分民间纪传、文人笔记、文学作品，乃至官修史书都以第二种情况、即“万贵妃迫害纪氏母子、皇三子隐瞒身份偷藏六年、门监冒死奏明宪宗实情、宪宗认子、纪氏被暗害、张敏吞金”这一系列过程为“正史”，而罔顾《明实录》中那么多的真实佐证、证明根本不是这么一回事呢？综合起来，，有这么几个原因————
首先，最早开始指责万贵妃、不利于她名声的，恰恰出自明代自己所修的《明实录》。成化二十三年（1487年），宪宗驾崩，皇太子登基，即明孝宗。
明代实录，都是后朝修前朝，即嗣皇帝登基后，给驾崩的父皇修个人言行起居录(即实录）；但孝宗出生后被宪宗刻意隐瞒，放在宫外抚养，六年的时间内都没能公开身份，生母纪氏更加受到冷落、相当于被父亲抛弃在外；所以孝宗内心对父亲宪宗多少还是有些怨气。
等宪宗驾崩后，孝宗给父亲修实录，囿于儒家君臣父子礼法，不好直接数落父亲的不是，只得借着修宪宗实录的机会，骂一骂被父亲宠幸了一辈子的皇贵妃万氏，一是给母亲报不平，二是曲笔埋怨一下父亲宪宗。
不过，即使《宪宗实录》内首开对万皇贵妃的指责、颇有微言，但不过都是诸如“专宠”、“穷极僭儗”、“父兄弟侄皆以荫顾幸进”、“宠幸佞宦戕害良善”等罪名，虽然这些事万氏应该都做过，也不算诬陷她，但归根到底，都不是什么原则性问题。明代的宠妃不少，像万贵妃一样性格霸道、恃宠而骄的大有人在，远的不说，宪宗自己的生母周太后就是这样的人。
另外，有关门监张敏协助纪氏藏匿婴儿，并协助抚育之事，也是《明史》所载，但按照《明史、后妃传》中的记载，成化六年（1470年）七月皇三子出生后，万贵妃要张敏去安乐堂溺死婴儿，张敏惊诧地说：“皇上还没有儿子，怎么能杀害皇子呢！”于是冒死将皇三子藏到隐蔽的地方，还送米粉、蜂蜜等物给纪氏，以喂养皇子。
这件感天动地的事情，也是后世编造的——真实历史上，成化六年（1470年）朱祐樘出生的时候，宪宗的次子朱祐极还活得好好的，并且在这一年十一月被立为皇太子（即使他第二年正月就夭折了，但那也表明最少在成化六年，宪宗还是有儿子在世的）；这么明显的事情，作为宫中宦官的张敏怎么会不知道、还说出了“皇上没有儿子”这样的瞎话呢？可见，这都是后世编写史书的人，按照自己的揣度，想当然地写下来，并以此把“恶人”的名号安在万贵妃的头上而已（虽然万贵妃也不是什么贤惠之人。）
因此，万皇贵妃虽然属实有过，而且还确实凭借宪宗的宠爱而骄横跋扈，多有不合法度之事，但至少，在明代实录中，她还没有被定义为嫉妒专横、谋害皇嗣的十恶不赦之人。
直到二百多年后，明朝已经灭亡，清朝入主中原。此后，清朝开始给明朝修史书，即《明史》（后来的朝代给前朝修史，是中华历代王朝的传统）。康熙十八年（1679年），博学鸿儒科进士、翰林院检讨、国史馆纂修毛奇龄奉命参与修撰《明史》。
毛奇龄之前已经以私人笔记的方式写了一本《胜朝彤史拾遗记》传记野史，其中也有成化年间，万皇贵妃专宠、幼年时的孝宗母子遭遇坎坷这一段记录。但毛奇龄在著写《遗记》时，给万贵妃加上了“皇贵妃善妒，凡掖廷嫔妃都人御幸有身者，必迫其饮药、致使伤坠无数”、“孝穆太后之崩，实皇贵妃阴为之”这两条罪名，就连孝宗，也被安上了“生之数年、顶寸许无发，或曰皇贵妃趣孝穆太后药所中也”的悲惨遭遇。
而在奉命修撰《明史》之时，在涉及到宪宗、孝宗、万皇贵妃、孝穆纪太后等人的传记时，毛奇龄便将自己的之前所著的《胜朝彤史拾遗记》中的内容，不管真假、全部抄录了进去，以至于《明史》正式成书后（《明史》经过一百多年的编纂，最后在乾隆年间才全部完成，付诸刊印发表），有关这一段历史，就成了上面我们所说的“万贵妃迫害纪氏母子、纪氏被暗害”的模样。
