再说黄道周那边，左等右等都等不到朝廷的援助，便不再等了，咬牙率师出闽，边行军边筹粮，历尽艰辛，终于进抵江西广信府。
黄道周原是一介儒生，虽说也研读过一些兵书，并为《广百将传》作了注断，但不过纸上谈兵。他所应募来的兵将，也多是他的学生及崇拜者，只能挥笔写诗，提枪骑马实非所长。所以，郑芝龙说他们是乌合之众，倒也名副其实。
偏裨施琅十七岁从军，在军队中摸爬滚打多年，颇有将才，因得罪了郑芝龙，为脱离郑氏势力的掌控，随同黄道周出征。现在，看到这种情形，已知事不可为。他向黄道周建议，与其带领这样一支兵不兵、民不民的队伍去送死，不如就地解散，只留下少数干练敢战之辈抄小路进入赣州，单以首席大学士督师的名义就可以节制和调遣南赣、湖广、广东、广西等地总督、巡抚、总兵的兵力了，那时，会师与清军作战，赢面岂不更大？
黄道周连连摇头，遣散了队伍，老夫不过一个光标司令，就算到了赣州，也会被南赣、湖广众官看轻，哪有威信可言？别看这支军队只有三四千人，却也能撑得起“督兵出闽”的场面。再者说了，这三四千人可是老夫一路费尽多少唇舌才凑拼起来的啊，怎么可以说散就散呢？
施琅见计不能用，就做了逃兵，偷偷离开了部队，自寻生路去也。
徽州城破当日，黄道周已经进入了徽州府境，其实与徽州城只隔一座山。
不过，黄道周一军没有当地向导，不认路，在山里胡钻乱走，竟越走越远。以至于徽州城陷落后了七天，也就是十月初一日，黄道周才得知金声已经被俘。
与金声会师的计划已经泡汤，接下来，该怎么办？
为了不被清军一锅端，黄道周做出了分兵之举。
他将队伍一分为三，其一出抚州，其一出婺源，另一出休宁，作三军遥相呼应态势，以转入江西。
但这一分兵，每支军队的兵力单薄可怜，不堪一击。
十一月，三支队伍都遭到了清军的追杀，相继溃亡。
黄道周只好收集残兵退守广信，大感“孤军莫救，危疆难支”（ 黄道周：《漳浦黄忠端公全集》卷6，《孤军莫救危疆难支疏》），只好再一次上疏乞援。
郑芝龙当然不可能发兵援救。
救援无望，黄道周便死牛当作活马医，把救援的希望放在清江西提督金声桓的身上——金声桓原先是左良玉的部将，黄道周写信给他，要他反清归明。
不用说，这件事成功的可能性更小，金声桓现在做清朝的江西提督做得正过瘾，哪能轻易就被你黄老爷子这三言两语所策反？而且，好马不吃回头草，当初他既已由明降清，又怎么会突然反清归明？
黄道周的策反信只能是泥牛沉海。
罢罢罢！十二月初四日，黄道周铤而走险，师出广信，拟从徽州婺源（今属江西省）转入江西。然而，才到童家坊，忽接到报告，婺源驻扎有大量清军。
由此，随行多人请求黄道周回守广信城。
这时，黄道周所部仅余不过三百人、马十匹、粮三日，（徐鼒《小腆纪传》卷23，《黄道周》）退守或许还有一线生机，如果与清军硬拼，必败无疑。
思前想后，黄道周觉得与其这样退避求生，还不如壮烈一死。
十二月十二日，黄道周破釜沉舟，鼓而北进。
十二月二十四日，进抵婺源，驻兵于距婺源城十里处的明堂里。
听说有明军来犯，十二月二十五日，清徽宁池太提督张天禄率领宁国总兵胡茂祯、池州总兵于永绶、徽州总兵李仲兴、芜采总兵卜从善分三路袭至明堂里。
没费多大功夫，黄道周部全军被歼，其本人和从福州同行的门人文官兵部主事赵士超、通判毛志洁、中书蔡雍、赖继谨，及武官游击朱家弟等被俘。
张天禄在婺源设宴劝降，黄道周将酒席踢飞，痛骂张天禄不已。
和金声一样，黄道周被押往南京处决。
临行，他诗四章，以诗明志，诗云：“诸子收吾骨，青天知我心。为谁分板荡，不忍共浮沉。”（《台湾外记》）
顺治三年（1646）二月初二日，押抵南京。
洪承畴又派人来向黄道周劝降，说：“先生毋自苦，我可以保先生不死。”
黄道周冷笑道：“承畴久死矣，松山之败，先帝痛其死，亲自哭祭，焉得尚存？此无籍小人冒名耳！”（温睿临《南疆逸史》卷八）。
洪承畴劝降不成，吩咐将黄道周处斩。
三月初五日，黄道周被押经明紫禁城西华门(紫禁城西偏北门，位置在今后宰门街南、解放路东)，止步不走，昂然对刽子手说：“此与高皇帝陵寝近，可死矣。”（林登虎：康熙《漳浦县志》卷之15，《人物志》上《缙绅》，《黄道周》）
这样，黄道周和门人赖继谨等悉数被斩于紫禁城西华门。
隆武闻讯，大恸，追赠文明伯，谥忠烈。
感谢您的阅读，如果觉得本篇文章对你来说有帮助的话，别忘了点赞、评论、转发和收藏哦