在中性条件下，氯溶解在水中产生次氯酸（HClO），溶液显示酸度，在碱性条件下，氯气溶解在水中产生次氯酸根离子（ClO-）。
细胞膜表面带负电荷，因此次氯酸根（ClO-，也带负电荷）不容易进入细胞，而次氯酸（HClO）是穿透细胞膜的中性小分子，进入细胞内部，并与其内部DNA和线粒体反应死亡。这也部分解释了为什么在氯同样有效的情况下，次氯酸（HClO）比次氯酸钠（NaClO）更杀菌。
次氯酸的氧化，就像子弹已经上膛的机枪一样，可以随时发射，很快子弹就消失了。为了克服次氯酸易降解的问题，最早研制的次氯酸盐作为消毒水，以漂白剂为代表，已成为市场上重要的消毒剂之一，但漂白酸的碱度往往在pH11、12之间，碱性太容易损伤皮肤，残留量非常高， 更适合用于成分的消毒。后来，由于电解技术的改进，利用电解次氯酸实现了目前的做法，解决了次氯酸的最大弱点——易降解，因此发展出弱酸次氯酸水。虽然次氯酸的浓度远低于次氯酸根，但其降解速度的问题仍然过快，即使使用封闭的避光容器，总游离氯含量往往不到半个月。
次氯酸微酸是次氯酸易降解的最佳溶液，要密封挡光容器，往往半年时间其总游离氯含量只降解一半，最重要的是使用消毒浓度等酸性次氯酸溶液的浓度不高多少。这是因为我们隐藏了可生物降解的次氯酸，使其不会立即产生氧化还原反应，当细菌消耗次氯酸时，我们将次氯酸根转化为次氯酸，从而使循环既能保持良好的消毒效果，又能保持保存效果。
亲水性病毒主要包括甲型肝炎、手足口病、脊髓灰质炎等病原菌;
促脂病毒主要包括丙型肝炎、人类免疫缺陷病毒（AIDS）等病原体;