而万皇贵妃被莫名其妙安上的这两条罪名，以及孝宗幼年时“因药致使头顶无发”的情况，在之前的《明实录》中，那是丝毫不见记载的。可见，这都是毛奇龄自己私自加进自己所写的野史、并借着编写《明史》的机会堂而皇之地写进正统史书中的，完全属于“臆想、揣摩”。但即使是这样，他也不是第一个对万贵妃的名声下手的人，在他之前，还有人这样写过。
万历（1573-1620年）中期的时候，曾任礼部尚书的于慎行一度致仕在家（山东东阿），因为他之前任翰林院庶吉士时参与编写过《穆宗实录》、之后又升任礼部尚书，得以查阅了大量的宫中史料、典章记录，后来，于慎行致仕返乡时，根据自己当年的史料查察和仕宦阅历，经过旁搜博采、属词比事，最终写出了大量的私人笔记，其中尤以《谷山笔麈》记载最为详细，将万历朝之前的朝野典章、宫廷人物、财赋礼乐等事考溯得精确纤悉、巨细皆备。
也就在《谷山笔麈》中，于慎行详细描写了宪宗在位时期，有关万皇贵妃专宠、纪太后和孝宗母子命运多舛等事，并率先给万皇贵妃安上了“善妒，迫宫人饮药致伤坠”和“阴谋毒杀纪太后”这两件事。不过他也知道自己这么写可能不地道，为了消除自己“污蔑诽谤”万皇贵妃的负面影响，于慎行在写完万皇贵妃这一篇后，又在最后自作聪明地加了一句——“此为万历十二年（1584年），一老中官（即太监）为余道言如此”。就是说，这件事是万历十二年的时候，一个老太监在路边上告诉我的，不是我乱写的，不干我事啊。
对于于慎行这种敢写不敢认的行为，当时就有人颇不以为然，即使于慎行后来被重新启用、返回京师担任太子少保兼东阁大学士，入阁为辅臣后，还是有人对他以“道听途说”为依据、私下瞎写文章的不严谨行为持反对意见。比于慎行稍晚一些的万历晚期举人、国子监监生沈德符在看了于慎行的《谷山笔麈》中有关万皇贵妃、孝宗母子恩怨的记载后，觉得很是荒谬，再加上于慎行最后那一句画蛇添足，更加让人感到可笑。
于是，沈德符在自己的著作《万历野获编》中，毫不客气地对于慎行加以嘲讽挖苦：“于文定公（于慎行谥号文定）自谓成化旧事说，得于今上初年之一老中官；岂不知此等宦寺，惯于传官讹舛，更甚于齐东焉！子每闻此辈谈及朝家故事，既十无一实者，实是最可笑矣。”
沈德符对这件事的态度是：枉你于老头儿还是内阁大学士、朝廷重臣，怎么这么严肃、隐秘的一件宫内旧事，居然是一个老太监在道路旁告诉你的，这不是胡扯搞笑么！太监说话我又不是没听过，十有八九都是假话、大话，这你也能信，真实太可笑了（狸猫换太子的故事，也是从你这儿学的吧）。
不过沈德符不信，不代表其他人不信，而且当时正逢神宗在位，朝廷上为了“国本之事”闹得不可开交，皇帝和臣子们因为立太子之事几乎天天在吵架。正好神宗想立的皇三子朱常洵之母郑贵妃为人行事、脾气风格又和她的前辈、万皇贵妃有九成像，而于慎行又是礼部尚书、内阁大学士，文臣中的顶级成员。因此，文臣们不管于阁老写的到底是真是假，反正借着骂万皇贵妃的由头，指桑骂槐、给神宗和郑贵妃好好的上一上眼药，这不是咱们做臣子的所喜闻乐见的嘛！
因此，《谷山笔麈》中所记载的万皇贵妃当年的旧事，就这么在文臣们心照不宣地默认下，逐渐从万历年间流传开来，而原本只是有些恃宠、专横、行事霸道的万皇贵妃，在后世文人们的别有用心、推波助澜之下，变成了“把持后宫、戕害皇嗣、意欲谋害太子”的祸害、十恶不赦的坏蛋了（其实这都是指桑骂槐，针对郑贵妃来的，万皇贵妃却结结实实地躺枪了）。
而于慎行的“老太监偷偷告诉他”这样无厘头的理由，被大家选择性无视，真的自然是真的，假的那也是真的。后来毛奇龄在撰写《胜朝彤史拾遗记》时，又把这一段全部继承，写入了书中。
明朝灭亡后，毛奇龄以国史馆纂修的身份参与编纂《明史》时，堂而皇之地把自己的私人野史写入了国家正史中，这才有了现在我们所熟知的“万贵妃迫害纪氏母子，宪宗、孝宗父子六年始得相认”这么极具戏剧性的“史料”。
对于以上这段广为人知的历史、以及它背后真实的史实，不得不说，如今世间，于慎行、毛奇龄如过江之鲫，而沈德符，则太少太少了。