明太祖朱元璋還在位時，太子朱标早逝，是以立了皇孫朱允炆為皇儲，可朱允炆太過年幼，他的勢力還沒有壯大起來，朱元璋又為皇孫登基鋪平道路，但卻不曾想過朱家人有一天會自相殘殺。
洪武三十一（1398年），21歲的朱允炆登基為帝，為建文帝，朱允炆自幼熟讀儒家經書，性情溫文爾雅，但并沒有國政經驗，也未有治理國家的才能，年輕的朱允炆也知道這一點，是以将三位儒家師傅黃子澄、齊泰和方孝孺視為心腹。
後在黃子澄、齊泰等人的支援下開始了一系列削藩措施，但燕王朱棣曾跟着明太祖馳騁沙場，能力不容小觑，當一個個藩王被建文帝處理後，朱棣不可能不知道建文帝的心思，而當建文帝動到朱棣的頭上時，朱棣行動了。
無論朱棣是原本就打算篡位，還是為了自保，1399年朱棣揮師南下時，一切都不重要了，而建文帝也根本擋不住朱棣，1402年朱棣攻下了帝都應天，建文帝從此下落不明。
進入南京後，朱棣開始為登基一事做準備，處死了曾為朱允炆出謀劃策以及不肯降附的文臣武将，便讓方孝孺起草即位诏書。當年朱棣出發去往南京時，“黑衣宰相”姚廣孝曾勸過朱棣：“南京城攻下之日，方孝孺一定不投降，希望不要殺他，殺了方孝孺，天下的讀書種子就滅絕了。”
朱棣也本想留方孝孺一命，隻要方孝孺歸降他，聽他的話起草诏書，但方孝孺誓死不從，也不願意為朱棣起草即位诏書。朱棣登基為帝已是遲早的事情，是以他威脅方孝孺道：“不老實誅你九族”。
然而方孝孺将筆扔在地上，邊哭邊罵道：“死就死了罷，诏書我絕不能起草，有種誅我十族。”
曆來誅九族是最重的刑罰，“九族”是上自高王母、下至玄孫，即玄孫、曾孫、孫、子、身、母、王母、曾王母、高王母；還有一說是父族四、母族三、妻族二。
朱棣見方孝孺态度堅決，也是十分生氣，還真在九族外找了一族，不僅将方孝孺全家殺了，還将方孝孺的學生、好友等人殺了，共計873人。
1402年7月25日，方孝孺慷慨赴死，做絕命之詞：“上天降下戰亂憂患啊，誰知道其中的緣由，奸邪的臣子如了願啊，求取國柄耍弄計謀。忠正的臣子憤怒悲怨啊，血淚淌流；以此血淚為君殉葬啊，還有什麼企求？嗚呼哀哉的悲鳴啊，大概不是我的怨尤。”
不少人認為方孝孺此舉不過是對建文帝的愚忠，但很多人也感慨方孝孺甯死不屈的氣節，有多少臣子能做到方孝孺這般，而正是方孝孺對建文帝忠心耿耿，朱棣勢必不會将方孝孺留下，留下方孝孺，朱棣每時每刻都會想起自己篡位一事。
方孝孺不降，仿佛就是在告訴朱棣，他的皇位是名不正言不順得到的，而且朱棣登基為帝後也是試圖将建文帝的一切抹去。
皇帝：不老實誅你九族，大臣：有種誅我十族，皇帝又重新找了一族