明代著名医学家除了李时珍、吴右可、万全、陈实功等以外，还有一位号东宿，别号生生子的著名医学家孙一奎。孙一奎生活在明代嘉靖至万历年间，是安徽休宁县人。
孙一奎是汪石山的再传弟子，他非常聪明，又勤奋好学，而且为了遍访名师，曾远历湖南、江西、江苏、浙江等地，不断探冥搜奇，博采众长，不仅增长了治病救人的经验，而且还提升了学术理论。而且对三焦、命门等理论有着深刻的研究，有着独到的见解，可以诀人生死，屡起沉疴，学验颇丰，名声大噪！
孙一奎曾听父亲的话去浙江经商，一次偶然的机会遇到了一位医术高超的道士，这位道士传给了他一本书。孙一奎认真拜读，每次用其验方都有奇效，于是开始学习医术。
孙一奎不仅熟读了道士传给他的方书，而且不论寒暑，日夜刻苦钻研《难经》、《灵枢》、《素问》等各名家经典。此外，孙一奎还涉及了道、释、儒三教与医学的有关部分。学习了三年之后，他认为“索居而窥观”还不如“广询而远览”。于是，他离开家乡，开始远游，不断广寻名师，在此寻师途中，还一边行医济世，后来还跟随徽州黟人黄古潭先生学习。
黄古潭的医术也非常高超，孙一奎在医理和临证诊疗上受益匪浅，学验是颇有建树，在理论上可谓是“镜莹于中”，实践上就是“投剂辄效”，最后成为了一代名声在外的医生。
孙一奎还提出了“命门动气”学说，命门问题到了明代已经成为了当时医学研究的热点之一。而孙一奎首创“命门动气”学说，具有新时代意义，也具有非常重要的理论价值。
命门动气，是人之元气，是人身上太极之所在，此元气即太极之体，有着“生生不息”的性质，所以为“动气”。那太极之体在何处？就在人的两肾。
孙一奎参照太极图的形式作出了命门太极图，而且还注明“此中间动气就是太极”。孙一奎把命门动气看成是生命之源，是五脏六腑的根本所在。
而孙一奎在治病时，注重明证，他说如果不能明证，不拘大小轻重，而且病变有始同终异之象，所以在治法上不能一成不变。有了这种思想作为指导，他提出时医对内伤血证、虚损、发热等用一些苦寒、甘温之药的弊端。所以，他非常重视保护三焦元气以及治疗方法，他反对随意寒凉之药来治疗身体，也不赞同过用疏导、辛辣之药。
因为孙一奎认为寒凉之药会损伤脾胃，导致元气耗损，而辛辣药又散气，过度疏导，同样会伤元气。若是命门元气不足，就会导致三焦元气不足，从而出现水谷不化、清浊不分等问题。
孙一奎文化水平极高，《孙文垣医案》（共5卷）、《医旨绪余》（共2卷）、《赤水玄珠》（共30卷）等 都是孙一奎从一生经验中总结和整理出来的。
其中，讲述了孙一奎对中医的思考和见解的是《医旨绪余》，也是理论性非常强的医学著作，具有很强的参考价值。
孙一奎最具代表性的医学著作是《赤水玄珠》，是他汇总了一生的临床经验以及心得。这本书共有30卷，分儿科、妇科、外科、内科等以及疑难杂症和罕见病，详细介绍了诸病的症状，如何治疗和用药等，是非常好的中医精品之作，对中医产生了非常宝贵的财富，对复兴和发展中医起到了非常重要的作用，是后世学医者非常重要的参考资料。