可以从以下几方面去分析朱棣是朱元璋的亲生儿子
朱棣出生于元末乱世至正二十年（公元1360年）五月初二，生于应天府(今南京)，是朱元璋的第四子。前线传来了陈友谅进攻太平（今安徽涂县）的告急文书，1361年朱元璋亲自率军讨伐，大破陈友谅水军于安庆，长驱直入抵达江州，打的陈友谅屡屡战败。
朱棣
所以从时间上可见朱棣是朱元璋的亲生儿子。
朱棣的母亲马氏(马皇后)，早在1352年，在陈友谅率兵东下（公元1360年）之前就认识了，并且是马氏的养父郭子兴亲自许配给朱元璋的。1352年（至正十二年），郭子兴在定远（安徽定远）起兵响应。
朱重八(朱元璋)与马氏
郭子兴举兵起义，成为当时白莲教的首领，同年农历2月27日，率领起义军攻下濠州后，郭子兴自称郭元帅。濠州钟离人朱元璋前来投奔郭子兴的义军，朱元璋加入对伍后精明能干，处事得当，打仗时身先士卒，获得的战利品全部都上交郭子兴元帅，得到了郭元帅的赏识！并给他封功行赏，又说功劳是大家的，就把赏赐分给大家。
郭子兴元帅
后不久，朱元璋在部队中的好名声传播开来。郭子兴也把他视为自己的心腹，有重要事情总是和朱元璋商量 。郭子兴见朱元璋是个人才，觉得对自己的事业将会有很大的帮助。于是便把养女马氏许配给了朱元璋。马氏与朱元璋成亲后，和朱元璋感情深厚，追随朱元璋南征北战，精心辅佐朱元璋。
朱棣的母亲孝慈高皇后1352年（至正十二年）嫁给了时为红巾军将领的朱元璋。
朱元璋与马皇后
婚后与朱元璋感情深厚。就一直陪伴在丈夫的身边，跟随着他东奔西走。对于朱元璋来说，马氏不仅是个贤内助，帮助他管理好家中的一切事物，同时也是他的好助手。随着老朱南征北战，建立大明基业，为大明奠定了基础！她的贤良淑德得到了全国上下的认可，得到了百姓们的爱戴，同时也得到了丈夫的宠爱，成为朱元璋最爱的老婆。
所以从以上几点可以看出，朱棣是朱元璋的亲生儿子。