秦始皇的死因在史书中并没有明确的记载，但普遍认为他是在巡游途中因病去世。关于秦始皇只活到49岁的原因，有以下几种可能：
1. **疾病原因**：长期的劳累和精神压力可能导致了秦始皇的健康问题。古代的医疗条件有限，一旦患上重病，即使贵为皇帝也难以得到有效治疗。
2. **心理压力**：秦始皇统一六国后，国内的政治压力巨大，加之对外战争和大规模的工程建设（如修建长城、阿房宫、兵马俑等），使得他的心理压力极大。这种长期的精神负担可能影响了他的身体健康状况。
3. **暗杀或毒害**：虽然《史记》等史书没有明确记载秦始皇被暗杀的情况，但有观点认为，秦始皇可能在巡游途中遭到了身边人的毒害或暗杀。这种说法在一些后来的文献和民间传说中有所提及，但缺乏确凿的证据。
4. **服用“元水”**：关于秦始皇服用“元水”而死的说法，并没有在可靠的历史文献中找到支持。所谓的“元水”可能是指某种药物或仙丹，而在古代，确实有不少帝王寻求长生不老药，但这些药物往往含有毒性，长期服用可能会损害健康，甚至导致死亡。
5. **过度劳累**：秦始皇在统一中国后，进行了大量的政治改革和建设工程，这些活动无疑会消耗大量的体力和精力，长期的过度劳累也可能是导致他早逝的原因之一。
综上所述，秦始皇的死因可能是多方面因素的结果，包括疾病、心理压力、积劳成疾等。至于“元水”一说，可能来源于后世的传说或误解，并不是其死因的直接证据。秦始皇的一生充满了传奇色彩，其死亡也同样被各种传说和猜测所包围，但具体真相可能已经随着历史的长河而变得模糊不清。