再說黃道周那邊，左等右等都等不到朝廷的援助，便不再等了，咬牙率師出閩，邊行軍邊籌糧，曆盡艱辛，終于進抵江西廣信府。
黃道周原是一介儒生，雖說也研讀過一些兵書，并為《廣百将傳》作了注斷，但不過紙上談兵。他所應募來的兵将，也多是他的學生及崇拜者，隻能揮筆寫詩，提槍騎馬實非所長。是以，鄭芝龍說他們是烏合之衆，倒也名副其實。
偏裨施琅十七歲從軍，在軍隊中摸爬滾打多年，頗有将才，因得罪了鄭芝龍，為脫離鄭氏勢力的掌控，随同黃道周出征。現在，看到這種情形，已知事不可為。他向黃道周建議，與其帶領這樣一支兵不兵、民不民的隊伍去送死，不如就地解散，隻留下少數幹練敢戰之輩抄小路進入贛州，單以首席大學士督師的名義就可以節制和調遣南贛、湖廣、廣東、廣西等地總督、巡撫、總兵的兵力了，那時，會師與清軍作戰，赢面豈不更大？
黃道周連連搖頭，遣散了隊伍，老夫不過一個光标司令，就算到了贛州，也會被南贛、湖廣衆官看輕，哪有威信可言？别看這支軍隊隻有三四千人，卻也能撐得起“督兵出閩”的場面。再者說了，這三四千人可是老夫一路費盡多少唇舌才湊拼起來的啊，怎麼可以說散就散呢？
施琅見計不能用，就做了逃兵，偷偷離開了部隊，自尋生路去也。
徽州城破當日，黃道周已經進入了徽州府境，其實與徽州城隻隔一座山。
不過，黃道周一軍沒有當地向導，不認路，在山裡胡鑽亂走，竟越走越遠。以至于徽州城陷落後了七天，也就是十月初一日，黃道周才得知金聲已經被俘。
與金聲會師的計劃已經泡湯，接下來，該怎麼辦？
為了不被清軍一鍋端，黃道周做出了分兵之舉。
他将隊伍一分為三，其一出撫州，其一出婺源，另一出休甯，作三軍遙相呼應态勢，以轉入江西。
但這一分兵，每支軍隊的兵力單薄可憐，不堪一擊。
十一月，三支隊伍都遭到了清軍的追殺，相繼潰亡。
黃道周隻好收集殘兵退守廣信，大感“孤軍莫救，危疆難支”（ 黃道周：《漳浦黃忠端公全集》卷6，《孤軍莫救危疆難支疏》），隻好再一次上疏乞援。
鄭芝龍當然不可能發兵援救。
救援無望，黃道周便死牛當作活馬醫，把救援的希望放在清江西提督金聲桓的身上——金聲桓原先是左良玉的部将，黃道周寫信給他，要他反清歸明。
不用說，這件事成功的可能性更小，金聲桓現在做清朝的江西提督做得正過瘾，哪能輕易就被你黃老爺子這三言兩語所策反？而且，好馬不吃回頭草，當初他既已由明降清，又怎麼會突然反清歸明？
黃道周的策反信隻能是泥牛沉海。
罷罷罷！十二月初四日，黃道周铤而走險，師出廣信，拟從徽州婺源（今屬江西省）轉入江西。然而，才到童家坊，忽接到報告，婺源駐紮有大量清軍。
由此，随行多人請求黃道周回守廣信城。
這時，黃道周所部僅餘不過三百人、馬十匹、糧三日，（徐鼒《小腆紀傳》卷23，《黃道周》）退守或許還有一線生機，如果與清軍硬拼，必敗無疑。
思前想後，黃道周覺得與其這樣退避求生，還不如壯烈一死。
十二月十二日，黃道周破釜沉舟，鼓而北進。
十二月二十四日，進抵婺源，駐兵于距婺源城十裡處的明堂裡。
聽說有明軍來犯，十二月二十五日，清徽甯池太提督張天祿率領甯國總兵胡茂祯、池州總兵于永绶、徽州總兵李仲興、蕪采總兵蔔從善分三路襲至明堂裡。
沒費多大功夫，黃道周部全軍被殲，其本人和從福州同行的門人文官兵部主事趙士超、通判毛志潔、中書蔡雍、賴繼謹，及武官遊擊朱家弟等被俘。
張天祿在婺源設宴勸降，黃道周将酒席踢飛，痛罵張天祿不已。
和金聲一樣，黃道周被押往南京處決。
臨行，他詩四章，以詩明志，詩雲：“諸子收吾骨，青天知我心。為誰分闆蕩，不忍共浮沉。”（《台灣外記》）
順治三年（1646）二月初二日，押抵南京。
洪承疇又派人來向黃道周勸降，說：“先生毋自苦，我可以保先生不死。”
黃道周冷笑道：“承疇久死矣，松山之敗，先帝痛其死，親自哭祭，焉得尚存？此無籍小人冒名耳！”（溫睿臨《南疆逸史》卷八）。
洪承疇勸降不成，吩咐将黃道周處斬。
三月初五日，黃道周被押經明紫禁城西華門(紫禁城西偏北門，位置在今後宰門街南、解放路東)，止步不走，昂然對劊子手說：“此與高皇帝陵寝近，可死矣。”（林登虎：康熙《漳浦縣志》卷之15，《人物志》上《缙紳》，《黃道周》）
這樣，黃道周和門人賴繼謹等悉數被斬于紫禁城西華門。
隆武聞訊，大恸，追贈文明伯，谥忠烈。
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