文昌魚又稱白氏文昌魚、鲱魚、肱二頭肌或長矛魚，是一種珍貴的海洋動物，也因其非常特殊的形态結構，兼具無脊椎動物特征、脊椎動物特征，無脊椎動物進化為脊椎動物過渡型的典型代表，是以受到了國内外生物界的高度評價。
文昌魚的形狀非常奇特有趣，它的體型很小，左右兩邊平整，兩尖又細，全身是紡錘形，一般體長隻有4~5厘米。
與魚不同，頭部尚未分化，沒有明顯的頭部，沒有明顯的腦和眼睛，耳朵，鼻子等感覺器官，是以它也被稱為無頭。在身體的前部有一個小黑點，稱為眼斑，可以感覺到光的強度。它沒有鱗片，身體部位非常明顯：透過粉紅色的半透明身體表，可以看到身體交替有"V"形平行排列，有63到66個肌肉部分，左右重疊，這些肌肉部分的數量是文昌魚分類的重要特征之一。
脊椎動物，包括魚類，兩栖動物，爬行動物，鳥類和哺乳動物，可以從不同地層中發現的化石以及比較解剖學和胚胎學研究推斷出來。然而，由于缺乏堅硬的内骨，動物不易形成化石，得以儲存在地層中，至今無法找到無脊椎動物與脊椎動物之間過渡化石的證據。
幸運的是，活體動物文昌魚，無論是在生活習性、胚胎發育、外在形态和内部結構上，都不僅僅是一些無脊椎動物的特征，而且具有一些脊椎動物特征的雛形，是以它是兩種類型之間的過渡，填補了兩者之間的空白，成為生物進化史上不可或缺的"橋梁"。生物進化論的創始人達爾文說："這是揭示脊椎動物起源的關鍵的偉大發現之一"。
文昌魚的脊髓、神經管、咽部、胚胎中期層、體腔等形成過程，都與脊椎動物相似，有一些内髒器官如腎管、生殖腺等結構，以及無脊椎動物，是以研究其内部結構，以及胚胎發育階段，對于了解和解釋動物系統發育中的一些基本理論問題， 有很大的啟迪效果。
文昌魚産于福建、廣西、廣東、海南、山東和河北沿海的淺海地區，特别是廈門、福建劉武店最為著名。在國外，它也在日本，斯裡蘭卡和東非被發現。
文昌魚對自然環境的要求非常嚴格，要求海水透明度高，水質潔淨，水深、水溫、酸度、鹽度應适當。有大量的淡水流入河口，高酸度的海底污泥等環境，會使其死亡。
文昌魚曾經是我國重要的經濟動物，産量非常高。然而，随着大範圍海堤和海面填海的建設，海域的水動力條件發生了變化，使文昌魚賴以生存的沙沉積環境受到嚴重破壞。此外，河水築壩、淺灘牡蛎養殖業大發展、海底大量采砂、近海污染和不分青紅皂白捕撈等因素也加劇了文昌魚生存環境的惡化，使文昌魚類資源日益枯竭，一直處于瀕危狀态。
幸運的是，近年來，在廈門黃璇島和小玉島地區發現了文昌魚的栖息地，表明廈門仍然是中國文昌魚的重要來源。早在十多年前，廈門文昌魚類自然保護區就擁有當地5000公頃的面積，以免重蹈文昌魚類資源的破壞。