文昌鱼又称白氏文昌鱼、鲱鱼、肱二头肌或长矛鱼，是一种珍贵的海洋动物，也因其非常特殊的形态结构，兼具无脊椎动物特征、脊椎动物特征，无脊椎动物进化为脊椎动物过渡型的典型代表，因此受到了国内外生物界的高度评价。
文昌鱼的形状非常奇特有趣，它的体型很小，左右两边平整，两尖又细，全身是纺锤形，一般体长只有4~5厘米。
与鱼不同，头部尚未分化，没有明显的头部，没有明显的脑和眼睛，耳朵，鼻子等感觉器官，所以它也被称为无头。在身体的前部有一个小黑点，称为眼斑，可以感觉到光的强度。它没有鳞片，身体部位非常明显：透过粉红色的半透明身体表，可以看到身体交替有"V"形平行排列，有63到66个肌肉部分，左右重叠，这些肌肉部分的数量是文昌鱼分类的重要特征之一。
脊椎动物，包括鱼类，两栖动物，爬行动物，鸟类和哺乳动物，可以从不同地层中发现的化石以及比较解剖学和胚胎学研究推断出来。然而，由于缺乏坚硬的内骨，动物不易形成化石，得以保存在地层中，至今无法找到无脊椎动物与脊椎动物之间过渡化石的证据。
幸运的是，活体动物文昌鱼，无论是在生活习性、胚胎发育、外在形态和内部结构上，都不仅仅是一些无脊椎动物的特征，而且具有一些脊椎动物特征的雏形，所以它是两种类型之间的过渡，填补了两者之间的空白，成为生物进化史上不可或缺的"桥梁"。生物进化论的创始人达尔文说："这是揭示脊椎动物起源的关键的伟大发现之一"。
文昌鱼的脊髓、神经管、咽部、胚胎中期层、体腔等形成过程，都与脊椎动物相似，有一些内脏器官如肾管、生殖腺等结构，以及无脊椎动物，因此研究其内部结构，以及胚胎发育阶段，对于理解和解释动物系统发育中的一些基本理论问题， 有很大的启迪效果。
文昌鱼产于福建、广西、广东、海南、山东和河北沿海的浅海地区，特别是厦门、福建刘武店最为著名。在国外，它也在日本，斯里兰卡和东非被发现。
文昌鱼对自然环境的要求非常严格，要求海水透明度高，水质洁净，水深、水温、酸度、盐度应适当。有大量的淡水流入河口，高酸度的海底污泥等环境，会使其死亡。
文昌鱼曾经是我国重要的经济动物，产量非常高。然而，随着大范围海堤和海面填海的建设，海域的水动力条件发生了变化，使文昌鱼赖以生存的沙沉积环境受到严重破坏。此外，河水筑坝、浅滩牡蛎养殖业大发展、海底大量采砂、近海污染和不分青红皂白捕捞等因素也加剧了文昌鱼生存环境的恶化，使文昌鱼类资源日益枯竭，一直处于濒危状态。
幸运的是，近年来，在厦门黄璇岛和小玉岛地区发现了文昌鱼的栖息地，表明厦门仍然是中国文昌鱼的重要来源。早在十多年前，厦门文昌鱼类自然保护区就拥有当地5000公顷的面积，以免重蹈文昌鱼类资源的破坏。