最后，三人一起把洛基带回了天空母舰。在那里，索尔说出了洛基抢夺宇宙立方的目的，原来他想利用它打开传送门，召唤奇塔瑞大军来统治地球。托尼随后利用热核天体物理学知识解释了洛基的计划，并告诉众人，神盾局正在利用宇宙立方制造武器，而这也是导致九头蛇入侵的原因之一。
托尼向班纳询问他何时成为热核天体物理学专家，班纳表示他一直都是这方面的专家，只是之前一直在研究伽马射线，而绿巨人正是伽马射线的产物。随后，托尼和班纳在实验室中开始研究洛基的权杖。此时，美队也来到了实验室，托尼告诉他，尼克·弗瑞隐瞒了一些事情。美队嘲讽斯塔克大楼难看，托尼则讽刺了美队的制服。
很快，托尼通过破解神盾局系统，发现神盾局正在利用宇宙立方制造武器，而这也是前段时间雷神等人的到来并破坏了一个小镇的原因。托尼和美队开始怀疑尼克·弗瑞的动机。
在实验室中，班纳因情绪失控而变成了绿巨人，并造成了大规模的破坏。然而，他并没有意识到，自己已经跌落到了母舰下方。索尔也被洛基关进了一个玻璃监狱，并被控制的鹰眼带走了。最不幸的是，科尔森被逃走的洛基杀害了。
托尼得知这个消息后十分悲伤，同时也意识到洛基下一步的计划是在自己的斯塔克大楼打开传送门，召唤奇塔瑞大军。于是，他立即修复好战甲，并赶到了那里。
来到斯塔克大楼后，被控制的埃里克教授正在打开传送门。托尼试图破坏装置，但无法击破能量罩，因为马克六号已经损坏的比较严重。于是他来到平台上，脱下马克六号的，打算穿上还未经过测试的马克七号。
然而，洛基也在这里，托尼只好冒险与他交谈。托尼的装甲手环掉在了酒吧里，于是他假装问洛基喝不喝酒，成功拿到了手环。
接着，洛基试图用权杖控制托尼，但没有成功。原来，托尼的电弧反应堆阻挡了权杖的能量，这让洛基非常愤怒，他把托尼扔出了窗外，托尼立刻启动马克七号。
马克七号拥有之前所有战甲的功能，比如马克五号的便携性、马克六号的激光，而且托尼还在马克七号的背部增加了一个推进器。他通过手环与战甲匹配，成功地穿上了马克七号，并成功地阻止了洛基的计划。