抗日戰争勝利後，國民政府就着手準備還都南京，并責令先期回到首都的南京市政府，在政府還都南京之前，要将國府大院建築群按期進行徹底修葺，確定政府順利回歸。
1946年，為了還都之事，國民政府文官處的官員先期到達南京。4月30日，國民政府下達了“還都令”。5月5日，國民政府正式還都南京。
早在1945年底，中共代表團和中共中央重慶局就根據國民政府将返都南京，談判中心也将轉到南京的情況，曾多次研究中共代表團遷往南京及建立黨的上司機關和代表團工作機構問題，并進行了許多準備工作，首先是要解決房子問題。
1946年1月，周恩來派長期在上海工作的劉少文到上海，恢複和建立新的情報系統和建立秘密電台。同時，利用社會關系，在上海、南京為代表團和新華日報社找房子。後來又派祝華、陳展去。4月2日，周恩來親筆寫信給行政院院長宋子文，要求在南京撥房屋兩幢，在上海撥一幢，供兩個辦事處用。信的全文如下：
子文院長先生勳右：
敬啟者，抗戰勝利，政府還都在即。茲為與各方聯系及時協商起見，敝團亟應在京、滬兩地籌設辦事處。又，第十八集團軍駐渝辦事處亦需遷往南京辦公。敬祈饬屬在南京撥予房屋兩幢，在上海撥予房屋一幢，俾便派員籌備，以利建國工作。用特奉懇，并請賜複為感。專此，祗頌勳綏！
周恩來 謹啟四月二日
4月4日，周恩來又緻函國民政府行政院秘書長蔣夢麟，請他關照此事。後又派出龍飛虎、邱南章等人先行前往南京、上海，籌措、落實代表團兩地的辦公用房。在與國民參政會秘書長邵力子和副秘書長雷震反複交涉中，國民黨當局對此事多次為難，一拖再拖，直到中共代表團到南京的幾天前，才将南京梅園新村30号和17号兩處房子撥給中共代表團，作為其南京辦事處。代表團又在南京買下中山路360号，作為南京《新華日報》辦事處用房，開設門市部，經銷《新華日報》《群衆》周刊和各種進步報刊、圖書。由國民參政會臨時借給兩輛軍用小吉普車做交通工具。後來因梅園新村的住房不夠，又以廖承志夫人經普椿的私人名義，購置了梅園新村35号的房子。中共代表團遷來南京的同時，在上海買下了馬思南路107号，設立中共代表團駐上海辦事處，對外稱周公館。
4月28日，周恩來在曾家岩50号舉行話别茶會，應邀前來出席的重慶文化界人士有兩三百人之多。周恩來首先向大家報告了東北的戰況，又談到與國民黨談判的艱難，然後他無限感慨地說：“差不多十年了，我一直為團結談商而奔走渝延之間。談判耗去了我現有生命的五分之一，我已經談老了！多少為民主事業努力的朋友卻在這樣長期的談判中走向監獄，走向放逐，走向死亡。民主事業的程序是多麼艱難啊！我雖然近五十之年（歲）了，但不敢自餒，我們一定要走完這最後而又最艱苦的一段路！”
4月底，中共代表團遷移南京的準備工作已經基本就緒。
實際上，早在第二次國共合作初期，中共中央就曾在南京設立過辦事處。1937年8月，國共雙方經過多次談判，達成了重新合作、共同抗日的協定，紅軍主力改編為國民革命軍第八路軍，并設立八路軍總指揮部，任命朱德、彭德懷為正、副總指揮。為了加強國共兩黨的聯系，經協商同意，中共中央在南京設立八路軍辦事處。八路軍駐京辦事處是抗日戰争時期中國共産黨及其所上司的軍隊在國民政府首都設立的第一個公開辦事機構，辦事處設在南京傅厚崗66号（現青雲巷41号），李克農任辦事處處長。
9月，國民政府軍事委員會按照戰鬥序列，将八路軍編為第十八集團軍，任命朱德、彭德懷為正、副總司令。是以，八路軍駐京辦事處又稱第十八集團軍駐京辦事處。博古是黨中央代表，葉劍英、李克農等都是黨中央派出人員，是以八路軍駐京辦事處同時又是中共中央駐京辦事處。
11月12日上海淪陷，19日蘇州失守，國民政府決定分别遷至漢口、長沙、重慶等處辦公，八路軍駐京辦事處也決定分批撤往武漢。葉劍英、李克農等辦事處人員于12月初撤離南京。
時隔8年後，中共代表團将再來南京，但形勢已今非昔比，此時的中國共産黨已是擁有上百萬人民武裝力量和廣大解放區的全國性大黨，它正在為争取全國的和平與民主而奮
鬥。