韋昌輝在淩晨将東王楊秀清、東王的二十七口家人之後，又将當初被楊秀清虜獲的五十個娘娘給殺害。按照洪秀全給韋昌輝、秦日綱、石達開的密诏，他們三人隻需回到天京将楊秀清一人除掉就行了。
但是，韋昌輝卻在一夜之間将楊秀清在内的東王府幾百人給殺掉，一下子變成了單方面的屠殺，這讓天王洪秀全非常的不滿，他對韋昌輝說道：“若不是東王楊秀清，我們到不了今天這個地步，我本來就沒打算殺他，如今，你将東王身邊無辜的人都給屠殺，你違背了天父的好生之德。”（爾我非東王不至此，我本無殺渠意）
陰險狡詐、表裡不一的韋昌輝，聽了洪秀全的話以後表示自己錯了，甘願接受懲罰，不過，在韋昌輝的心腹秦日綱從金壇回到天京之後，完全不需再僞裝的韋昌輝，在天京城中不斷的捕殺東王楊秀清的部下，稍微與東王有牽連的群眾也不能幸免于難。
根據清朝的檔案記載，當時的浙江巡撫何桂清上奏道：金陵城中的賊首關閉城門自相殘殺，逆賊楊秀清已經被韋逆給殺死，楊逆的黨羽也大都被屠殺殆盡。（首逆楊秀清已被韋逆殺斃，凡楊逆黨羽均多被殺）
韋昌輝濫殺無辜的做法激起了洪秀全、石達開以及衆多太平軍将士的反感，并讓天京城中的軍民人心惶惶，這之後，韋昌輝開始專權，比當初的楊秀清有過之而無不及，他甚至想要架空洪秀全，自己想當天國的掌權者。
楊秀清活着的時候，洪秀全一直深居天王府，但是，這并不代表他是軟弱無能的，察覺到韋昌輝的狼子野心後，洪秀全趕緊将在安徽的石達開召集回天京。回到天京的石達開去找韋昌輝理論，勸說他不要再濫殺無辜了，用石達開自己的話來講就是“傳回金陵，要與他們排解”。
石達開的地位雖然在北王韋昌輝之下，但是，此時的石達開，論人心、威望，早已超過了韋昌輝，早已殺紅眼的韋昌輝堅決不會留下石達開，于是，得到消息的石達開為了自保隻得連夜逃離天京。
在韋昌輝将石達開的家人殺害之後，韋昌輝完全走到了太平軍将士的對立面，他徹底的失去了人心，石達開得到了衆人的同情，偏偏在這個時候，韋昌輝又做了一件蠢事，導緻自己被洪秀全捕獲，被五馬分屍。
此時已經激起衆怒的韋昌輝，不但沒有收斂，反而帶着自己的心腹去圍攻天王府，他帶着三千兵馬，以索要石達開的名義對天王府發起了攻擊，一時槍炮四起，輕敵的韋昌輝沒想到洪秀全竟敢出府反擊，再加上京城中楊秀清、石達開的殘部在背後對韋昌輝進行圍攻，韋昌輝最終被捕，被五馬分屍。（縛送洪，令肢解之）
此時的韋昌輝去圍攻天王府這一行為，愚蠢至極，他錯誤的判斷了自己面臨的形勢，已經徹底陷入失去人心，成為衆矢之的他，為了自保應該逃命，而不是去攻打天王府。
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