太戊死後，商朝的王位傳到了其子仲丁手中，他在位時期，東邊的夷族崛起，這是個對之後的商朝有很大影響的勢力，商朝之後的曆代君主皆在與其對戰，或者準備與其對戰。仲丁打敗了夷族中進攻商朝的蘭夷一支，并把都城遷到了敖。仲丁死後，其諸位弟弟争奪王位，造成了商朝内部的長期動蕩，史稱九世之亂，商朝在此期間再次衰弱。
首先在仲丁死後，外壬成功争奪王位，但這是由他向其他王弟妥協而取得的結果。其在位十年後病死，其弟河亶甲繼位，由于商的統治力已經衰落，他不得已再次遷都到北方的内黃。其次，他發動了征讨蘭夷（東夷一支）的戰争，蘭夷逃到了班方，他便讓繼續進攻班方，最終使班方臣服。河亶甲在位九年，一定程度上穩定了商朝的統治，其死後由其子祖乙繼位。
祖乙繼位後，便将商都頻繁遷址，先從内黃遷都到耿，次年因為耿這個地方受水患影響便又将都城遷到邢，在邢期間穩定了一段時間，後來又将都城從邢遷到庇。他在位期間繼續對蘭夷和班方用兵，幾次征伐，解除了東夷對商的威脅，商朝在此期間短暫恢複了一些統治力。
祖乙死後，其子祖辛繼位，在位期間比較平穩，後病死，王位傳到了他的弟弟沃甲手中。沃甲死後，王位又傳回了祖辛之子祖丁手中。祖丁在位九年後，王位又傳回了沃甲之子南庚手中。由于商朝王位傳承方式的不穩定性，導緻其統治也極為不穩定，在南庚時期，商朝的統治力已經再度衰弱，其将國都再次由庇遷都至奄。
南庚死後，王位由祖丁之子陽甲繼承。陽甲在位時期，商王室内部已經内亂不止，貴族間互相征殺，作為商王的陽甲已經無法控制局面，對外上，四方諸侯已經不再來朝，其西征山戎的戰争亦不算成功。商王朝的統治危機已經十分明顯。
商王朝的統治至此已經岌岌可危，在一片風雨飄搖中，陽甲病死，王位由其弟盤庚繼承。盤庚繼承王位後，決定将都城由奄遷到殷（河南安陽）。舊貴族對此極為反對，盤庚以強硬手段處理。對于朝政混亂、貴族窮兇極奢的局面，其開啟了一系列改革措施，提倡改良風氣，節儉以養德，減少剝削等等，最終商朝的衰落得到複興，殷都也變的十分繁榮，至此之後，商朝的都城穩定于殷，故商朝也叫殷商，殷。此事件史稱盤庚遷殷。
盤庚死後，王位由盤庚之弟小辛繼位，他放棄了盤庚的國策，商朝又一次衰弱。小辛死後，其弟小乙繼位，小乙死後，王位由其子武丁繼承。
武丁是商朝的第二十三位君主，其在年幼時曾在民間行役，故了解下層人民的辛苦。其繼位後，任命本是刑徒的傅說為大臣并加以重用，又任用甘盤為大臣，使得國家大治，增強國力。其又不斷對威脅中原商王朝統治的南方虎方、東方的東夷、北方的鬼方等勢力進行大規模用兵，征服了四周許多小方國，擴大了商王朝的統治疆域。由于武丁将商王朝推向了極盛，被稱為中興之主，史稱武丁中興。
武丁在繼承人方面，最開始很器重長子祖己（傳說婦好之子，亦有傳言婦好是其後母），并立為繼承人。但在其母死後，由于後母的離間武丁父子關系漸漸疏遠，最終祖已被流放，并在流放之路上郁郁而終。在祖己死後，武丁比較偏愛小兒子祖甲，欲把繼承人由次子祖庚（武丁始終不看好祖庚）改為小兒子祖甲，但祖甲推辭說這是違反禮法的行為，可能會再次導緻九世之亂，并從此離開商都去到民間生活，這使得商朝的王位得以穩定繼承。
武丁死後，其次子祖庚繼位，他繼承了武丁的國策，積極治理國家，統治期間商朝得以穩定發展。因為在武丁選擇繼承人的問題上弟弟祖甲的識大體，祖庚十分欣慰，便立祖甲為王位繼承人。祖庚死後，其弟祖甲繼位。祖甲在位早期，仍繼承其父兄的國策，使得商朝的強盛得以繼續，但在統治晚期，其加重了繁苛的刑法，造成了商王朝一定程度的衰弱。
祖甲死後，其子廪辛繼位，其在位期間西方的方國部落不斷侵擾商朝，廪辛多次出兵攻打，但收效甚微。其在位四年後病死，王位由其弟康丁繼承。康丁在位期間繼續對西方作戰，雖有勝利，但始終未根本解除西方的威脅。其晚年信奉巫教，使教權勢力大增，威脅王權。
康丁死後，其子武乙繼位。武乙是商後期一位重要君主，對于外部日益增長的威脅（西方威脅未解除，東方夷族再次強盛起來）和内部王朝統治的衰弱，武乙力圖有所作為，但收效不大。但他在神權政治向王權政治轉變過程中起到了一定積極作用（其不太敬神，曾辱神射天，一定程度上破除了神權至上），但傳說他生性殘暴，耽于享樂，最終戲劇性的被雷劈死（但更有可能是在戰争中死亡），其在位三十五年後死去。
武乙死後，其子太丁繼位。為了解除西方周人的威脅，其轉而采取懷柔政策，卻也是以使周國做大（周候季曆趁此機會征伐餘吾戎、呼戎、翳徒戎等）。
太丁死後，其子帝乙繼位，此時商朝已經趨于沒落，其遷都于沫（朝歌），在位期間其繼續征讨諸夷，雖取得了勝利但已經無法挽回商朝頹勢。
帝乙去世後，其少子帝辛繼位，即商纣王。其在位期間，對内加重賦稅，推行嚴刑峻法，營建都城；對外多次出兵攻打東夷諸部落，最終使來自西方的周人聯合諸國東征商朝，雙方在牧野對戰，商纣王戰敗，逃回鹿台（商纣王營建的宮苑）後自焚而死，商朝自此滅亡。
商朝自公元前約1600年建立，到公元前1046年被周朝所滅，共經曆三十位君主（稱為帝），約五百五十餘年。總體上講，商朝是國家文明和體制日漸完善的時期，也是中國目前考古所能發現的最早的朝代，雖然其在統治上仍然有許多原始社會的影子，比如通過占蔔來做許多決定，但無論從制度，經濟，文化和社會建構方面，其都已經到達了高度國家文明，其青銅制造等工藝已經十分精湛，城池建設也已初具規模，可以說此時中國已經步入青銅時代。其把奴隸制國家文明發展到了一個很高的成就。