太戊死后，商朝的王位传到了其子仲丁手中，他在位时期，东边的夷族崛起，这是个对之后的商朝有很大影响的势力，商朝之后的历代君主皆在与其对战，或者准备与其对战。仲丁打败了夷族中进攻商朝的兰夷一支，并把都城迁到了敖。仲丁死后，其诸位弟弟争夺王位，造成了商朝内部的长期动荡，史称九世之乱，商朝在此期间再次衰弱。
首先在仲丁死后，外壬成功争夺王位，但这是由他向其他王弟妥协而取得的结果。其在位十年后病死，其弟河亶甲继位，由于商的统治力已经衰落，他不得已再次迁都到北方的内黄。其次，他发动了征讨兰夷（东夷一支）的战争，兰夷逃到了班方，他便让继续进攻班方，最终使班方臣服。河亶甲在位九年，一定程度上稳定了商朝的统治，其死后由其子祖乙继位。
祖乙继位后，便将商都频繁迁址，先从内黄迁都到耿，次年因为耿这个地方受水患影响便又将都城迁到邢，在邢期间稳定了一段时间，后来又将都城从邢迁到庇。他在位期间继续对兰夷和班方用兵，几次征伐，解除了东夷对商的威胁，商朝在此期间短暂恢复了一些统治力。
祖乙死后，其子祖辛继位，在位期间比较平稳，后病死，王位传到了他的弟弟沃甲手中。沃甲死后，王位又传回了祖辛之子祖丁手中。祖丁在位九年后，王位又传回了沃甲之子南庚手中。由于商朝王位传承方式的不稳定性，导致其统治也极为不稳定，在南庚时期，商朝的统治力已经再度衰弱，其将国都再次由庇迁都至奄。
南庚死后，王位由祖丁之子阳甲继承。阳甲在位时期，商王室内部已经内乱不止，贵族间相互征杀，作为商王的阳甲已经无法控制局面，对外上，四方诸侯已经不再来朝，其西征山戎的战争亦不算成功。商王朝的统治危机已经十分明显。
商王朝的统治至此已经岌岌可危，在一片风雨飘摇中，阳甲病死，王位由其弟盘庚继承。盘庚继承王位后，决定将都城由奄迁到殷（河南安阳）。旧贵族对此极为反对，盘庚以强硬手段处理。对于朝政混乱、贵族穷凶极奢的局面，其开启了一系列改革措施，提倡改良风气，节俭以养德，减少剥削等等，最终商朝的衰落得到复兴，殷都也变的十分繁荣，至此之后，商朝的都城稳定于殷，故商朝也叫殷商，殷。此事件史称盘庚迁殷。
盘庚死后，王位由盘庚之弟小辛继位，他放弃了盘庚的国策，商朝又一次衰弱。小辛死后，其弟小乙继位，小乙死后，王位由其子武丁继承。
武丁是商朝的第二十三位君主，其在年幼时曾在民间行役，故了解下层人民的辛苦。其继位后，任命本是刑徒的傅说为大臣并加以重用，又任用甘盘为大臣，使得国家大治，增强国力。其又不断对威胁中原商王朝统治的南方虎方、东方的东夷、北方的鬼方等势力进行大规模用兵，征服了四周许多小方国，扩大了商王朝的统治疆域。由于武丁将商王朝推向了极盛，被称为中兴之主，史称武丁中兴。
武丁在继承人方面，最开始很器重长子祖己（传说妇好之子，亦有传言妇好是其后母），并立为继承人。但在其母死后，由于后母的离间武丁父子关系渐渐疏远，最终祖已被流放，并在流放之路上郁郁而终。在祖己死后，武丁比较偏爱小儿子祖甲，欲把继承人由次子祖庚（武丁始终不看好祖庚）改为小儿子祖甲，但祖甲推辞说这是违反礼法的行为，可能会再次导致九世之乱，并从此离开商都去到民间生活，这使得商朝的王位得以稳定继承。
武丁死后，其次子祖庚继位，他继承了武丁的国策，积极治理国家，统治期间商朝得以稳定发展。因为在武丁选择继承人的问题上弟弟祖甲的识大体，祖庚十分欣慰，便立祖甲为王位继承人。祖庚死后，其弟祖甲继位。祖甲在位早期，仍继承其父兄的国策，使得商朝的强盛得以继续，但在统治晚期，其加重了繁苛的刑法，造成了商王朝一定程度的衰弱。
祖甲死后，其子廪辛继位，其在位期间西方的方国部落不断侵扰商朝，廪辛多次出兵攻打，但收效甚微。其在位四年后病死，王位由其弟康丁继承。康丁在位期间继续对西方作战，虽有胜利，但始终未根本解除西方的威胁。其晚年信奉巫教，使教权势力大增，威胁王权。
康丁死后，其子武乙继位。武乙是商后期一位重要君主，对于外部日益增长的威胁（西方威胁未解除，东方夷族再次强盛起来）和内部王朝统治的衰弱，武乙力图有所作为，但收效不大。但他在神权政治向王权政治转变过程中起到了一定积极作用（其不太敬神，曾辱神射天，一定程度上破除了神权至上），但传说他生性残暴，耽于享乐，最终戏剧性的被雷劈死（但更有可能是在战争中死亡），其在位三十五年后死去。
武乙死后，其子太丁继位。为了解除西方周人的威胁，其转而采取怀柔政策，却也因此使周国做大（周候季历趁此机会征伐余吾戎、呼戎、翳徒戎等）。
太丁死后，其子帝乙继位，此时商朝已经趋于没落，其迁都于沫（朝歌），在位期间其继续征讨诸夷，虽取得了胜利但已经无法挽回商朝颓势。
帝乙去世后，其少子帝辛继位，即商纣王。其在位期间，对内加重赋税，推行严刑峻法，营建都城；对外多次出兵攻打东夷诸部落，最终使来自西方的周人联合诸国东征商朝，双方在牧野对战，商纣王战败，逃回鹿台（商纣王营建的宫苑）后自焚而死，商朝自此灭亡。
商朝自公元前约1600年建立，到公元前1046年被周朝所灭，共经历三十位君主（称为帝），约五百五十余年。总体上讲，商朝是国家文明和体制日渐完善的时期，也是中国目前考古所能发现的最早的朝代，虽然其在统治上仍然有许多原始社会的影子，比如通过占卜来做许多决定，但无论从制度，经济，文化和社会构建方面，其都已经到达了高度国家文明，其青铜制造等工艺已经十分精湛，城池建设也已初具规模，可以说此时中国已经步入青铜时代。其把奴隶制国家文明发展到了一个很高的成就。