抗日战争胜利后，国民政府就着手准备还都南京，并责令先期回到首都的南京市政府，在政府还都南京之前，要将国府大院建筑群按期进行彻底修葺，确保政府顺利回归。
1946年，为了还都之事，国民政府文官处的官员先期到达南京。4月30日，国民政府下达了“还都令”。5月5日，国民政府正式还都南京。
早在1945年底，中共代表团和中共中央重庆局就根据国民政府将返都南京，谈判中心也将转到南京的情况，曾多次研究中共代表团迁往南京及建立党的领导机关和代表团工作机构问题，并进行了许多准备工作，首先是要解决房子问题。
1946年1月，周恩来派长期在上海工作的刘少文到上海，恢复和建立新的情报系统和建立秘密电台。同时，利用社会关系，在上海、南京为代表团和新华日报社找房子。后来又派祝华、陈展去。4月2日，周恩来亲笔写信给行政院院长宋子文，要求在南京拨房屋两幢，在上海拨一幢，供两个办事处用。信的全文如下：
子文院长先生勋右：
敬启者，抗战胜利，政府还都在即。兹为与各方联系及时协商起见，敝团亟应在京、沪两地筹设办事处。又，第十八集团军驻渝办事处亦需迁往南京办公。敬祈饬属在南京拨予房屋两幢，在上海拨予房屋一幢，俾便派员筹备，以利建国工作。用特奉恳，并请赐复为感。专此，祗颂勋绥！
周恩来 谨启四月二日
4月4日，周恩来又致函国民政府行政院秘书长蒋梦麟，请他关照此事。后又派出龙飞虎、邱南章等人先行前往南京、上海，筹措、落实代表团两地的办公用房。在与国民参政会秘书长邵力子和副秘书长雷震反复交涉中，国民党当局对此事多次为难，一拖再拖，直到中共代表团到南京的几天前，才将南京梅园新村30号和17号两处房子拨给中共代表团，作为其南京办事处。代表团又在南京买下中山路360号，作为南京《新华日报》办事处用房，开设门市部，经销《新华日报》《群众》周刊和各种进步报刊、图书。由国民参政会临时借给两辆军用小吉普车做交通工具。后来因梅园新村的住房不够，又以廖承志夫人经普椿的私人名义，购置了梅园新村35号的房子。中共代表团迁来南京的同时，在上海买下了马思南路107号，设立中共代表团驻上海办事处，对外称周公馆。
4月28日，周恩来在曾家岩50号举行话别茶会，应邀前来出席的重庆文化界人士有两三百人之多。周恩来首先向大家报告了东北的战况，又谈到与国民党谈判的艰难，然后他无限感慨地说：“差不多十年了，我一直为团结谈商而奔走渝延之间。谈判耗去了我现有生命的五分之一，我已经谈老了！多少为民主事业努力的朋友却在这样长期的谈判中走向监狱，走向放逐，走向死亡。民主事业的进程是多么艰难啊！我虽然近五十之年（岁）了，但不敢自馁，我们一定要走完这最后而又最艰苦的一段路！”
4月底，中共代表团迁移南京的准备工作已经基本就绪。
实际上，早在第二次国共合作初期，中共中央就曾在南京设立过办事处。1937年8月，国共双方经过多次谈判，达成了重新合作、共同抗日的协议，红军主力改编为国民革命军第八路军，并设立八路军总指挥部，任命朱德、彭德怀为正、副总指挥。为了加强国共两党的联系，经协商同意，中共中央在南京设立八路军办事处。八路军驻京办事处是抗日战争时期中国共产党及其所领导的军队在国民政府首都设立的第一个公开办事机构，办事处设在南京傅厚岗66号（现青云巷41号），李克农任办事处处长。
9月，国民政府军事委员会按照战斗序列，将八路军编为第十八集团军，任命朱德、彭德怀为正、副总司令。因此，八路军驻京办事处又称第十八集团军驻京办事处。博古是党中央代表，叶剑英、李克农等都是党中央派出人员，所以八路军驻京办事处同时又是中共中央驻京办事处。
11月12日上海沦陷，19日苏州失守，国民政府决定分别迁至汉口、长沙、重庆等处办公，八路军驻京办事处也决定分批撤往武汉。叶剑英、李克农等办事处人员于12月初撤离南京。
时隔8年后，中共代表团将再来南京，但形势已今非昔比，此时的中国共产党已是拥有上百万人民武装力量和广大解放区的全国性大党，它正在为争取全国的和平与民主而奋
斗。